Merge branch 'iss10-tabela1' into iss15-novas_tabelas. Closes #10.

resultados/tabela1.csv

@@ -0,0 +1,6 @@
+"";"";"F";"";"M";"p"
+"";"n";"";"n";"";""
+"Idade (média (DP)";"227";"67.36 (14.55)";"138";"58.96 (16.20)";"<0.001"
+"Altura (média (DP)";"204";" 1.58 (0.08)";"127";" 1.71 (0.08)";"<0.001"
+"Peso (média (DP)";"209";"72.30 (16.43)";"128";"81.68 (22.31)";"<0.001"
+"IMC (média (DP)";"204";"29.18 (6.42)";"127";"27.65 (6.36)";" 0.036"

resultados/tabela1.md

@@ -1,17 +1,10 @@
 
 
-|                                    |    Quantidade    |
-|:---------------------------------------:|:-------------:|
-|                  **n**                  |      365      |
-|           **Genero = M (%)**            |  138 ( 37.8)  |
-|          **Idade (média (DP))**          | 64.18 (15.71) |
-|     **Idade.cat = >= 65 anos (%)**      |  205 ( 56.2)  |
-|         **Altura (média (DP))**          |  1.63 (0.11)  |
-|          **Peso (média (DP))**           | 75.86 (19.39) |
-|           **IMC (média (DP))**           | 28.59 (6.43)  |
-|           **Obeso (%)**           |  115 ( 34.7)  |
-|  **Tipo.Atendimento = INTERNAÇÃO (%)**  |  365 (100.0)  |
-|            **TEP (%)**            |  12 (  3.3)   |
-|            **SPT (%)**            |  52 ( 14.2)   |
-|        **TVP.PREVIA (%)**         |  50 ( 13.7)   |
+|                     |     |       F       |     |       M       |   p    |
+|:------------------------:|:--------:|:-------------:|:--------:|:-------------:|:------:|
+|                          |    n     |               |    n     |               |        |
+|  **Idade (média (DP)**   |   227    | 67.36 (14.55) |   138    | 58.96 (16.20) | <0.001 |
+|  **Altura (média (DP)**  |   204    |  1.58 (0.08)  |   127    |  1.71 (0.08)  | <0.001 |
+|   **Peso (média (DP)**   |   209    | 72.30 (16.43) |   128    | 81.68 (22.31) | <0.001 |
+|   **IMC (média (DP)**    |   204    | 29.18 (6.42)  |   127    | 27.65 (6.36)  | 0.036  |
 

scripts/descritivas.R

@@ -1,7 +1,15 @@
 source("scripts/input.R")
 library(tableone)
-vars <-  c("Genero", "Idade", "Idade.cat", "Altura", "Peso", "IMC", "Tipo.Atendimento", "TEP", "SPT", "TVP.PREVIA")
-tabela1 <- CreateTableOne(data = dados, vars = vars)
+vars <-  c("Idade", "Altura", "Peso", "IMC")
+tabela1 <- CreateTableOne(data = dados, vars = vars, strata = "Genero")
+tabela1$ContTable$F[,1:2] <- tabela1$ContTable$F[,1:2] - tabela1$ContTable$F[,2]
+tabela1$ContTable$M[,1:2] <- tabela1$ContTable$M[,1:2] - tabela1$ContTable$M[,2]
+tab1 <- as.data.frame(print(tabela1, printToggle = F, exact = T), stringsAsFactors = F)
+tab1 <- cbind(tab1, n.F = c("n", tabela1$ContTable$F[,1]), n.M = c("n",tabela1$ContTable$M[,1]) )
+tab1 <- tab1[c("n.F", "F", "n.M", "M", "p")]
+rownames(tab1) <- c("", "Idade (média (DP)", "Altura (média (DP)", "Peso (média (DP)", "IMC (média (DP)" )
+colnames(tab1) <- c("", "F", "", "M", "p")
+tab1[1,c(2,4)] <- ""
 rm(vars)
 
 vars <- c("Profilaxia", "Dabigatrana", "Enoxaparina", "Rivaroxabana", "Warfarina")

scripts/input.R

@@ -7,7 +7,15 @@ dados <- as.data.table(dados)
 N.orig <- dim(dados)[1]
 
 # dados não utilizados
-dados[, c("Paciente", "Cirurgia", "OUTRAS") := NULL] # Colunas removidas
+dados[, c("Paciente",
+          "Cirurgia",
+          "OUTRAS",
+          "Tempo",
+          "Tipo.Atendimento",
+          "Data.Atendimento",
+          "Data.Cirurgia",
+          "TVP.PREVIA"
+          ) := NULL] # Colunas removidas
 
 # Usar "Genero" ao invés de "Sexo"
 colnames(dados)[colnames(dados) == 'Sexo'] <- 'Genero'
@@ -35,8 +43,8 @@ dados <- dados[!duplicated(dados[,1]),]
 N.final <- dim(dados)[1]
 ## Datas
 dados$Data.Exame <- as.Date(dados$Data.Exame, "%d/%m/%Y")
-dados$Data.Cirurgia <- as.Date(dados$Data.Cirurgia, "%d/%m/%Y")
-dados$Data.Atendimento <- as.Date(dados$Data.Atendimento, "%d/%m/%Y")
+# dados$Data.Cirurgia <- as.Date(dados$Data.Cirurgia, "%d/%m/%Y")
+# dados$Data.Atendimento <- as.Date(dados$Data.Atendimento, "%d/%m/%Y")
 dados$Nascimento <- as.Date(dados$Nascimento, "%d/%m/%Y")
 
 # Fatores

scripts/resultados-output.R

@@ -8,7 +8,7 @@ suppressWarnings(Sys.setlocale("LC_NUMERIC", "pt_BR.UTF-8"))
 
 # Markdown ----------------------------------------------------------------
 
-cat(tab1.output, file = "resultados/tabela1.md", sep = "\n")
+cat(pander_return(tab1), file = "resultados/tabela1.md", sep = "\n")
 cat(med.output, file = "resultados/medicamentos.md", sep = "\n")
 cat(med.Genero.output, file = "resultados/medicamentos_Genero.md", sep = "\n")
 cat(comorb.output, file = "resultados/comorbidades.md", sep = "\n")
@@ -26,6 +26,7 @@ library(knitr)
 # tabela 1 ----------------------------------------------------------------
 
 pandoc("resultados/tabela1.md", format = c("latex", "docx"))
+write.csv2(tab1, "resultados/tabela1.csv")
 
 # medicamentos ------------------------------------------------------------