Taxonomická databáza ako nerelačná databáza

[Sibyx]

Počas implementácie importu taxonomických databáz (issue #9) sme narazili na problém až s príliš dynamickou štruktúrou dát (napríklad niektoré taxonomické kingdoms nemajú celú hierarchiu s čím databázový návrh nepočíta).

Dospeli sme k názoru, že bude rozumnejšie vytiahnuť taxonomickú databázu určenú pre autocomplete funkcionalitu mimo relačného modelu aplikácie a implementovať to ako separátnu Django aplikáciu, ktorá bude držať dáta v nerelačnej forme pomocou MongoDB databázy.

Treba sa ale zamyslieť nad tým, aká bude performance pre účely autocomplete, pretože v praxi bude dochádzať full-text vyhľadávanie nad celým datasetom.

Implementácia

Vytvorenie aplikácie s názvom taxonomic_data, ktorá sa bude pripájať na MongoDB databázu a implementuje servis, ktorý nad ňou bude operovať.

Na import bude ďalej slúžiť aplikácia importer (logika sa zatiaľ neprenáša do novo-vytvorenej aplikácie).

[Sibyx]

Robil som ešte ďalší prieskum existujúcich OpenData taxonomických databáz a narazil som na tieto:

• Encyclopedia of Life: Veľmi veľká databáza vo forme TSV

Zamyslel som sa ešte nad priamym použitím ITIS databázy (nakoniec by nebol až taký problém ju čítať).