Alternate reality
Для представления и анализа данных будем использовать самый продвинутый интерфейс, который к тому же ещё и популярный интерфейс для секвентирования белка - PyMol. А сами данные хранить в формате языка Python. Во многом алгоритмы коллективного разума это биоинформатика. Плюс, существует архитектурное сходство между биологической химией и програмированием и инженерией В этом интерфейсе можно наглядно изобразить взаимоотношение между элементами сети, отдельные онтологии и их взаимосвязи, можно использовать как терминал Дополнительной реальности и почие другие примениения. Важно, что внутренний язык этой программы так же Питон. О визуализации данных подробно можно прочитать Эдвард Тафти (Edward Tufte, 1949) или в обзорной статье - 6 книг, посвященных визуализации данных
Существуют хорошие ресурсы по практике использования программы PyMol и написания скриптов для анализа 3D структур, а так же для создания анимации данных.
http://pymolwiki.org/index.php/Main_Page
http://www.bio.ph.ic.ac.uk/~scurry/PyMOL-tut-files/PyMOL-tut-files.zip
Существует известная проблема выделения части данных внутри программы PyMol c помощью манипулятора мышь. Почитать об этом можно тут Ошибки, которые могут возникнуть в процессе установки пакета PyMol на различных платформах и их решения, описаны тут
OpenGL c расширением GLUT для простых геометрических фигур и его установки для системы Виндоус:
http://www.xmission.com/~nate/glut.html
http://www.xmission.com/~nate/glut/README-win32.txt
http://www.opengl.org/resources/libraries/glut/
http://www.opengl.org/resources/libraries/glut/glut_downloads.php
http://web.cs.wpi.edu/~gogo/courses/mingw/
http://www.transmissionzero.co.uk/computing/using-glut-with-mingw/
Программы для моделирования действия робота и поиск по биомолекулам очень схожи и лежат в основе направления биоинформатика и робототехника. Есть множество программ по этому направлению, так как в последнии 5 лет были осуществлены громадные денежные вливания в эту область. Пример подобной программы можно посмотреть тут
http://www.kavrakilab.org/OOPSMP/installation.html
Для этого будет использован скрипт построения карыты физической теории на основе СФВ Плонтникова Н.А.
###Источники научных статей На арксив публикация статей по инвайтам.
На вайксра публикаци без инвайтов, поэтому много мусора, но мы можем отфильтровать.
Еще вот есть много проектов, всех даже не перечислить:
http://www.openscience.org/blog/ - название говорит за себя
Есть еще, например, по математике stack exchange
Есть проект коллективного доказательства математических теорем
###Филосовское отступление Для материи можно использовать слово иерархия. Пространство можно заменить синонимом структура. Под временем можно понимать дисперсионный спектр со вложенными сигналами.
Таким образом материальная иерархия служит проводником пространственно-временных колебаний.
Материальная иерархия образована колебаниями и является, одновременно их фильтром. Природа колебаний такова, что невозможно указать направление их распространения как в физическом пространстве, так и во времени.
###Идея моего друга Частичным объяснением этго феномена служит, факт 7 уровневого вложения колебаний или словаря мира с буквами, словами, предложениями, обзацами и маркерами разделения для каждого уровня представления.
###Интерпретация этой идеи для физического мира, состоящего из частиц Аналогами в физическом мире являются: мезоны, протоны и нейтроны, атомы, кристаллы. Маркеры на уровне мезонов – глюоны, для мезонов – пионы, атомы – Ван-дер-Ваальца, Лонде(электроны), кристаллы – гравитон (который по сути является системой бран).
##К вопросу о Нейробиологичексом Когнитивном Ландшафте.
###Глобальный Гиганский Граф или Глобальный Мозг. Мы предполагаем, после машхапов на карте и геопозиционирования. Вначале будет переходный этап, построения путевых карт или формирования связанных Тех. Пакетов с привязкой к реальным городам и деревням России . И постепенный переход к карте знаний, Гиганскому Глобальному Графц ggg.ranet.i2p.
