Nanotate

Nanotate is a free and open source tool. The code behind the tool is available on Github. End-users can install it by creating a bookmark. The documentation about how to install and use the Nanotate is available at http://doi.org/10.5281/zenodo.5101941 A running instance of the tool can be found https://nanotate.bitsfetch.com

Instalacion

para ejecutar esta aplicacion necesitamos instalar las dependencias de requirements.txt, para ello necesitamos un virtual enviroment de python.

$ python -m venv venv
$ . venv/bin/activate
$ pip install -r requirements.txt

Tests

pruebas de annotaciones a nanopublicaciones

Ejecucion del test

para ejecutar el test default ejecutamos:

$ python test.py

este tomara las anotaciones del archivo annotation_hypothesis.json y imprimira en pantallas la nanopublicacion en formato trig

Desde un archivo propio

para reproducir las pruebas de anotaciones desde un archivo json propio a una nanopublicacion se debe tener en cuenta:

Formato del json

el archivo json debe cumplir con el siguiente formato

[
    {
     "id":"7Z1sugBbEeu9_wtvk1iAjw",
     "authority":"__world__",
     "url":"https://protocolexchange.researchsquare.com/article/pex-1069/v1",
     "created":"2020-09-27T00:53:59.317703+00:00",
     "updated":"2020-09-30T00:39:50.822216+00:00",
     "title":[
        "Sample preparation and imaging procedures for fast and multiplexed superresolution..."
     ],
     "refs":[
     ],
     "isReply":false,
     "isPagenote":false,
     "user":"acct:miguel.ruano@hypothes.is",
     "displayName":null,
     "text":"",
     "prefix":"10 minutes. Wash with PBS3. Add ",
     "exact":"imaging buffer",
     "suffix":"",
     "start":15162,
     "end":15176,
     "tags":[
        "reagent"
     ],
     "group":"__world__",
     "ontologies":[
        "CHEBI"
     ],
     "settings":{
        "bio_annotations":[
           "http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_35225"
        ]
     }
    },
    ....
]

puedes mirar un ejemplo completo en ejemplo

una vez que tengamos nuestro archivo json con las anotaciones ejecutaremos:

$ python test.py -i <ruta del archivo>

y nos imprimira en pantalla las nanopublicaciones que de este se puedan generar

para mas opciones del test ejecutar :

$ python test.py -h

Para ejecutar pruebas unitarias ejecutar:

$ pytest

Development server

Ejecutar el archivo run.py este inicializa un Flask App

$ python run.py