Parsing script failure

[ManavalanG]

In GitLab by @tkmamidi on Sep 30, 2021, 11:55

I'm running the parsing script on CAGI6 samples and encountered the following error.

    prct_reads = (alt_depth / total_depth) * 100
ZeroDivisionError: division by zero

We believe this variant is causing the error -

chr1:860181:T>G

chr1 860181 . T G 803.73 PASS AC=2;AF=0.988372,0.0116279;AN=2;AS_InbreedingCoeff=0.2451;AS_QD=31.28;DP=29111;ExcessHet=-0;FS=5.12;InbreedingCoeff=0.3445;MLEAC=7;MLEAF=0.003401;MQ=11.37;NEGATIVE_TRAIN_SITE;QD=13.62;RAW_MQ=90746;SOR=0.36;VQSLOD=-2.805;culprit=MQ;CSQ=G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|ENSG00000228794|Transcript|ENST00000445118|lncRNA|||||||||||735|1||HGNC|HGNC:49377||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|ENSG00000228794|Transcript|ENST00000657837|lncRNA|||||||||||2935|1||HGNC|HGNC:49377||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|ENSG00000228794|Transcript|ENST00000659124|lncRNA|||||||||||849|1||HGNC|HGNC:49377||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|upstream_gene_variant|MODIFIER|AL669831.7|ENSG00000288531|Transcript|ENST00000661463|lncRNA|||||||||||46|1||Clone_based_ensembl_gene|||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|ENSG00000228794|Transcript|ENST00000666741|lncRNA|||||||||||773|1||HGNC|HGNC:49377||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|ENSG00000228794|Transcript|ENST00000670780|lncRNA|||||||||||1096|1||HGNC|HGNC:49377||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|upstream_gene_variant|MODIFIER|AL669831.7|ENSG00000288531|Transcript|ENST00000671208|lncRNA|||||||||||45|1||Clone_based_ensembl_gene|||Ensembl||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|643837|Transcript|NR_047519.1|lncRNA|||||||||||735|1||EntrezGene|HGNC:49377||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|643837|Transcript|NR_047521.1|lncRNA|||||||||||735|1||EntrezGene|HGNC:49377||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|643837|Transcript|NR_047523.1|lncRNA|||||||||||735|1||EntrezGene|HGNC:49377||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|643837|Transcript|NR_047524.1|lncRNA|||||||||||735|1||EntrezGene|HGNC:49377||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|downstream_gene_variant|MODIFIER|LINC01128|643837|Transcript|NR_047525.1|lncRNA|||||||||||735|1||EntrezGene|HGNC:49377||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|upstream_gene_variant|MODIFIER|LOC107984850|107984850|Transcript|XR_001737607.2|lncRNA|||||||||||4|1||EntrezGene|||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||,G|upstream_gene_variant|MODIFIER|LOC107984850|107984850|Transcript|XR_001737608.2|lncRNA|||||||||||4|1||EntrezGene|||RefSeq||T|T||||2.058|0.096261||||||||||||||||||||||||||||0||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:RGQ:SB 1/1:0,0:11:27:.:./.:.:293,27,0:.:.

[tkmamidi]

No updates on CAGI6 project from a long time and we're using a different parsing script for openCravat annotations #16 . Closing this issue now.