Skip to content

Commit

Permalink
Merge sewage charts (#1201)
Browse files Browse the repository at this point in the history 
* Move NLZOH sewage to old chart
* Sync CČN Ljubljana name between NLZOH and NIB
* Old chart: remove 7d average, reorder to make it similar to NLZOH charts
* Merge FAQ
  • Loading branch information
@lukarenko
lukarenko committed Apr 5, 2023
1 parent 00dfbe9 commit ce79a85
Show file tree
Hide file tree
Showing 13 changed files with 472 additions and 631 deletions.
4 changes: 0 additions & 4 deletions src/components/floatingMenuDict.js
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -87,10 +87,6 @@ export default {
titleKey: 'charts.sewage.titleMenu',
icon: 'graph',
},
'sewage-cases-chart': {
titleKey: 'charts.sewageCases.titleMenu',
icon: 'graph',
},
'hcenters-chart': {
titleKey: 'charts.hCenters.titleMenu',
icon: 'graph',
Expand Down
1 change: 0 additions & 1 deletion src/content/faq.js
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -54,7 +54,6 @@ export default [
"schools-chart",
"school-status-chart",
"sewage-chart",
"sewage-cases-chart",
"sources-chart",
"ratios-chart",
"hcenters-chart",
Expand Down
17 changes: 6 additions & 11 deletions src/locales/en.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -837,24 +837,19 @@
"date": "%A, %e. %B"
},
"sewage": {
"title": "Virus in Sewage (NIB) [until 2/28/2023]",
"titleMenu": "Sewage",
"activeCases": "Active Cases",
"newCases7dAve": "New Cases (7-day average)",
"concentrationGen1": "Ratio of SARS-CoV-2 Gene N1 and PMMoV",
"concentrationGen2": "Ratio of SARS-CoV-2 Gene N2 and PMMoV",
"muncipalitiesIncluded": "Active and Confirmed cases includes data from municipalities:"
},
"sewageCases": {
"title": "Virus and Mutations in Sewage",
"titleMenu": "Sewage - mutations",
"titleMenu": "Sewage",
"casesPer100k": "Cases per 100,000 people",
"genomesRatio": "Ratio of Gene Mutations",
"measurementsNIB": "NIB Measurements [until 2/28/2023]",
"estimatedCases": "Estimated Cases",
"activeCases": "Active Cases",
"newCases7dAve": "New Cases (7-day average)",
"concentrationGen1": "Ratio of SARS-CoV-2 Gene N1 and PMMoV",
"concentrationGen2": "Ratio of SARS-CoV-2 Gene N2 and PMMoV",
"muncipalitiesIncluded": "Active and Confirmed cases includes data from municipalities:",
"other": "Other"
},

