Skip to content

Commit

Permalink
Update enrichr.md
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
lauraluebbert authored Nov 6, 2023
1 parent 14c7850 commit c97d4f3
Showing 1 changed file with 23 additions and 0 deletions.
23 changes: 23 additions & 0 deletions docs/src/es/enrichr.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -28,6 +28,12 @@ Alternativamente: usa la bandera `--ensembl_background` para ingresar IDs tipo E
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT).
Para Python, usa `save=True` para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual.

`-ko` `--kegg_out`
Ruta al archivo png en el que se guardará la imágen de la vía de señalización celular KEGG, p. ej. ruta/al/directorio/KEGG.png. (Por defecto: None)

`-kr` `--kegg_rank`
Rango de la ruta KEGG que se va a trazar. (Por defecto: 1)

`figsize`
Solo para Python. (ancho, alto) de la visualización en pulgadas. (Por defecto: (10,10))

Expand Down Expand Up @@ -123,6 +129,23 @@ gget.enrichr(

<br/><br/>

**Genere una imagen de la vía de señalización de células KEGG con los genes del análisis de enriquecimiento resaltados:**
Esta función está disponible gracias a un [PR](https://github.com/pachterlab/gget/pull/106) de [Noriaki Sato](https://github.com/noriakis).

```bash
gget enrichr -db pathway --kegg_out kegg.png --kegg_rank 1 ZBP1 IRF3 RIPK1
```
```python
# Python
gget.enrichr(["ZBP1", "IRF3", "RIPK1"], database="pathway", kegg_out="kegg.png", kegg_rank=1)
```

&rarr; Además de los resultados estándar `gget enrichr`, el argumento `kegg_out` guarda una imagen con los genes del análisis de enriquecimiento resaltados guardado como kegg.png:

![kegg](https://github.com/pachterlab/gget/assets/56094636/b0aa5a64-69d0-4a6a-85db-3e7baf9cb2a4)

<br/><br/>

El siguiente ejemplo fue enviado por [Dylan Lawless](https://github.com/DylanLawless) a través de un [PR](https://github.com/pachterlab/gget/pull/54) (con ajustes de [Laura Luebbert](https://github.com/lauraluebbert)):
**Use `gget enrichr` en R y cree unq visualización similar usando [ggplot](https://ggplot2.tidyverse.org/reference/ggplot.html).**
TENGA EN CUENTA el cambio de ejes en comparación con la visualización en Python.
Expand Down

0 comments on commit c97d4f3

Please sign in to comment.