Глобальный граф это когда все люди найдены и все связи построены и все словари определены. Это не возможно по большому счёту, так как упрощённые современные языки-пиджины, типа Английского, яляются аналитическими, тоесть не чего не значащими и не содержащими не схему не онтологию не логику.
Но можно построить карту знаний или нейробиологических когнитивный ландшавт завязанный на сенсоры. Это будет трёхмерный, мостоянно меняющийся ланшафт.
###Перспективы приватных сетей и кластеров для совместных разчётов в пуле. Так же парень в статье не учитывает тягу людей к закрытию своих личных данных и использования СвободнойСети или НевидимогоИнтернета. Определяющую роль в этих сетях будут играть месенджеры с потдежкой многих агентов для распознавания и перекодирования или перевода информации между разыми представлениями. Такими как текст, картинки, видео мультики, видео материалы, звуковые подкасты и переводы. Мы это будем делать нашим семантическим транслятором, который охватывает несколько языков, в том числе международный язык Эсперанто, на очереди язык Ложбан.
Причём агенты-переводчики будут играть очень большую роль в научной деятельности. Можно прямо сейчас семло писать свои мысли на видео, позже найдутся люди которые найдут способ перекодировать эти данные в любую форму или даже в законченный продукт, типа комикс, фильм или книга или МОРП игру.Поэтому, сразу как удасться привинтить месенджер, надо совместными усилиями сети инноваторов в I2P невидимой сети, начать создавать словари и структуры для перевода инвормации из одного формата в другой.
В области знания мозга уже началась гонка. И лучший путь ИМХО лежит в использовании различных сенсторов для составления семантической модели поведения человека. Как и в космосе 70 процентов средств и эксперементов должны быть направлены на изучение физиологии и реакции человека на взаимодействие с виртуальным пространством.
Цель проекта сделать не Виртуальный Мир поскольку это всего лишь хранилище данных. А стедлать Усиленную Инновационную реальность. Причём создание инструментов в этой реальности надо делать в пространстве Дополнительной Виртуальности. Тоесть использовать сенсоры и теги из реального пространства для создания CAD системы управления и программирования Усиленной Инновационной Реальности.
Что характерно, в этой УИР будут использованы нейробиологические когнитивные карты знаний. А именно трёхмерные ладшавты или точнее поверхности, которые будут являться фракталом наших знаний. Для создания этих ланшдавтов или машхапов, надо создавать скрипты в духе Вернадского (как известно опосдедованно человек больше всего изменил гелогию Земли) или в духе обычного Бульдозериста, бери больше вези и кидай дальше и выше. Первому соответствует создания цивилизации типа город для уникальных знаний, которые засрут всё вокруг в радиусе 100 миль. Втопому соответствует создания отдельных машин для локального перелопачивания информации. Например поиск нужных формул в сети и их свидение к заданной.
Так же хочу сказать по опыту заимствованному из Фринетпроджект, которая является придтечей голографического интернета, важно не потерять свой секретный файл, по которому ты имеешь доступ к ресурсам. Обычно такой файл защищён биометрией. (У простого народа - паролями). Но для надёжной защиты используют комбинированный метод аудентификации на фрактальных функциях, которые реальизованы в простейших триггерных схемах (тоесть схемах с внутренней памяти и зависимостью выхода от предыдущих состояний). Я говорю о брелоках, которые выдают продвинутые финансовые банки своим клиентам для идентификации.
Сейчас в Виртуальной реальности используются статические формы. В основном полигоны. Но так как нас будут интересовать основы. В частности основы преобразования координат. То мы заострим внимание на фигурах вращения и симметричных геометрических телах.
В первую очеред нами имеються ввиду Шар, Цилиндр, Куб. По анологии имеются системы координат Сферическая, Цилиндрическая, Прямоугольная. Если же рассматривать другие правильные многогранники то можно говорить о Полюсной системе координат (не путать с полярной системой координат).