"sources": {
"title": "Sources and Locations of Infection, weekly",
"titleMenu": "Sources and Locations of Infection",
Expand Down
25 changes: 8 additions & 17 deletions src/locales/sl.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -1497,21 +1497,16 @@
"date": "%A, %e. %B"
},
"sewage": {
"title": "Virus v odpadnih vodah (NIB) [do 28.2.2023]",
"titleMenu": "Odpadne vode",
"activeCases": "Aktivni primeri",
"newCases7dAve": "Novi primeri (7-dnevno povprečje)",
"concentrationGen1": "Razmerje SARS-CoV-2 gen N1 in PMMoV",
"concentrationGen2": "Razmerje SARS-CoV-2 gen N2 in PMMoV",
"muncipalitiesIncluded": "Aktivni in potrjeni primeri vključujejo podatke iz naslednjih občin, ki uporabljajo to čistilno napravo (ČN):"
},
"sewageCases": {
"title": "Virus in različice v odpadnih vodah",
"titleMenu": "Odpadne vode - mutacije",
"cases100k": "Primeri na 100.000 prebivalcev",
"genomesRatio": "Deleži mutacij genoma",
"measurementsNIB": "Meritve NIB [do 28.2.2023]",
"estimatedCases": "Ocenjeno število primerov",
"activeCases": "Aktivni primeri",
"newCases7dAve": "Novi primeri (7-dnevno povprečje)",
"concentrationGen1": "Razmerje SARS-CoV-2 gen N1 in PMMoV",
"concentrationGen2": "Razmerje SARS-CoV-2 gen N2 in PMMoV",
"muncipalitiesIncluded": "Aktivni in potrjeni primeri vključujejo podatke iz naslednjih občin, ki uporabljajo to čistilno napravo (ČN):",
"other": "Drugo"
},
"sources": {
Expand Down Expand Up @@ -2152,13 +2147,9 @@
"question": "Kaj kaže graf \"Stanje po šolah in vrtcih\"?",
"answer": "[Graf](/sl/stats#school-status-chart) omogoča časovni prikaz odsotnosti in drugih ukrepov za posamezno šolo, vrtec ali drugo vzgojno-izobraževalno ustanovo.\n\nV osnovnem pogledu je po regijah prikazano število ustanov, ki so v zadnjih sedmih dneh imele kakršnokoli spremembo (novo odsotnost učenca ali zaposlenega zaradi suma na okužbo ali okužbe, spremenjen režim šolanja za oddelek). Tako dobite hiter pregled nad aktualnim dogajanjem.\n\nNatančnejši vpogled v stanje v posameznih ustanovah lahko dobite z izbiro regije in potem iskane ustanove, lahko pa določeno ustanovo preprosto poiščete s pomočjo iskalnika zgoraj levo. Na osnovni pogled se vrnete tako, da zaprete trenutni prikaz s klikom na križec poleg imena ustanove na vrhu grafa.\n\nČe za izbrano ustanovo obstajajo podatki, se v zgornjem delu grafa prikažejo spremenjeni režimi za zadevne oddelke (karantena, šola na daljavo), na sredini odsotnosti učencev in v spodnjem delu grafa odsotnosti zaposlenih zaradi okužbe ali suma na okužbo.\n\nDolžina vsakega pravokotnika ustreza datumom trajanja posameznega ukrepa, v oklepaju je zapisano število oseb, na katerega se nanaša. Ob prehodu z miško čez pravokotnik se pojavi oblaček z dodatnimi informacijami (vrsta ukrepa, vzrok za ukrep in osebe, na katere se nanaša).\n\nPrivzeti prikaz (*Aktivni*) vključuje podatke za zadnjih 28 dni; če želite videti celotno zgodovino za posamezno ustanovo, kliknite zgoraj desno na izbiro *Vsi*."
},
"sewage-cases-chart": {
"question": "Kaj kaže graf \"Virus in različice v odpadnih vodah\"?",
"answer": "[Graf](/sl/stats#sewage-cases-chart) prikazuje razmerje med različicami virusa SARS-CoV-2, ki krožijo v populaciji na izbranem območju čistilne naprave in v določenem časovnem obdobju. Meritve redno izvaja Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) na več čistilnih napravah in po vseh statističnih regijah v Sloveniji. Z izbiro v spustnem meniju v levem zgornjem kotu lahko pogledamo podatke za posamezno čistilno napravo.\n\nGraf omogoča tudi prikaz ocenjenega števila primerov v populaciji na podlagi meritev v posamezni čistilni napravi z izbiro prikaza *Primeri na 100.000 prebivalcev* desno zgoraj. Na grafu je, za primerjavo, prikazano še število aktivnih okuženih prebivalcev, na podlagi izvedenih kliničnih testov (HAT in PCR).\n\nVeč o metodologiji, meritvah in pokritosti populacije na posameznih čistilnih napravah lahko preberete [tukaj](https://modeliranje.nijz.si/epivode/epivode-c19.html#metodologija-in-interpretacija)."
