[hic_opt] Initial commit

hic_opt.nim

@@ -0,0 +1 @@
+echo "Hello world"

hic_opt.nimble

@@ -0,0 +1,13 @@
+# Package
+
+version       = "0.7.11"
+author        = "Haibao Tang"
+description   = "Genome scaffolding based on HiC data"
+license       = "BSD"
+
+# Dependencies
+
+requires "nim >= 0.17.2"
+
+task run, "build":
+    exec "nim c -d:release -r hic_opt.nim"

tests/test.ids

@@ -0,0 +1,100 @@
+tig0000	79158
+tig0001	181749
+tig0002	141094
+tig0003	3875
+tig0004	30304
+tig0005	85335
+tig0006	46090
+tig0007	349239
+tig0008	11198
+tig0009	131585
+tig0010	158334
+tig0011	75086
+tig0012	454
+tig0013	30660
+tig0014	19838
+tig0015	40462
+tig0016	207224
+tig0017	33985
+tig0018	27050
+tig0019	332764
+tig0020	18185
+tig0021	83160
+tig0022	144024
+tig0023	296
+tig0024	33851
+tig0025	14626
+tig0026	74963
+tig0027	163514
+tig0028	23257
+tig0029	261473
+tig0030	325853
+tig0031	23865
+tig0032	29008
+tig0033	47613
+tig0034	332703
+tig0035	46099
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+tig0037	116407
+tig0038	148554
+tig0039	43708
+tig0040	67697
+tig0041	90169
+tig0042	45076
+tig0043	144004
+tig0044	27061
+tig0045	304641
+tig0046	23222
+tig0047	82284
+tig0048	33748
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+tig0099	183206