Merge pull request #18 from mokztk/devel/4.3

based on rocker/rstudio:4.3.3 (from Devel/4.3)

Dockerfile

@@ -1,11 +1,21 @@
-# rocker/tidyverse に日本語設定と頻用パッケージ、および TinyTeX, Radian を追加
-#   ENV CRAN=https://packagemanager.posit.co/cran/__linux__/jammy/2023-06-14
+# rocker/rstudio:4.3.3 をベースにtidyverse, 日本語設定等を追加する（amd64/arm64共通）
+#   ENV CRAN=https://p3m.dev/cran/__linux__/jammy/2024-04-23
 
-FROM rocker/tidyverse:4.3.0
+# rocker/tidyverse:4.3.3 の Dockerfile を参考にベースを構築
+#  https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/dockerfiles/rstudio_4.3.3.Dockerfile
+#  https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/dockerfiles/tidyverse_4.3.3.Dockerfile
 
-# Ubuntuミラーサイトの設定
-#RUN sed -i.bak -e 's%http://[^ ]\+%mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt%g' /etc/apt/sources.list
-RUN sed -i.bak -e "s%http://[^ ]\+%http://ftp.udx.icscoe.jp/Linux/ubuntu/%g" /etc/apt/sources.list
+FROM rocker/rstudio:4.3.3 AS tidyverse
+
+COPY my_scripts/install_tidyverse.sh /my_scripts/install_tidyverse.sh
+RUN chmod 775 /my_scripts/install_tidyverse.sh \
+    && /my_scripts/install_tidyverse.sh
+
+CMD ["/init"]
+
+# 上記の rocker/tidyverse 相当のイメージに日本語設定などを追加
+
+FROM tidyverse AS my_rstudio
 
 # 日本語設定と必要なライブラリ（Rパッケージ用は別途スクリプト内で導入）
 RUN set -x \
@@ -29,9 +39,10 @@ RUN /my_scripts/install_radian.sh
 RUN /my_scripts/install_notojp.sh
 RUN /my_scripts/install_coding_fonts.sh
 
+# QuartoをTypst対応の1.4系に更新（2024-04時点の最新で 1.4.553）
+RUN QUARTO_VERSION=1.4.553 /rocker_scripts/install_quarto.sh
+
 USER rstudio
-RUN /my_scripts/install_tinytex.sh
-#RUN /my_scripts/install_tex_packages.sh
 
 # ${R_HOME}/etc/Renviron のタイムゾーン指定（Etc/UTC）を上書き
 RUN echo "TZ=Asia/Tokyo" >> /home/rstudio/.Renviron
@@ -44,6 +55,9 @@ ENV LANG=ja_JP.UTF-8 \
     LC_ALL=ja_JP.UTF-8 \
     TZ=Asia/Tokyo \
     PASSWORD=password \
-    DISABLE_AUTH=true
-
+    DISABLE_AUTH=true \
+    RUNROOTLESS=false
+
+# Amd64版との整合性のためrootlessモードは解除しておく
+
 CMD ["/init"]

README.md

@@ -1,17 +1,25 @@
 # About this image
 
-- **rocker/tidyverse** に日本語設定、頻用パッケージ、TinyTeX関係をインストールした作業用イメージ
-    - ARM64 版も rocker/r-ver を出発点に rocker/tidyverse ＋日本語設定、頻用パッケージを導入する
+- **rocker/rstudio** に rocker/tidyverse 相当のパッケージと日本語設定、頻用パッケージをインストールした作業用イメージ
+    - rocker/rstudio を出発点にすることで Amd64 (x86_64) / Arm64 の Dockerfile を共通化
+    - rocker/tidyverse 相当のうち、容量の大きな dbplyr database backend は RSQLite 以外を省略
 - RStudio server を開くまでもないような作業用に、[radian: A 21 century R console](https://github.com/randy3k/radian)を追加する
 - `reticulate` で最低限の python 連携も使用できるようにする
 - [rocker-org/rocker-versioned2](https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2) のように、目的別のスクリプトを使って Dockerfile 自体は極力シンプルにしてみる
 
+```
+docker image build -t "mokztk/rstudio:4.3.3" .
+docker run --rm -d -p 8787:8787 --name rstudio mokztk/rstudio:4.3.3
+
+# rocker/tidyverse 相当までの build
+docker image build --target tidyverse -t "mokztk/tidyverse:4.3.3" .
+```
+
 ## 詳細
 
 ### Ubuntu mirror
 
-- x86_64 の場合は日本のミラーサーバーで一番回線が太い ICSCoE（IPA産業サイバーセキュリティセンター）に変更
-- arm64 は置かれていないミラーサーバーも多いので変更しない
+arm64 が置かれていないミラーサーバーも多いので変更しない
 