},
"sewage-chart": {
"question": "Kaj kaže graf \"Virus v odpadnih vodah (NIB)\"?",
"answer": "[Graf](/sl/stats#sewage-chart) prikazuje prisotnost koronavirusa v odpadnih vodah na posameznih čistilnih napravah. Meritve redno izvaja Nacionalni inštitut za biologijo na sedmih čistilnih napravah.\n\nGre za meritev količine virusne RNA v 24-urnih vzorcih odpadnih voda, in sicer za virusno strukturni gen N2. Pri tem se uporablja test, razvit pri CDC. Vzorec se dostavi v laboratorije NIB, kjer se ga najprej skoncentrira, potem pa v njem izmeri koncentracijo koronavirusa in koncentracijo virusa PMMoV; slednji je uporabljan kot fekalni indikator v odpadnih vodah. Vrednosti, predstavljene na grafu, so razmerja med koncentracijami SARS-CoV-2 in PMMoV v vzorcih.\n\nNa grafu izberemo prikaz po posamezni čistilni napravi (spodaj se izpiše, za katere občine se vključujejo podatki). Poleg koncentracij gena N2 je za primerjavo prikazano tudi število novih (7-dnevno povprečje) in aktivnih primerov v občinah, ki so priklopljene na posamezno čistilno napravo. Tako lahko iz sprememb koncentracije gena N2 razberemo spremembe v trendu. Višja vrednost pomeni večjo relativno prisotnost virusa v populaciji in obratno."
"question": "Kaj kaže graf \"Virus in različice v odpadnih vodah\"?",
"answer": "[Graf](/sl/stats#sewage-chart) prikazuje razmerje med različicami virusa SARS-CoV-2, ki krožijo v populaciji na izbranem območju čistilne naprave in v določenem časovnem obdobju. Meritve redno izvaja Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) na več čistilnih napravah in po vseh statističnih regijah v Sloveniji. Z izbiro v spustnem meniju v levem zgornjem kotu lahko pogledamo podatke za posamezno čistilno napravo.\n\nGraf omogoča tudi prikaz ocenjenega števila primerov v populaciji na podlagi meritev v posamezni čistilni napravi z izbiro prikaza *Primeri na 100.000 prebivalcev*. Na grafu je, za primerjavo, prikazano še število aktivnih okuženih prebivalcev, na podlagi izvedenih kliničnih testov (HAT in PCR).\n\nVeč o metodologiji, meritvah in pokritosti populacije na posameznih čistilnih napravah lahko preberete [tukaj](https://modeliranje.nijz.si/epivode/epivode-c19.html#metodologija-in-interpretacija).\n\nZ izbiro *Meritve NIB [do 28.2.2023]* lahko prikažete meritve, ki jih je do 28.2.2023 redno izvajal Nacionalni inštitut za biologijo na sedmih čistilnih napravah. Gre za meritev količine virusne RNA v 24-urnih vzorcih odpadnih voda, in sicer za virusno strukturni gen N2. Pri tem se uporablja test, razvit pri CDC. Vzorec se najprej skoncentrira, potem pa v njem izmeri koncentracijo koronavirusa in koncentracijo virusa PMMoV; slednji je uporabljan kot fekalni indikator v odpadnih vodah. Vrednosti, predstavljene na grafu, so razmerja med koncentracijami SARS-CoV-2 in PMMoV v vzorcih."
},
"sources-chart": {
"question": "Kaj kaže graf \"Karantena in viri okužb\"?",
Expand Down Expand Up @@ -2218,7 +2209,7 @@
},
"age-groups-chart": {
"question": "Kaj kaže graf \"Po starostnih skupinah\"?",
