Fix genomeAttribute usage

main.nf

@@ -21,28 +21,28 @@ include { RNASEQ                  } from './workflows/rnaseq'
 include { PREPARE_GENOME          } from './subworkflows/local/prepare_genome'
 include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnaseq_pipeline'
 include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnaseq_pipeline'
-include { getGenomeAttribute      } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnaseq_pipeline'
 include { checkMaxContigSize      } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnaseq_pipeline'
+include { getGenomeAttribute      } from './subworkflows/local/utils_nfcore_rnaseq_pipeline'
 
 /*
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
     GENOME PARAMETER VALUES
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 */
 
-params.fasta            = getGenomeAttribute('fasta')
-params.transcript_fasta = getGenomeAttribute('transcript_fasta')
-params.additional_fasta = getGenomeAttribute('additional_fasta')
-params.gtf              = getGenomeAttribute('gtf')
-params.gff              = getGenomeAttribute('gff')
-params.gene_bed         = getGenomeAttribute('bed12')
-params.bbsplit_index    = getGenomeAttribute('bbsplit')
-params.sortmerna_index  = getGenomeAttribute('sortmerna')
-params.star_index       = getGenomeAttribute('star')
-params.hisat2_index     = getGenomeAttribute('hisat2')
-params.rsem_index       = getGenomeAttribute('rsem')
-params.salmon_index     = getGenomeAttribute('salmon')
-params.kallisto_index   = getGenomeAttribute('kallisto')
+getGenomeAttribute('additional_fasta', 'additional_fasta')
+getGenomeAttribute('bbsplit', 'bbsplit_index')
+getGenomeAttribute('bed12', 'gene_bed')
+getGenomeAttribute('fasta', 'fasta')
+getGenomeAttribute('gff', 'gff')
+getGenomeAttribute('gtf', 'gtf')
+getGenomeAttribute('hisat2', 'hisat2')
+getGenomeAttribute('kallisto', 'kallisto_index')
+getGenomeAttribute('rsem', 'rsem')
+getGenomeAttribute('salmon', 'salmon')
+getGenomeAttribute('sortmerna', 'sortmerna_index')
+getGenomeAttribute('star', 'star_index')
+getGenomeAttribute('transcript_fasta', 'transcript_fasta')
 
 /*
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

nextflow.config

@@ -129,7 +129,7 @@ params {
     // Schema validation default options
     validationFailUnrecognisedParams = false
     validationLenientMode            = false
-    validationSchemaIgnoreParams     = 'genomes,igenomes_base,additional_fasta,bbsplit_index,fasta,gene_bed,gff,gtf,hisat2_index,kallisto_index,rsem_index,salmon_index,star_index,transcript_fasta'
+    validationSchemaIgnoreParams     = 'genomes,igenomes_base'
     validationShowHiddenParams       = false
     validate_params                  = true
 

subworkflows/local/utils_nfcore_rnaseq_pipeline/main.nf

@@ -254,15 +254,12 @@ def validateInputParameters() {
 }
 
 //
-// Get attribute from genome config file e.g. fasta
+// Get key from genome config file e.g. fasta, and initialize a params with the given attribute
 //
-def getGenomeAttribute(attribute) {
-    if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
-        if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
-            return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
-        }
-    }
-    return null
+def getGenomeAttribute(key, attribute) {
+    if ((params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome) && params.genomes[ params.genome ].containsKey(key) )) {
+        params."$attribute" = params.genomes[ params.genome ][ key ]
+    } else params."$attribute" = null
 }
 
 //