Skip to content

Commit

Permalink
modify pheno input for logistic regression
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
prasunanand committed Jul 12, 2018
1 parent e361b46 commit 9758b82
Show file tree
Hide file tree
Showing 2 changed files with 199 additions and 1 deletion.
198 changes: 198 additions & 0 deletions data/gemma/BXD_binary.pheno
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,198 @@
1
0
1
1
1
1
0
0
0
NA
1
1
NA
1
1
1
1
1
1
NA
NA
0
0
0
NA
0
0
1
0
NA
NA
NA
1
0
0
NA
1
1
0
0
1
1
NA
0
0
NA
NA
NA
1
NA
NA
1
1
0
0
0
1
1
1
1
1
0
0
0
NA
NA
1
1
NA
0
0
1
1
NA
0
NA
0
1
1
0
0
NA
1
0
NA
1
1
NA
0
0
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
2 changes: 1 addition & 1 deletion tests/logistic.sh
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1 +1 @@
./build/faster_lmm_d --geno=data/gemma/BXD_geno.txt.gz --pheno=data/gemma/BXD.pheno --covar=data/gemma/BXD_covariates2.txt --anno=data/gemma/BXD_snps.txt --kinship=data/gemma/BXD.cXX.txt --maf=0.1 --cmd=logistic
./build/faster_lmm_d --geno=data/gemma/BXD_geno.txt.gz --pheno=data/gemma/BXD_binary.pheno --covar=data/gemma/BXD_covariates2.txt --anno=data/gemma/BXD_snps.txt --kinship=data/gemma/BXD.cXX.txt --maf=0.1 --cmd=logistic

0 comments on commit 9758b82

Please sign in to comment.