thot

thot est un dashboard interactif basé sur les extraits de résumés d'unité médicale (RUM) de l'applicatif SIMPA, qui permet de visualiser rapidement les informations nécessaires aux missions quotidiennes des Directions d'Information Médicales (DIM) locaux concernant l'activité des services hospitaliers à leur charge (rapports d'activité, PIRAMIG, etc.).

• Filtrage interactif par période, UH, CMD et catégorie de GHM
• Sélection de sous-ensembles d'activité par diagnostics CIM-10, actes CCAM ou GHM
• Génération automatique de rapports html interactifs, avec export des tableaux disponible aux formats CSV et EXCEL directement sur les rapports
• Référentiels CIM-10, CCAM et GHM tirés de la librairie nomensland, tenus à jour par un statisticien du DIM central

Instructions pour récupérer les données

• Extraire des données de l'applicatif SIMPA au format CSV (sélectionner "NON" dans l'option Format Excel)
• Se rendre sur l'applicatif SIMPA et cliquez sur l'onglet Exploitation des données après avoir sélectionné l'option Nouveau menu dans le Type de menu sélectionné de la page d'accueil

• Cliquer sur l'onglet Résumés

• Remplir les paramètres suivants et cliquer sur le bouton Valider :

  • Format Excel souhaité = NON
  • Période d'hospitalisation = la période d'intérêt (correspondant aux dates de sorties; on pourra filtrer sur la date d'entrée dans l'application)
  • URM = l'URM souhaitée (plusieurs URMs possibles en séparant par des virgules et sans espace; cliquer sur la petite étoile affiche la liste des URMs), ou laisser vide pour extraire l'activité de tout l'établissement
  • Paramétrage de l'export = nombre max de diagnostics et d'actes CCAM conseillé à 20 pour être exhaustif sans avoir un fichier trop lourd. Possibiliter de rajouter également les diagnostiques documentaires (DAD).

• L'applicatif SIMPA redirige alors vers la page Traitements. Appuyer sur le bouton Rechercher pour rafraîchir la page jusqu'à ce qu'une ligne correspondant à votre demande s'affiche (ce qui peut prendre plusieurs minutes). Puis dans un deuxième temps, une icône s'affichera dans la colonne Télécharger. Cliquer sur puis importer le fichier obtenu dans thot

Lancer l'application

Vous pouvez télécharger le contenu du dossier shinyapps et lancer la commande shiny::runApp('app.R') dans R/Rstudio (ou cliquer sur le bouton Run App dans Rstudio) après avoir installé les librairies requises. Un Dockerfile est également mis à disposition pour créer un container adéquat.

To-do

• Compléter les instructions
• Ajouter des analyses
• Mapping pour utilisation sur une base au format OMOP