Przeciwko akcji T4 protestowali rodzice poszkodowanych, wybitni przedstawiciele kościoła, jak przez katolicką stronę quasi-zbuntowanego biskupa diecezji Rottenburg Joannes Baptista Sproll, biskupa Münster, Clemens August Graf von Galen, biskupa Berlina Konrada Hrabiego Preysinga von Berlin, Bernhard Lichtenberg, Kapitularvikar von Paderborn, biskup pomocniczy Augustinus Philipp Baumann i biskup Limburgii, Antonius Hilfrich, a także ze strony protestanckiej Paul Gerhard Braune, Theophil Wurm i Friedrich von Bodelschwingh, Bielefeld, ale także niektórzy kierownicy domów i pracownicy domów, gdzie mieszkały ofiary.
Jako jedyny niemiecki sędzia Lothar Kreyssig z Brandenburga nad Hawelą potępił morderstwa związane z eutanazją. Jako sędzia opiekuńczy (Vormundschaftsrichter) zauważył, że po jego przeniesieniu narastały zgony jego niepełnosprawnych podopiecznych. W lipcu 1940 poinformował o swoim podejrzeniu, że pacjenci zostali masowo zamordowani, minister sprawiedliwości Rzeszy Franz Gürtner. Po tym, jak powiedziano mu, że akcja morderstwa odbywa się pod nadzorem biura Fiihrera, Kreyssig wniósł oskarżenie o zabójstwo przeciwko Reichsleiterowi Philippowi Bouhlerowi. Surowo zabronił instytucjom, w których znajdowały się jego wychowankowie, ich przeniesienia bez jego zgody. Kreyssig, który spodziewał się natychmiastowego aresztowania, został po prostu na emerytowany.
Alianci wiedzieli od 1940 roku. Royal Air Force zrzuciły ulotki do Rzeszy Niemieckiej we wrześniu 1941 r. ("200 000 bezużyteczne"), w których odnotowano Steinhof i Erwin Jekelius.
31 stycznia 1941 r. Joseph Goebbels napisał w swoim dzienniku: "Omówiono pytanie Bouhlera o milczącą likwidację pacjentów umysłowych. 40000 zniknęło, 60000 wciąż musi odejść. To trudna, ale konieczna praca. I musi być teraz zrobione. Bouhler jest właściwym człowiekiem do tego." Wspomniany tutaj cel planowania 100 000 ofiar nie został zrealizowany zgodnie z powyższymi statystykami Hartheimera, a zapis w dzienniku jest cytowany jako dowód, że akcja T4 została przedwcześnie zakończona.
24 sierpnia 1941 r. Hitler przekazał swojemu lekarzowi Brandtowi i Reichsleiterowi Bouhlerowi ustną instrukcję zakończenia "Akcji T4" i powstrzymania "Erwachseneneuthanasie" w sześciu ośrodkach zabijania. Jednak kontynuowano tak zwaną "eutanazję dzieci" (Kinder-Euthanasie), a także zdecentralizowane zabijanie niepełnosprawnych osób dorosłych w indywidualnych "domach opieki i zdrowiu" „Heil- und Pflegeanstalten poprzez pozbawienie żywności i podawanie luminalu lub morfiny-skopolaminy. Ponadto w trzech ośrodkach zabijania Bernburg, Sonnenstein i Hartheim nadal trwało zabijanie chorych lub obezwładnionych więźniów obozów koncentracyjnych zwanych "Akcją 14f13".
Według historyka Götza Aly'ego publiczny protest Clemensa Augusta Grafa von Galena był dla Hitlera decydującym impulsem do zawieszenia akcji, ale nie jedynym powodem. Jasne oświadczenie wysokich dostojników kościelnych przeciwko zabijaniu pacjentów działałoby szczególnie wśród wiernych katolickich. Naruszenie tajemnicy i zaniepokojenie wśród ludności odnotowano z niepokojem, zwłaszcza że zbliżała się postępy wojny.
Zastosowano systematyczne selekcje w obozach koncentracyjnych, a także zabójstwa Żydów w obozach zagłady, pracowników biurowych i zespołów, które wcześniej brały udział w akcji T4. Uwe Dietrich Adam podniósł zatem kwestię, czy należy zatrzymać akcję, ponieważ pilniej potrzebowali tych specjalistów od zabijania w innym miejscu.
