Adapt to new CSV format of epha-interactions

src/plugin/epha_interactions.rb

@@ -35,16 +35,16 @@ def update(csv_file_path = nil)
         @lineno = 0
         first_line = nil
         File.readlines(csv_file_path).each do |line|
-          unless first_line
-            first_line = line
-            # $stdout.puts "first: "+ first_line
-            next
-          end
           @lineno += 1
           # $stdout.puts  "#{Time.now} #{@lineno}: #{line}"; $stdout.flush
-          elements = line.chomp.split(';')
+          next if /ATC1.*Name1.*ATC2.*Name2/.match(line)
+          begin
+            elements = CSV.parse_line(line)
+          rescue CSV::MalformedCSVError
+            $stdout.puts "CSV::MalformedCSVError in line #{@lineno}: #{line}"
+            next
+          end
           values = Hash.new
-          elements.each{ |elem| elem.gsub!(/^"|"$/,'') }
           epha_interaction = @app.create_epha_interaction(elements[0], elements[2])
           epha_interaction.atc_code_self = elements[0]
           epha_interaction.atc_name = elements[1]
@@ -56,7 +56,6 @@ def update(csv_file_path = nil)
           epha_interaction.measures = elements[7]
           epha_interaction.severity = elements[8]
         end
-        # $stdout.puts  "#{Time.now} read #{@lineno} lines. Storing the results"; $stdout.flush
         $stdout.puts "#{Time.now}: Calling @app.odba_store"; $stdout.flush
         @app.odba_store
         $stdout.puts "#{Time.now}: Calling @app.epha_interactions.odba_store"; $stdout.flush

test/data/csv/epha_interactions_de_utf8-latest-latest.csv

@@ -1,2 +1,3 @@
-ATC1;Name1;ATC2;Name2;Info;Mechanismus;Effekt;Massnahmen;Grad
-N06AB06;Sertralin;M03BX02;Tizanidin;Keine Interaktion;Tizanidin wird über CYP1A2 metabolisiert. Sertralin beeinflusst CYP1A2 jedoch nicht.;Keine Interaktion.;Die Kombination aus Sertralin und Tizanidin hat kein bekanntes Interaktionspotential.;A
+"ATC1","Name1","ATC2","Name2","Info","Mechanismus","Effekt","Massnahmen","Grad"
+"N06AB06","Sertralin","M03BX02","Tizanidin","Keine Interaktion","Tizanidin wird über CYP1A2 metabolisiert. Sertralin beeinflusst CYP1A2 jedoch nicht.","Keine Interaktion.","Die Kombination aus Sertralin und Tizanidin hat kein bekanntes Interaktionspotential.","A"
+J05AE08","Atazanavir","C10AA05","Atorvastatin","Erhöhtes Risiko für Myopathie und Rhabdomyolyse","Atazanavir hemmt CYP3A4 und darüber auch den Abbau von Atorvastatin, was zu erhöhten Plasmakonzentrationen von Atorvastatin führt. .","Aufgrund der Inhibition von CYP3A4 durch Atazanavir kann die Atorvastatinkonzentration im Plasma ansteigen, was mit einem erhöhten Risiko für Myopathie und Rhabdomyolyse einhergeht .","Kombination nach Möglichkeit meiden und alternativ Statin wählen, welches nicht mit Atazanavir interagiert, wie z.B. Pravastatin. Ist nach Nutzen-Risiko-Abwägung die Kombination aus Atorvastatin und Atazanavir erforderlich, niedrige Atorvastatindosis (z.B. 10 mg/d) wählen und auf Zeichen der Myopathie und Rhabdomyolyse, wie Muskelschwäche,  Muskelschmerzen, verfärbter Urin und CK-Anstieg, achten . Die Kombination aus Atazanavir und Ritonavir mit Atorvastatin ist kontraindiziert.","D"

test/test_util/updater.rb

@@ -11,6 +11,7 @@
 require 'util/updater'
 require 'stub/odba'
 require 'date'
+
 module ODDB
   module Doctors
     class DoctorPlugin; end
@@ -41,32 +42,36 @@ def incomplete_pointers
 		end
 		alias :recipients :incomplete_pointers
 	end
-	class TestUpdater <Minitest::Test
+  class TestUpdater < Minitest::Test
     include FlexMock::TestCase
 		class StubLog
 			include ODDB::Persistence
 			attr_accessor :report, :pointers, :recipients, :hash
 			def notify(arg=nil)
 			end
 		end
-		class StubApp
+    class StubEphaInteractions
+      attr_accessor :atc_code_self, :atc_code_other # these two items are our unique index. They may not be changed
+      attr_accessor :atc_name, :name_other, :info, :action, :effect, :measures, :severity
+      def odba_store
+      end
+    end
+    class StubApp
       attr_writer :log_group
 			attr_reader :pointer, :values, :model
-			attr_accessor :last_date, :epha_interactions
-			def initialize
+      attr_accessor :last_date, :epha_interactions
+      def initialize
 				@model = StubLog.new
         @epha_interactions = []
-        epha_mock = FlexMock.new(@epha_interactions)
+        epha_mock = FlexMock.new(epha_interactions)
         epha_mock.should_receive(:odba_store)
 			end
       def odba_store
       end
       def create_epha_interaction(atc_code_self, atc_code_other)
-        epha_interaction = ODDB::EphaInteraction.new
-        mock = FlexMock.new(epha_interaction)
+        epha_interaction = StubEphaInteractions.new
         @epha_interactions ||= []
-        @epha_interactions << mock
-        mock.should_receive(:odba_store)
+        @epha_interactions << epha_interaction
         epha_interaction
       end
       def delete_all_epha_interactions
@@ -374,8 +379,10 @@ def test_update_epha_interactions_from_csv_file
       @plugin = ODDB::EphaInteractionPlugin.new(@app)
       res = @plugin.update(csv_file)
       assert_equal(1, @app.epha_interactions.size, 'We have 1 line in epha-CSV')
-      assert_equal('<FlexMock:N06AB06;Sertralin;M03BX02;Tizanidin;Keine Interaktion;Tizanidin wird über CYP1A2 metabolisiert. Sertralin beeinflusst CYP1A2 jedoch nicht.;Keine Interaktion.;Die Kombination aus Sertralin und Tizanidi>',
-                   @app.epha_interactions.first.inspect)
+      assert_equal('N06AB06', @app.epha_interactions.first.atc_code_self )
+      assert_equal('M03BX02', @app.epha_interactions.first.atc_code_other )
+      assert_equal('Keine Interaktion.', @app.epha_interactions.first.effect )
+      assert_equal('A', @app.epha_interactions.first.severity )
     end
 
     def test_update_simple  # update_simple is a private method