Мастерская №8 Обработка естественных языков на ДНК и белках.

В папке src/ лежат алгоритмы, которые мы разобрали во время обучения, в папке notebooks/ - jupyter ноутбуки с кодом для интерактивного выполнения. Целью было разобрать классические алгоритмы машинного обучения и затем попробовать их на белках. У проекта было 2 части: научиться предсказывать вторичную структуру белка по его последовательности и научиться классифицировать белки по принадлежности к разным таксонам по его последовательности. Они лежат в файлах в папке notebooks/. Мы не успели упаковать их в консольный интерфейс, вы можете запустить файлы по ссылке.

Все данные уже лежат в папке data/. Вторичные структуры взяты отсюда.

Сборка и запуск

Зависимости: Python и библиотеки pytorch, torchtext, sklearn, numpy, pandas, matplotlib, seaborn, tqdm.

Или можно открыть блокноты в Google Colab. Запустите блокнот и затем нажмите Среда выполнения -> выполнить все.

• Разобранные алгоритмы
• Предсказание таксона
• Визуализация датасета со вторичными структурами
• Предсказание вторичной структуры

Состав мастерской

Ученики

• Закиров Тимур
• Плюснин Антон
• Матюшин Никита
• Васильченко Михаил
• Притупов Вадим

Руководитель

• Грушецкий Николай Артёмович