cfg.py

# cfg.py  - Simulation configuration 
from netpyne import specs

cfg = specs.SimConfig()  

cfg.checkErrors = False # True # leave as False to avoid extra printouts


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# SIMULATION CONFIGURATION
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# Run parameters
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cfg.duration = 1.0*1e3 
cfg.dt = 0.05
cfg.seeds = {'conn': 4321, 'stim': 1234, 'loc': 4321} 
cfg.hParams = {'celsius': 34, 'v_init': -80}  
cfg.verbose = 0
cfg.cvode_active = False
cfg.printRunTime = 0.1
cfg.printPopAvgRates = True


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# Recording 
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cfg.recordTraces = {'V_soma': {'sec': 'soma', 'loc': 0.5, 'var': 'v'}}
cfg.recordStims = False  
cfg.recordStep = 0.1 


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# Saving
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cfg.simLabel = 'sim1'
cfg.saveFolder = 'data'
cfg.savePickle = False
cfg.saveJson = True
cfg.saveDataInclude = ['simData', 'simConfig', 'netParams', 'net']


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# Analysis and plotting 
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cfg.analysis['plotTraces'] = {'include': ['L2Pyr','L5Pyr'], 'oneFigPer': 'cell', 'saveFig': True, 
							  'showFig': False, 'figSize': (10,8), 'timeRange': [0,cfg.duration]}


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# Parameters
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cfg.dendNa = 0.0345117294903
cfg.tau1NMDA = 15


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# Current inputs 
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cfg.addIClamp = 0

cfg.IClamp1 = {'pop': 'PT5B', 'sec': 'soma', 'loc': 0.5, 'start': 1, 'dur': 1000, 'amp': 0.0}


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# NetStim inputs 
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cfg.addNetStim = 0

cfg.NetStim1 = {'pop': 'PT5B', 'sec': 'soma', 'loc': 0.5, 'synMech': 'NMDA', 'start': 500, 
				'interval': 1000, 'noise': 0.0, 'number': 1, 'weight': 0.0, 'delay': 1}