В нашей системе фигуры не будут статичными они будут динамически изминяться под воздействием полей и начальных условий, представленных дифференциальными уравнениями. Которые можно разчитывать по методу конечных элементов или на основе разностных схем.
Отдельно хочу упомянуть о диффренциальных формах, это расширение систем координад над полем октанионов. Видимо можно задать 2 формы хранения. Аналитическую - в виде формулы. И симплексную в виде полигона. А так же смешанную, с законами разчёта детализации в районе отдельных поверхностей. Само сабой надо выделять приближённые модели с нулевыми условиями на рёбрах или в узлах или даже гранях кристаллической решётки, пусть и жидкой. И полноценный разчёт с полным согласованием всех областей.
До сих пор я говорил только о линейных преобразованиях. Но использование элептических функций над полем октанионов даёт, гибкий математический инструмен, хотя возможно и тяжеловестный по вычислениям.
Для упрощения можно использовать метод колебаний на 2 полюсах диполя, переменной длинны и ориентации для задания модели. Позже можно даже свести к однополюстнику.
Модель сворачивания белков в трёхмерные конструкции стала основой для игры. Такой мозговой штурм позволил подтвердить точную модель фермента протеазы. Ироки взаимодействовали через игру. Можно сделать то же самое для физики в рамках проекта РаНет АИ-Аватар.
Есть такое понятие «синергетический эффект» — «возрастание эффективности деятельности в результате интеграции, слияния отдельных частей в единую систему». Думаю тут все ясно. Далее. У нас есть какая-либо группа людей, которых объединяют общие интересы. Допустим любовь к созданию новых молекул по выходным за чашкой чая. Ранее эти люди не имели таких возможностей по объединению в «кружки», сейчас же Интернет это позволяет. В итоге мы получаем следующие: постепенно люди из разных сфер объединяются в такие группы, и коллективно «работают» над какой-то задачей. А значит при взаимодействии друг с другом их совместная работа имеет куда большую эффективность. Самое же понятие синергетики означает некий подход, описывающий процессы самоорганизации, эволюционирование. В итоге мы получаем что «Синергетика от подобных объединений «по интересам» может быть поражающей!» — означает «общий эффект от взаимодействия элементов системы ( в данном случае людей из одной сферы интересов ) будет иметь весьма значимый результат для эволюционирования всей системы в целом.
**chupvl**, 19 сентября 2011, 21:00 # +57
я что-то не понимаю:
1. Смотрим на структуру 3HVP (которую «обыграли» в FoldIT) в PDB, находим первый попавшийся гомолог
с 95% сходством (вкладка Seq.Sim.)
2. Выравниваем последовательности в 3D (я Pymol использовал)
3. Получаем очень похожий фолд белков (RMSD 1.6А)
4. Структура с которой выравнивали опубликована в 2006 году
5. Логичен вопрос — почему авторы не могли построить нормальную модель по гомологии? они утверждают,
что у авторов FoldIT получилось лучше, чем они ранее пытались. Видимо плохо пытались???
chupvl, 19 сентября 2011, 21:11 # ↑ +3 Starting from a quite inaccurate NMR model (red), Foldit player spvincent generated a model (yellow) considerably more similar to the later determined crystal structure (blue) in the β-strand region. © Starting from spvincent's model, Foldit player grabhorn generated a model (magenta) considerably closer to the crystal structure with notable improvement of side-chain conformations in the hydrophobic core. (d) Foldit player mimi made additional improvements (in the loop region at the top left) and generated a model (green) of sufficient accuracy to provide an unambiguous molecular replacement solution which allowed rapid determination of the ultimate crystal structure (blue).
Таким образом 3 игрока в эту игру за время, которое прошло со времени старта этой гры смогли сделать работу, с которой русскоговорящий эксперт справился за несколько часов. В целом это положительный результат. Так позволяет сохранить фокус внимание участников научно-игрового процесса.