baseph

Les fonctions de base pour un projet simple de recherche clinique en R, particulièrement adapté pour une thèse ou un mémoire de DES.

Technique & progession

05/11/22 Les tableaux sont actuellement réalisés grâce au package gtsummary qui permet facilement de mettre en forme de beaux tableaux . Mais , malgré de nombreuses possibili"ts de réglage, je n(arrive pas à faire exactement ce que je veux DOnc je sui en train de les réécrire complètement en me servant juste de kableExtra pour la mise en forme finale;

Plusieurs tableaux :

• tab1ph Descriptif simple
• tabcph Comparaison simple
• tabregph Toute régression

Pour ces tableaux, possibilité d'avoir les intitulés vrais des variables & non les codes. Il vous faut alors créer une liste des "beaux intitulés". C'est lors de l'import du csv principal par la fonction debutph que ces labels seront importés.

Dans les fichiers d'exemple, les données (fictives) sont dans le fichier "patients" & les beaux noms dans le fichier "bnom", variable "nom".

On peut aussi sélectionner les variables à afficher dans les tableaux tab1ph & tabcph.

Les tests ou simplement l'affichage peuvent, pour les variables numériques, être présentés en moyenne ± écart-type ou en médiane (quartiles)

Autres aides :

• debutph Importation d'un csv avec normalisation des noms de variables, colonnes de type caractère converties en facteur. Un vecteur doit être présent contenant les labels corrects pour les tableaux & les figures.
• listrandph listes de randomisation multicentre, blocs variables.
• beaup Écrire un p = 0,05 esthétique avec p< 0,001 si nécessaire.
• bmiph Couper en facteurs un BMI numérique, version française & anglaise.

Graphiques

• barconfph Graphique en barres avec intervalle de confiance pour une variable numérique (y) & une variable factorielle de tri (x).
• barsimpleph Graphique en barre exprimé en % des modalités pour une variable factorielle (x)
• bardecph Même graphique que barsimpleph mais les % sont en ordre décroissant
• bardeuxph Graphique en barre. Une variable exprimée en % (y) pour chaque modalité (x) de l'autre.
• barouiph Graphique en barre avec barres d'erreur. Une variable binaire (oui/non) exprimée en % d'une modalité (oui par ex.) pour chaque modalité de l'autre.
• vioboxph Graphique en violon avec un box -plot intégré.
• pyrph Pyramide des âges. La fonction epiDisplay::pyramid() donne aussi un très bon rendu. (en travaux)

Calcul du nombre de sujets nécessaires

• nbobsph Enquète simple
• nb.equi.ph Étude d'équivalence
• nb.obs.ph Étude de non-infériorité

Jeu de données

Un jeu de données est fourni pour exemple :

• Patients Escarres en réniamtion chez la personne âgée (données fictives).
• bnom Les labels propres des variables:
  • code Code utilisé dans R (ex : igs)
  • nom Beau label pour les tableaux, figures etc. (ex : IGS 2)