24 sierpnia 1941 oficjalne zaprzestanie Akcji T4.
Istniały przynajmniej 4 możliwe przyczyny zawieszenia (oficjalnie: zakończenia) Akcji T4:
- Skutkiem coraz częstszych bombardowań miast niemieckich była rosnąca liczba cywilnych ofiar wojny, ludzi poparzonych, okaleczonych, wymagających dłuotrwałej rehabilitacji. Kiedy władze hitlerowskie zaczęły mówić o stworzeniu dużych, oddalonych od miast ośrodków rehabilitacyjnych w Niemczwech wybuchła panika, plotka mówiła że chcą wymordować rannych tak samo jak niepełnosprawnych. Zakończenie Akcji T4 miało być gwarancją, że to nie nastąpi.
- Po Barbarossie dużą część personelu transferowano na Ostfront i do lazaretów w Niemczech
- W zakresie praktycznych możliwości operacja osiągnęła cel i nie było potrzeby kontynuowania jej w tej formie.
- Po tym jak dwa pierwsze ośrodki zagłady zostały ujawnione Akcja T4 przestała być tajemnicą. Mimo braku praktycznego oporu przeciwko porywaniu ludzi na zagładę zdarzały się przypadki jawnej wrogości wobec transportów SS. Coraz częściej mówiono na ten temat, a ujawnienie sprawy za granicą kompromitowało władze hitlerowskie. Szczególne znaczenie odegrały tu kazania biskupa von Galena, jedyny głos niemieckiego kościoła katolickiego w tej sprawie.
2 grudnia 1940 papież Pius XII stwierdził, że "zabijanie niewinnych ludzkich istot, chocieżby obciążonych jakimiś brakami fizycznymi czy psychicznymi i z tego względu "nieużytecznymi" dla społeczeństwa, a nawet stanowiącymi dlań ciężar, jest przeciwne prawu naturalnemu i pozytywnemu prawu Bożemu i jako takie niedozwolone, chociażby było polecone przez jakiś publiczny autorytet. (Św. Officium, 2 XII 1940 : AAS 32 (1940) 553 - 554). Brak reakcji kleru niemieckiego, dopiero biskup Münsteru Clemens von Galen latem 1941.
"Biada ludowi Niemiec, gdzie zabija się niewinnych, a ich mordercy pozostają bezkarni". "Nie mamy do czynienia z maszynami, końmi i krowami, których jedyny cel polega na służeniu ludzkości, wytwarzaniu dóbr dla człowieka. Maszyny można złomować, a zwierzęta zaprowadzić do rzeźni, kiedy nie spełniają już swoich funkcji. Nie, mamy do czynienia z ludzkimi istotami, naszymi bliźnimi, naszymi braćmi i siostrami. Z biednymi chorymi ludźmi – jeśli chcecie: ludźmi nieproduktywnymi. Ale utracili oni prawo do życia? Czy wy i ja sam mamy prawo żyć tylko tak długo, jak długo jesteśmy użyteczni, dopóki inni uznają nas za takich?"
Kazanie powielane w wielu egzemplarzach było kolportowane w całym kraju. Mówiło o nim radio BBC. Jego czytanie było karane zesłaniem do obozu koncentracyjnego. Przeciwko Galenowi nie podjęto żadnych restrykcji z obawy przed opinią społeczną, jednak po zamachu na Hitlera w lipcu 1944 osadzono go w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. Zmarł po wojnie w 1946.
31 stycznia 1941 Joseph Goebbels napisał w dzienniku:
Mit Bouhler Frage der stillschweigenden Liquidierung von Geisteskranken besprochen. 40000 sind weg, 60000 müssen noch weg. Das ist eine harte, aber auch notwendige Arbeit. Und sie muß jetzt getan werden. Bouhler ist der rechte Mann dazu.
Tłumaczenie na polski:
"Omówiono pytanie Bouhlera o milczącą likwidację pacjentów umysłowych. 40000 zniknęło, 60000 wciąż musi odejść. To trudna, ale konieczna praca. I musi być teraz zrobione. Bouhler jest właściwym człowiekiem do tego."
Cel 100 000 ofiar nie został zrealizowany, dane z Hartheim wskazują na 70 tys ofiar. Cytowany fragment ma dowodzić przedwczesnego zakończenia Akcji T4.