 ### 日本語環境、フォント
 
@@ -27,37 +35,34 @@
         - BIZ UD Gothic + JetBrains Mono の合成フォント
         - 半角:全角 3:5版ではなく、通常の1:2でリガチャ有効のバージョン（UDEVGothicLG-*.ttf）を使用
         - RStudio Serverのエディタ用カスタムフォントとして導入
-    - **[原ノ味フォント](https://github.com/trueroad/HaranoAjiFonts)**
-        - TinyTeX (LuaLaTeX, XeLaTeX) で日本語PDFを作成するために `tinytex::tlmgr_install("haranoaji")` で導入
-        - 予めインストールしておかないと、[Knit to PDF] 時の自動インストールで躓く
 
 ### R の頻用パッケージ
 
+- [インストール済みのパッケージ一覧](package_list.md)
 - 容量節約のため、`--deps TRUE`指定（依存関係 Suggestsまで含める）は外し、インストール後にDLしたアーカイブは削除
 - rockerのスクリプトに倣い、インストール後にRSPMのバイナリパッケージで導入された *.so を整理
-- arm64版では、容量の大きな dbplyr database backend は省略
 
-### [Quarto](https://quarto.org/)
+### [Quarto](https://quarto.org/) & [Typst](https://typst.app/)
 
-- x86_64, arm64 とも rocker/rstudio で既に導入されている
+- rocker/rstudio で Quarto 1.3系が既に導入されているが、Typst 対応の 1.4系（2024-04-26時点で最新の 1.4.553）に更新
+- Typst は Quarto 1.4 に含まれているものを使用
 - Rパッケージ `quarto` もインストールし R Console からも使えるようにする
 
 ### Python3 & [radian: A 21 century R console](https://github.com/randy3k/radian)
 
 - rocker project で用意されている `/rocker_scripts/install_python.sh` を利用して Python3 をインストール
 - R から Python を使えるよう、`reticulate` に必要な Pandas などもインストール（`Seaborn` も含む）
 - radian のコード補完のためには `jedi` が必要なのであわせてインストール
-- python 3.10 の依存関係でトラブルが発生するので暫定的にダウングレード（3.10.6-1\~22.04.2ubuntu1.1 -> 3.10.6-1\~22.04.2ubuntu1）
 
 ### TinyTeX
 
-- 2023年3月で TeX Live 2022 が更新終了（frozen）となったので、日本語 TeX 開発コミュニティ texjp.org のサーバにあるTeX Live 2022 のアーカイブを利用する
-- TinyTeX はそれに合わせて "2023.03" をインストール
-- TinyTeX のセットアップまで行い、その他に必要なパッケージは自動インストールに任せる
-    - 初回に日本語PDFを作成するときに自動でインストールされる（XeLaTeX + BXjscls の文書で約50個）
-    - LuaLaTeXの場合、原ノ味フォントはインストールしておかないと進まなくなるので `haranoaji` だけ手動で入れておく
-    - `/my_scripts/install_tex_packages.sh` をユーザー rstudio 権限で実行してインストールすることも可能
-- arm64 は非対応なので、セットアップは行わない
+- Quarto-Typst で日本語PDFも作成できるため、あまり使わない？
+- TinyTeX はパッケージはインストールしてあるが、セットアップをしていない状態。
+- 必要に応じてユーザー `rstudio` 権限でセットアップスクリプト `/my_script/install_tinytex.sh` を実行する（RStudio の Terminal で可）。
+    - TeX Live は引き続き日本語 TeX 開発コミュニティ texjp.org のサーバにある TeX Live 2022 (frozen) のアーカイブを利用
+    - TinyTeX はそれに合わせて "2023.03" をインストール
+    - LuaLaTeXの場合に、原ノ味フォントを先にインストールしておかないと進まなくなるので `haranoaji` だけセットアップ時にインストールしておく
+    - その他に必要なパッケージは、初回に日本語PDFを作成するときに自動でインストールされる（XeLaTeX + BXjscls の文書で約50個）
 
 ### 環境変数 PASSWORD の仮設定
 
@@ -66,7 +71,7 @@
 
 ### rootless モードの解除 (Arm64)
 
-- arm64版の rocker/rstudio (rocker/r-ver に RStudio Server を追加した場合も) は rootless モードで動いており、起動時にユーザー rstudio が削除される
+- arm64版の rocker/rstudio は rootless モードで動いており、起動時にユーザー rstudio が削除される
 - amd64(x86_64)版と設定ファイルなどを共用するために rootless モードを解除して、従来どおりユーザー rstudio を使用する
 - 今後、amd64 も rootless になるようならば要検討
 