"answer": "[Graf](/sl/stats#age-groups-chart) prikazuje starostno strukturo vseh potrjenih primerov (od 21.12.2020 PCR in HAT) in smrti zaradi koronavirusa, ločeno tudi po spolu. Prikaz kaže absolutne vrednosti in ga desno zgoraj lahko spremenimo v *Delež prebivalstva* za prikazovanje in boljši vpogled, kakšna je okuženost in umrljivost zaradi bolezni COVID-19 glede na število prebivalcev v celotnem obdobju epidemije.\n<!---\nV relativnem prikazu so spodaj možnosti različnih pogledov: z izbiro *Delež potrjenih primerov* se bo prikazal delež potrjenih primerov prebivalstva glede na določeno starostno skupino. Z izbiro *Delež umrlih* bomo videli skupno število smrti v tem obdobju glede na število prebivalcev, izraženo v odstotkih.\nZ izbiro *Umrli glede na št. primerov* lahko razberemo, kakšen je bil delež umrlih v določeni starostni skupini glede na število potrjenih primerov.\n-->\n\nDemografski podatki nam lahko pomagajo razumeti, kako se je pandemija razširila in zakaj je nesorazmerno vplivala na določene starostne skupine. Po zdaj znanih podatkih naj bi bila bolezen COVID-19 bolj nevarna za starejše in tiste s pridruženimi boleznimi, po nekaterih podatkih naj bi bili bolj izpostavljeni moški. Da pa bi lahko razumeli vse dejavnike, bi morali pridobiti več podatkov: kakšne so bile pridružene bolezni, socialno ekonomsko stanje obolelih, geografsko območje ipd.\n*Opomba: Za razliko od drugih podatkov, ki se objavljajo redno za različne kategorije, uradni viri pridobivajo demografske podatke z zamudo (starost, občina ...), zato so ti praviloma znani z enodnevnim zamikom. To je tudi razlog, da lahko v prikazu Po starostnih skupinah prihaja do odstopanja oz. manjših vrednosti števila potrjenih primerov in umrlih glede na podatke v drugih prikazih.*"
"answer": "[Graf](/sl/stats#age-groups-chart) prikazuje starostno strukturo vseh potrjenih primerov (od 21.12.2020 PCR in HAT) in smrti zaradi koronavirusa, ločeno tudi po spolu. Prikaz kaže absolutne vrednosti in ga lahko spremenimo v *Delež prebivalstva* za prikazovanje in boljši vpogled, kakšna je okuženost in umrljivost zaradi bolezni COVID-19 glede na število prebivalcev v celotnem obdobju epidemije.\n<!---\nV relativnem prikazu so spodaj možnosti različnih pogledov: z izbiro *Delež potrjenih primerov* se bo prikazal delež potrjenih primerov prebivalstva glede na določeno starostno skupino. Z izbiro *Delež umrlih* bomo videli skupno število smrti v tem obdobju glede na število prebivalcev, izraženo v odstotkih.\nZ izbiro *Umrli glede na št. primerov* lahko razberemo, kakšen je bil delež umrlih v določeni starostni skupini glede na število potrjenih primerov.\n-->\n\nDemografski podatki nam lahko pomagajo razumeti, kako se je pandemija razširila in zakaj je nesorazmerno vplivala na določene starostne skupine. Po zdaj znanih podatkih naj bi bila bolezen COVID-19 bolj nevarna za starejše in tiste s pridruženimi boleznimi, po nekaterih podatkih naj bi bili bolj izpostavljeni moški. Da pa bi lahko razumeli vse dejavnike, bi morali pridobiti več podatkov: kakšne so bile pridružene bolezni, socialno ekonomsko stanje obolelih, geografsko območje ipd.\n*Opomba: Za razliko od drugih podatkov, ki se objavljajo redno za različne kategorije, uradni viri pridobivajo demografske podatke z zamudo (starost, občina ...), zato so ti praviloma znani z enodnevnim zamikom. To je tudi razlog, da lahko v prikazu Po starostnih skupinah prihaja do odstopanja oz. manjših vrednosti števila potrjenih primerov in umrlih glede na podatke v drugih prikazih.*"
},
"world-chart": {
"question": "Kaj nam kaže \"Stanje COVID-19 v svetu\"?",
Expand Down
5 changes: 0 additions & 5 deletions src/pages/EmbedMakerPage.vue
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -158,11 +158,6 @@ export default {
text: this.$t('charts.sewage.title'),
dimensions: [1140, 720]
},
"SewageCases": {
value: "SewageCases",
text: this.$t('charts.sewageCases.title'),
dimensions: [1140, 720]
},
"Regions": {
value: "Regions",
text: this.$t('charts.regions.title'),
Expand Down
7 changes: 2 additions & 5 deletions src/style/visualizations/main.sass
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -428,9 +428,6 @@ $box-shadow: 0 6px 38px -18px rgba(0, 0, 0, 0.3), 0 11px 12px -12px rgba(0, 0, 0
.age-groups-chart
min-height: 608px

