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client/galaxy/scripts/nls/ja/locale.js

@@ -1,7 +1,147 @@
 /** ja localization */
 define({
+// ----------------------------------------------------------------------------- masthead
+"Analyze Data":
+    "データ解析",
+"Workflow":
+    "ワークフロー",
+"Shared Data":
+    "共有データ",
+"Data Libraries":
+    "データライブラリ",
+"Histories":
+    "ヒストリー",
+"Workflows":
+    "ワークフロー",
+"Visualizations":
+    "可視化",
+"Pages":
+    "ページ",
+"Visualization":
+    "可視化",
+"New Track Browser":
+    "新しい Track Browser",
+"Saved Visualizations":
+    "保存された可視化",
+"Interactive Environments":
+    "インタラクティブ環境",
+"Admin":
+    "管理者",
+"Help":
+    "ヘルプ",
+"Support":
+    "サポート",
+"Search":
+    "検索",
+"Support":
+    "サポート",
+"Search":
+    "検索",
+"Mailing Lists":
+    "メーリングリスト",
+"Videos":
+    "動画",
+//"Wiki":
+//    "ドキュメント",
+"How to Cite Galaxy":
+    "Galaxy を引用する方法",
+"Interactive Tours":
+    "インタラクティブツアー",
+"User":
+    "ユーザー",
+"Login":
+    "ログイン",
+"Register":
+    "登録",
+"Login or Register":
+    "ログイン/登録",
+//"Logged in as":
+//    "",
+"Preferences":
+    "設定",
+"Custom Builds":
+    "カスタムビルド",
+"Logout":
+    "ログアウト",
+"Saved Histories":
+    "保存されたヒストリー",
+"Saved Datasets":
+    "保存されたデータセット",
+"Saved Pages":
+    "保存されたページ",
+//Tooltip
+"Account and saved data":
+        "アカウントと保存されたデータ",
+"Account registration or login":
+        "アカウントの登録またはログイン",
+"Support, contact, and community":
+        "サポート、コンタクト、コミュニティ",
+"Administer this Galaxy":
+        "この Galaxy の管理者",
+"Visualize datasets":
+        "データセットの可視化",
+"Access published resources":
+        "パブリッシュされたリソースへアクセス",
+"Chain tools into workflows":
+        "ツールとワークフローの連携",
+"Analysis home view":
+        "解析ホーム",
+
+
 
 // ---------------------------------------------------------------------------- histories
+"History Lists":
+    "ヒストリーリスト",
+// Saved histories is defined above.
+// "Saved Histories":
+//     false,
+"Histories Shared with Me":
+    "私と共有されているヒストリー",
+"Current History":
+    "現在のヒストリー",
+"Create New":
+    "新しく作成",
+"Copy History":
+    "ヒストリーをコピーする",
+"Share or Publish":
+    "共有またはパブリッシュ",
+"Show Structure":
+    "構造を見る",
+"Extract Workflow":
+    "ワークフローを抽出",
+// Delete is defined elsewhere, but is also in this menu.
+// "Delete":
+//     false,
+"Delete Permanently":
+    "永久に削除",
+"Dataset Actions":
+   "データセットの操作",
+"Copy Datasets":
+    "データセットをコピー",
+"Dataset Security":
+    "データセットのセキュリティ",
+"Resume Paused Jobs":
+    "一時停止したジョブの再開",
+"Collapse Expanded Datasets":
+    "展開されたデータセットを畳む",
+"Unhide Hidden Datasets":
+    "隠されたデータセットを表示する",
+"Delete Hidden Datasets":
+    "隠されたデータセットを削除する",
+"Purge Deleted Datasets":
+    "削除されたデータセットを永久に削除",
+"Downloads":
+    "ダウンロード",
+"Export Tool Citations":
+    "ツールの引用をエクスポート",
+"Export History to File":
+    "ヒストリーをファイルへエクスポート",
+"Other Actions":
+    "その他のアクション",
+"Import from File":
+    "ファイルからインポート",
+"Webhooks":
+    "Webhooks",
 // ---- history-model
 // ---- history-view
 "This history is empty" :
@@ -31,10 +171,10 @@ define({
     "各項目を",
 