@@ -88,3 +93,4 @@
 - **2023-04-06** :bookmark:[4.2.2_2023Mar](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.2.2_2023Mar) : `rocker/tidyverse:4.2.2` にあわせて更新。ARM64版を試作
 - **2023-06-21** :bookmark:[4.2.2_2023Mar_2](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.2.2_2023Mar_2) : Noto Sans JP フォントの導入に失敗していたのを修正
 - **2023-06-23** :bookmark:[4.3.0_2023Jun](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.3.0_2023Jun) : `rocker/tidyverse:4.3.0` にあわせて更新
+- **2024-04-26** :bookmark:[4.3.3_2024Apr](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.3.3_2024Apr) : `rocker/rstudio:4.3.3` をベースにQuarto 1.4を追加。Amd64/Arm64のDockerfileを1本化

my_scripts/install_coding_fonts.sh

@@ -7,7 +7,7 @@ set -x
 ##   https://github.com/yuru7/udev-gothic
 mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/400/italic
 mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/700/italic
-wget -q https://github.com/yuru7/udev-gothic/releases/download/v1.3.0/UDEVGothic_v1.3.0.zip -O UDEVGothic.zip
+wget -q https://github.com/yuru7/udev-gothic/releases/download/v1.3.1/UDEVGothic_v1.3.1.zip -O UDEVGothic.zip
 unzip -j -d UDEVGothic UDEVGothic.zip
 cp UDEVGothic/UDEVGothicLG-Regular.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/400
 cp UDEVGothic/UDEVGothicLG-Italic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/400/italic

my_scripts/install_pandas.sh

@@ -4,15 +4,6 @@ set -x
 
 # R から {reticulate} で Python3 を使えるようにセットアップ
 
-# python 3.10 関連の依存関係のトラブルに対する workaround
-cat << EOF >> /etc/apt/preferences
-Package: *python3.10*
-Pin: version 3.10.6-1~22.04.2ubuntu1
-Pin-Priority: 1000
-EOF
-apt-get update
-apt-get install -y --allow-downgrades python3.10
-
 # Python3のインストール
 source /rocker_scripts/install_python.sh
 

my_scripts/install_r_packages.sh

@@ -4,9 +4,19 @@
 
 set -x
 
+# from https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/scripts/install_tidyverse.sh
+# a function to install apt packages only if they are not installed
+function apt_install() {
+    if ! dpkg -s "$@" >/dev/null 2>&1; then
+        if [ "$(find /var/lib/apt/lists/* | wc -l)" = "0" ]; then
+            apt-get update
+        fi
+        apt-get install -y --no-install-recommends "$@"
+    fi
+}
 # 依存ライブラリの追加
-apt-get update
-apt-get install -y --no-install-recommends \
+apt_install \
+    cmake \
     gdebi-core \
     libcairo2-dev \
     libcurl4-openssl-dev \
@@ -38,14 +48,16 @@ Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"
 install2.r --error --ncpus -1 --skipinstalled \
     here \
     pacman \
+    pak \
     knitr \
     quarto \
     tidylog \
     furrr \
     glmnetUtils \
+    glmmTMB \
+    ggeffects \
     pROC \
     cmprsk \
-    psych \
     car \
     mice \
     ggmice \
@@ -56,7 +68,6 @@ install2.r --error --ncpus -1 --skipinstalled \
     ggsci \
     ggrepel \
     patchwork \
-    tableone \
     gt \
     gtsummary \
     flextable \

my_scripts/install_tidyverse.sh

@@ -5,9 +5,18 @@ set -x
 # 容量の大きな database backend は RSQLite 以外省略
 # Ref: https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/scripts/install_tidyverse.sh
 
+# a function to install apt packages only if they are not installed
+function apt_install() {
+    if ! dpkg -s "$@" >/dev/null 2>&1; then
+        if [ "$(find /var/lib/apt/lists/* | wc -l)" = "0" ]; then
+            apt-get update
+        fi
+        apt-get install -y --no-install-recommends "$@"
+    fi
+}
+
 # 依存ライブラリの追加
-apt-get update
-apt-get install -y --no-install-recommends \
+apt_install \
     libxml2-dev \
     libcairo2-dev \
     libgit2-dev \
@@ -38,6 +47,7 @@ install2.r --error --skipinstalled \
 ## dplyr database backends
 install2.r --error --skipmissing --skipinstalled \
     dbplyr \
+    dtplyr \
     DBI \
     RSQLite \
     fst

package_list.Rmd

@@ -0,0 +1,16 @@
+---
+title: "Installed packages"
+output:
+  md_document:
+    variant: "markdown_github"
+---
+
+```{r, message = FALSE}
+library(tidyverse)
+
+.packages(all.available = TRUE) %>%
+    sessioninfo::package_info(pkgs = ., include_base = FALSE) %>%
+    as_tibble() %>%
+    select(package, ondiskversion, date, source) %>%
+    knitr::kable()
+```