Jednak w niektórych ośrodkach (np. w Hartheim, Bernburg (Saale), Sonnenstein) nadal zabijano więźniów obozów koncentracyjnych, a personel i urządzenia komór gazowych z pozostałych wysłano do obozów zagłady w Treblince, Bełżcu i Sobiborze.
Pom oficjalnym zakończeniu T4 w 1941 większość personelu i wysokiej rangi urzędników, technika gazowania, procedury i pozorowanie dla oszukania ofiar zostało przeniesione pod jurysdykcję narodowych wydziałów medycznych MSW. Późniejsze eksperymenty z gazowaniem przy użyciu ruchomych komór gazowych (Einsatzwagen) były przeprowadzone w KL Soldau (Działdowo, Mazury - sprawdzić) przez Herberta Lange, podczas Operacji Barbarossa. Lange został wyznaczony na komendanta obozu zagłady w Chełmnie w grudniu 1941. Ddostał trzy ciężarówki gazowe od RSHA,skonstruowane przez Gaubschat GmbH z Berlina i do lutego 1942 zabił 3830 polskich Żydów i około 4 tys Cyganów pod pozorami "przesiedlenia".
Po konferencji Wannsee wprowadzenie gazowania zostało przyspieszone przez Heydricha. Od wiosny 1942 trzy tajne fabryki śmierci budowano w środkowowschodniej Polsce, oficerowie SS odpowiedzialni za T4 (Wirth, Stangl and Irmfried Eberl) oodegrali istotną rolę w Holokauście. Pierwsze ośrodki zagłady były wyposażone w stacjonarne komory gazowe wzorowane na tych opracowanych dla T4. W Bełżcu w GG decyzja ta poprzedzała konferencję w Wannsee trzy miesiące.
Uwolniony personel innych ośrodków zabijania stał się osobistą podstawą do jednoczesnego wdrożenia tak zwanego "ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej" (Shoa). Akcja ta osiągnęła swój szczyt wraz z "Aktion Reinhardt" w latach 1942/43 i doprowadziła do zabicia około 1,7 do 1,9 miliona Żydów w trzech obozach zagłady Bełżec, Sobibor i Treblinka. Punktem kulminacyjnym tego rozwoju jest tak zwany Gaskammerbrief prawnika Erharda Wetzela, który pracował w Ministerstwie Rzeszy dla okupowanych wschodnich terytoriów nazistowskiego ideologa rasowego Alfreda Rosenberga jako "żydowski urzędnik". List ten jest uważany za najwcześniejszy dokument dotyczący związku akcji T4 z systematycznym mordowaniem Żydów w Europie. W sumie ponad 100 osób przeszkolonych i zatrudnionych w eutanazji zapewniło "wyspecjalizowany personel" (Fachpersonal) w celu kontynuowania samobójstw i wdrożenia środków "ostatecznego rozwiązania". Przykładowo niektóre z najbardziej znanych nazwisk wymieniono poniżej:
- Irmfried Eberl, szef Kötungsanstalten Brandenburg i Bernburg zostaje pierwszym dowódcą obozu zagłady Treblinka
- Franz Stangl, zastępca szefa biura w centrach mordów Hartheim i Bernburg, zostaje komendantem obozu zagłady Sobibor i obozu zagłady Treblinka
- Kurt Hubert Franz, szef kuchni w Grafeneck, Brandenburgii, Hartheim i Sonnenstein, zostaje zastępcą, a następnie ostatnim dowódcą obozu zagłady Treblinka
- Horst Schumann, dyrektor ośrodków zabijania Grafeneck i Sonnenstein, przeprowadził eksperymenty dotyczące masowej sterylizacji więźniów w obozie koncentracyjnym Auschwitz
- Christian Wirth, Kriminalkommissar i SS-Obersturmbannführer, kierownik biura w Grafeneck, Hadamar i Hartheim zostają pierwszym dowódcą obozu zagłady Bełżec, a następnie inspektorem SS-Sonderkommando "Aktion Reinhardt"
- Josef Oberhauser, pracownik krematorium Grafeneck, późniejszy adiutant Christian Wirth w "Aktion Reinhardt"
- Erwin Lambert, mistrz kamieniarz, który podjął się przebudowy centrów zabijania T4 i instalacji komór gazowych, również zbudował komory gazowe w Sobiborze i Treblince.