.sewage-chart
min-height: 626px

.sources-chart
min-height: 610px

Expand All @@ -452,7 +449,7 @@ $box-shadow: 0 6px 38px -18px rgba(0, 0, 0, 0.3), 0 11px 12px -12px rgba(0, 0, 0
.metrics-comparison-chart
min-height: 688px

.sewage-cases-chart
.sewage-chart
min-height: 640px

.filters
Expand Down Expand Up @@ -485,7 +482,7 @@ $box-shadow: 0 6px 38px -18px rgba(0, 0, 0, 0.3), 0 11px 12px -12px rgba(0, 0, 0
background-color: $gray-600

.patients-chart, .icu-patients-chart, .care-patients-chart, .patients-age-chart, .age-groups-chart, .hospitals-chart, .countries-cases-chart,
.countries-active-chart, .countries-deaths-chart, .daily-comparison-chart, .schools-chart, .vaccination-chart, .vaccines-chart, .vaccine-effect-chart, .vaccine-effect-age-chart, .sewage-chart, .sources-chart, .hc-cases-chart
.countries-active-chart, .countries-deaths-chart, .daily-comparison-chart, .schools-chart, .vaccination-chart, .vaccines-chart, .vaccine-effect-chart, .vaccine-effect-age-chart, .sources-chart, .hc-cases-chart

.metric-selector
background-color: white
Expand Down
14 changes: 2 additions & 12 deletions src/visualizations/App.fs
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -38,7 +38,6 @@ let init (query: obj) (visualization: string option) (page: string) (apiEndpoint
| "Schools" -> Some Schools
| "SchoolStatus" -> Some SchoolStatus
| "Sewage" -> Some Sewage
| "SewageCases" -> Some SewageCasesGenomes
| "Sources" -> Some Sources
| "HcCases" -> Some HcCases
| "Municipalities" -> Some Municipalities
Expand Down Expand Up @@ -513,14 +512,6 @@ let render (state: State) (_: Msg -> unit) =
| Success data ->
lazyView SewageChart.chart {| data = data |} }

let sewageCases =
{ VisualizationType = SewageCasesGenomes
ClassName = "sewage-cases-chart"
ChartTextsGroup = "sewageCases"
ChartEnabled = true
Explicit = false
Renderer = fun _ -> lazyView SewageCasesChart.sewageCasesChart () }

let hcCases =
{ VisualizationType = HcCases
ClassName = "hc-cases-chart"
Expand Down Expand Up @@ -711,7 +702,7 @@ let render (state: State) (_: Msg -> unit) =
[ metricsComparison;
dailyComparison;
patientsAge;
sewageCases;
sewage;
spread;
tests; ageGroupsTimeline;
map; municipalities; regionMap; regions100k;
Expand All @@ -723,7 +714,6 @@ let render (state: State) (_: Msg -> unit) =
cases;
regionsAbs
phaseDiagram;
sewage;
vaccineEffectAge; vaccineEffect;
vaccination; vaccines;
schools; schoolStatus
Expand All @@ -741,7 +731,7 @@ let render (state: State) (_: Msg -> unit) =
]

let allVisualizations =
[ sewage; sewageCases; metricsCorrelation; hospitals; metricsComparison; spread; dailyComparison; map
[ sewage; metricsCorrelation; hospitals; metricsComparison; spread; dailyComparison; map
municipalities; sources; vaccination; vaccines; vaccineEffectAge; vaccineEffect;
europeMap; worldMap; ageGroupsTimeline; tests; hCenters; infections
cases; patients; patientsICU; patientsCare; patientsAge;
Expand Down
1 change: 0 additions & 1 deletion src/visualizations/App.fsproj
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -59,7 +59,6 @@
<Compile Include="VaccineEffectAgeChart.fs" />
<Compile Include="SourcesChart.fs" />
<Compile Include="SewageChart.fs" />
<Compile Include="SewageCasesChart.fs" />
<Compile Include="HcCasesChart.fs" />
<Compile Include="PhaseDiagram/Types.fs" />
<Compile Include="PhaseDiagram/Data.fs" />
Expand Down

0 comments on commit ce79a85

Please sign in to comment.