MateriAppsLive docker

MateriApps LIVE! (Docker版)

[English/日本語]

本ドキュメントの最新版は https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki/MateriAppsLive-docker にあります。

MateriApps LIVE! (Docker版)はDocker上で動作するMateriApps LIVE!イメージです。計算物質科学アプリケーションのハンズオン環境としてだけでなく、UNIX全般(UNIXコマンド, ネットワーク, Emacs, Gnuplot)、プログラミング(C, C++, Fortran)などの実習環境として使うことも想定して製作・配布しています。

VirtualBox版はIntel Mac/Windowsでしか動作しませんが、Docker版はIntel/Apple SiliconのいずれのMacでも動作します。(Windowsでも動作するはずですが、スクリプト未整備です)

• MateriAppsとは?

  日本国内において、計算物質科学シミュレーションのための、高性能・高精度な手法・ソフトウェアが数多く開発されています。しかしながら、実験家・企業研究者にその存在が伝わっておらず、主として海外製の公開ソフトウェア・商用ソフトウェアが使われているのが現状です。物質科学シミュレーションのポータルサイトMateriAppsでは、これまでにあまり知られていなかった国内外で開発された物質科学アプリケーション、あるいは今後開発されるアプリケーションを紹介しています。

• MateriApps LIVE!とは?

  公開ソフトウェアを試そうとしたとき、ソフトウェアのインストールそのものが大きな障害となっているのも事実です。MateriApps LIVE!は、手持ちのノートPCなどを用いて、気軽に計算物質科学アプリケーションを試せる環境を提供します。MateriAppsアプリケーション、OS (Debian GNU/Linux)、エディタ、可視化ツールなど、チュートリアルを始めるのに必要な環境が全て一つのイメージファイルに収められています。

セットアップ (macOS)

1. Docker Desktop for Macのインストール

   1. https://www.docker.com/products/docker-desktop/ から、Doker Desktop for Macインストーラをダウンロード・インストール

      注: インストーラには、Intel Chip用、Apple Chip用の二種類あるが、使用しているMacに対応したものをダウンロードすること

   2. Docker Desktopを起動する

2. XQuartzのインストール

   1. https://www.xquartz.org からインストーラ(XQuartz-*.dmg)をダウンロード・インストール

   2. XQuartzを起動する (アプリケーション > ユーティリティ > XQuartz)

   3. 「XQuartz」メニューから「環境設定」を選ぶ。「セキュリティ」タブを開き、「接続を認証」と「ネットワーク・クライアントからの接続を許可」にチェックを入れ、環境設定ウインドウを閉じる

   4. いったん、XQuartzを終了する

3. 起動スクリプトのダウンロード

   1. ターミナルを開き、以下を実行する

      curl -L -O https://sf.net/projects/materiappslive/files/docker/malive
      chmod +x malive
      

MateriApps LIVE!の実行

1. ターミナルを開き、以下を実行する

   ./malive
   

   注: 初回はDockerイメージのダウンロード・コンテナの作成が行われるため、しばらく時間かかる

2. MateriApps LIVE!へのログインが自動的に行われ、プロンプト(user@malive:~$ )が表示される

3. MateriApps LIVE!上でシミュレーション等を実行

4. exitでMateriApps LIVE!からログアウトする。MateriApps LIVE!上で作成したファイル等は、コンテナを削除しない限り、次回ログイン時にも保持されている

MateriApps LIVE!とのファイルのやりとり

1. maliveの実行前に、ホストOSで $HOME/share ディレクトリを作成しておくと、MateriApps LIVE!と共有される

MateriApps LIVE!のバージョンアップ

警告: バージョンアップ作業を行うと、追加でインストールしたDebianパッケージなど、/home/user以外のファイルは全て消去される

1. 公開されているバージョンと現在インストールされているバージョンの確認

   ./malive list
   

2. 最新版へのアップデート(と起動)

   ./malive update
   

MateriApps LIVE!のアンインストール

警告: アンインストール作業を行うと、/home/user以外のファイルは全て消去される

1. 現在インストールされているバージョンの確認

   ./malive list
   

   以下では、削除するバージョン番号を 4.0 と仮定する

2. MateriApps LIVE!のアンインストール

   ./malive remove 4.0
   

上記の操作を行っても、/home/user 以下は消えない。新しいバージョンのMateriApps LIVE!をインストールすると、以前の/home/userの内容が保存されている。/home/userの内容も完全に削除するには以下を実行する

docker volume rm malive-vol

参考資料

• MateriApps LIVE!: FAQ よくある質問 https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki/FAQ
• MateriApps LIVE!: はじめの一歩 https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki/GettingStarted