- Franz Reichleitner, przedstawiciel Stangl w Hartheim, zastępuje go jako dowódca obozu zagłady w Sobiborze.
- Josef Vallaster, pracownik "Brenner" w Hartheim, później nadzorca w obozie III z zgazowaniem i spalaniem w Sobiborze.
- Lorenz Hackenholt, kierowca i "palnik zwłok" we wszystkich centrach zabijania akcji T4. U planisty komory gazowej "Aktion Reinhardt" i odpowiedzialnego za ich funkcjonowanie w obozie zagłady Bełżec. Później pracował także w Sobiborze i Treblince, a także w Operacjach Specjalnych R w Trieście.
- Pauline Kneissler, pielęgniarka w Grafeneck i Hadamar, pracowała w Weilmünster, Bernburgu, Eichberg, Eberswalde, Kaufbeuren i Irsee od 1942 po powrocie z "Osteinsatz".
17 listopada 1942 w Monachium odbyła się tajna narada, na której podjęto nieoficjalną decyzję o wznowieniu Akcji T4. Zalecano stosowanie "specjalnej diety" dla "beznadziejnie chorych pacjentów" szpitali psychiatrycznych na terenie Bawarii. Dieta taka nieuchronnie prowadziła do "powolnej śmierci, która powinna nastąpić po mniej więcej trzech miesiącach".
30 listopada 1942 tajna dyrektywa wydana w Berlinie i skierowana do wszystkich szpitali psychiatrycznych, "w związku z wojenną sytuacją żywnościową i zdrowiem pacjentów istniejących szpitali" nakazująca by pacjentów "u których nie uzyskuje się wyraźnych postępów w leczeniu" "bezzwłocznie" poddać "specjalnej diecie" głodowej. Przykładem takiej diety była "dieta beztłuszczowa" wymyślona i stosowana przez dr Valentina Faltlhausera. Składała się wyłącznie z warzyw (ziemniaków i ogórków) gotowanych na wodzie. W ciągu 3 miesięcy doprowadzała do obrzęków głodowych.
Niektórzy psychiatrzy potajemnie zabijali chorych przy pomocy zastrzyków. Ostatnią ofiarą był zabity zastrzykiem czteroletni Richard Jenne, 29 maja 1945 w szpitalu w Kaufbeuren k. Monachium.
Zamierzoną liczbe ofiar osiagnięto w sierpniu 1941.
Po bombardowaniu Hamburga w lipcu 1943 pensjonariusze domów starców zostali zabici.
W powojennym procesie dr Hilda Wernicke, Berlin, sierpień, 1946, oświadczyła, że "500 starych, chorych kobiet" które przetrwały bombardowanie Szczecina w czerwcu 1944 zostało zabitych w Meseritz-Oberwalde Asylum.
Ośrodki Hartheim, Bernberg, Sonnenstein i Hadamar kontynuowały tzw. "dziką eutanazje" ludzi przysyłanych z całych Niemiec aż do 1945. Zabijano zastrzykami i dietą głodową.
Po odwołaniu akcji "Action T4" w sierpniu 1941 r. Przez berlińską kwaterę główną dorosła "eutanazja" kontynuowała zdecentralizowaną stosunkowo niewidocznie:
Wraz z "Aktion Brandt" (od Karla Brandta, lekarza Hitlera, począwszy od 28 lipca 1942 r. Pełnomocnikiem ds. Sanitarnych i opieki zdrowotnej (Bevollmächtigter für das Sanitäts- und Gesundheitswesen), a także od 5 września 1943 r. Szefem całego systemu zaopatrzenia medycznego i systemu zaopatrzenia (Vorrats- und Versorgungswesens) został od 1943 r. Heil- und Pflegeanstalten dla rosnących potrzeb łóżek szpitalnych w wyniku bombardowań. Pacjenci byli skoncentrowani w specjalnych instytucjach położonych w środku Rzeszy lub na wschodzie. Zabójstwa z przedawkowania leków lub głódem spowodowany niedożywieniem drastycznie zmniejszyły ich liczbę. Ta faza po "oficjalnym" zakończeniu "eutanazji" w sierpniu 1941 została nazwana "dziką eutanazją" w pierwszych dziesięcioleciach po wojnie i oznaczała zamordowanie kolejnych 30 000 osób.