Merged branch cdk-1.4.x

AUTHORS

@@ -48,6 +48,7 @@ David Robinson
 Miguel Rojas Cherto
 Bhupinder Sandhu
 Jean-Sebastien Senecal
+Onkar Shinde
 Sulev Sild
 Bradley Smith
 Ola Spjuth

build.xml

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javadoc.xml

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     <property name="doxygen.dir" value="doc/doxygen" />
 
     <property name="pathtojava3d" value="" />
+
+    <!-- directories -->
     <property name="build" value="build" />
+    <property name="lib" value="jar" />
+    <property name="devellib" value="develjar" />
 
 	<!-- Used in the html task to properly link to java library classes -->
 	<property name="javaURL" value="http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/api/"/>
@@ -173,11 +177,7 @@
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         	        <exclude name="**/*" unless="module.devellibdepends.present" />
         	        <includesfile name="${metainf}/${module}.devellibdepends" if="module.devellibdepends.present" />
-                </fileset>
-        	    <fileset dir="${dist}/jar">
-        	        <exclude name="**/*" unless="module.cdkdepends.present" />
-        	        <includesfile name="${metainf}/${module}.cdkdepends" if="module.cdkdepends.present" />
-        	    </fileset>
+                    </fileset>
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@@ -1,3 +1,3 @@
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+vecmath*.jar
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@@ -1,2 +1,2 @@
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+vecmath*.jar
 

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@@ -1 +1 @@
-vecmath1.2-1.14.jar
+vecmath*.jar

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@@ -1 +1 @@
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+vecmath*.jar

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@@ -1 +1 @@
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+xom*.jar

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+vecmath*.jar

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+vecmath*.jar
+xom*.jar

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@@ -1,3 +1,3 @@
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+vecmath*.jar
 

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+xom*.jar
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+vecmath*.jar

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@@ -1,2 +1,2 @@
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+xom*.jar
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@@ -1 +1 @@
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+log4j*.jar

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+vecmath*.jar

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+xom*.jar

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+vecmath*.jar
 

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@@ -1 +1 @@
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+vecmath*.jar

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-vecmath1.2-1.14.jar
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+xom*.jar

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 jgrapht-0.6.0.jar
-vecmath1.2-1.14.jar
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+vecmath*.jar
+xom*.jar

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@@ -1,4 +1,4 @@
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 jgrapht-0.6.0.jar
-vecmath1.2-1.14.jar
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+log4j*.jar

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+log4j*.jar

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-xom-1.1.jar
+vecmath*.jar
+xom*.jar
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+log4j*.jar

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 xpp3-1.1.4c.jar

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 jgrapht-0.6.0.jar
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+log4j*.jar
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 jama-1.0.2.jar
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-xom-1.1.jar
+xom*.jar

src/META-INF/test-qsarbond.libdepends

@@ -1,5 +1,5 @@
-vecmath1.2-1.14.jar
-log4j.jar
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 jama-1.0.2.jar
 jgrapht-0.6.0.jar
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