 // ---- history-view-edit
-//"Edit history tags" :
-//false,
-//"Edit history Annotation" :
-//false,
+"Edit history tags" :
+    "ヒストリーのタグを編集",
+"Edit history annotation" :
+    "ヒストリーのアノテーションを編集",
 "Click to rename history" :
     "ヒストリーの名前を変更するにはクリック",
 // multi operations
@@ -191,6 +331,12 @@ define({
     "永久にディスクから削除",
 "Unhide it" :
     "非表示解除する",
+"Saved Histories":
+    "保存されたヒストリ",
+"Import from File":
+    "ファイルからの読み込み",
+
+
 
 //"You may be able to" :
 //false,
@@ -202,7 +348,61 @@ define({
 //"Edit dataset annotation" :
 //false,
 
-
+// ---------------------------------------------------------------------------- admin
+"Search Tool Shed":
+    "Tool Shed で探す",
+"Search Tool Shed (Beta)":
+    "Tool Shed (Beta) で探す",
+"Monitor installing repositories":
+    "インストールレポジトリのモニタ",
+"Manage installed tools":
+    "インストールしたツールの管理",
+"Reset metadata":
+    "メタデータのリセット",
+"Download local tool":
+    "ローカルツールのダウンロード",
+"Tool lineage":
+    "ツール系統",
+"Reload a tool's configuration":
+    "ツールのコンフィグのリロード",
+"Review tool migration stages":
+    "ツール移行ステージのレビュー",
+"View Tool Error Logs":
+    "ツールのエラーログ",
+"Manage Display Whitelist":
+    "表示ホワイトリストの管理",
+"Manage Tool Dependencies":
+    "ツール依存関係の管理",
+"Users":
+    "ユーザー",
+"Groups":
+    "グループ",
+"API keys":
+    "API キー",
+"Impersonate a user":
+    "ユーザー偽装",
+"Data":
+    "データ",
+"Quotas":
+    "クォータ",
+"Roles":
+    "ロール",
+"Local data":
+    "ローカルデータ",
+"Form definitions":
+    "フォーム定義",
+"Administration":
+    "管理",
+"Server":
+    "サーバー",
+"Tools and Tool Shed":
+    "ツールと Tool Shed",
+"User Management":
+    "ユーザ管理",
+"Data":
+    "データ",
+"Form Definitions":
+    "フォーム定義",
 // ---------------------------------------------------------------------------- misc. MVC
 //"Tags" :
 //false,

config/galaxy.ini.sample

@@ -1315,7 +1315,10 @@ use_interactive = True
 # or the username which are both stored in the Galaxy data base. 
 # The latter option is particularly useful for installations that get the 
 # authentication from LDAP.
-# Possible values are user_email (default) and username.  
+# Also, Galaxy can accept the name of a common system user (eg. galaxy_worker) 
+# who can run every job being submitted. This user should not be the same user 
+# running the galaxy system. 
+# Possible values are user_email (default), username or <common_system_user>
 #real_system_username = user_email 
 
 # File to source to set up the environment when running jobs.  By default, the

lib/galaxy/model/__init__.py

@@ -204,8 +204,12 @@ def system_user_pwent(self, real_system_username):
             except KeyError:
                 pass
         else:
-            log.warning("invalid configuration of real_system_username")
-            system_user_pwent = None
+            try:
+                system_user_pwent = pwd.getpwnam(real_system_username)
+            except KeyError:
+                log.warning("invalid configuration of real_system_username")
+                system_user_pwent = None
+                pass
         return system_user_pwent
 
     def all_roles( self ):

lib/galaxy/tools/imp_exp/__init__.py

@@ -71,6 +71,13 @@ def get_tag_str( tag, value ):
                 archive_dir = jiha.archive_dir
                 user = jiha.job.user
 
+                # Bioblend previous to 17.01 exported histories with an extra subdir.
+                if not os.path.exists( os.path.join( archive_dir, 'history_attrs.txt' ) ):
+                    for d in os.listdir( archive_dir ):
+                        if os.path.isdir( os.path.join( archive_dir, d ) ):
+                            archive_dir = os.path.join( archive_dir, d )
+                            break
+
                 #
                 # Create history.
                 #