Merge pull request #7 from mokztk/devel/4.1.0

Devel/4.1.0

Dockerfile

@@ -1,7 +1,7 @@
 # rocker/tidyverse に日本語設定と頻用パッケージ、および TinyTeX, Radian を追加
-#   CRAN snapshot: https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/2021-02-17
+#   CRAN snapshot: https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/2021-08-09
 
-FROM rocker/tidyverse:4.0.3
+FROM rocker/tidyverse:4.1.0
 
 # Ubuntuミラーサイトの設定（自動選択）
 RUN sed -i.bak -e 's%http://[^ ]\+%mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt%g' /etc/apt/sources.list
@@ -29,6 +29,7 @@ RUN /my_scripts/install_pandas.sh
 RUN /my_scripts/install_radian.sh
 RUN /my_scripts/install_notocjk.sh 
 #RUN /my_scripts/install_notojp.sh
+RUN /my_scripts/install_coding_fonts.sh
 
 USER rstudio
 RUN /my_scripts/install_tinytex.sh

README.md

@@ -12,23 +12,26 @@
 - 自動選択の `mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt` に変更
 - Ref: https://blog.amedama.jp/entry/2019/09/11/234050
 
-### 日本語ロケール
+### 日本語環境、フォント
 
 - Ubuntu の `language-pack-ja`, `language-pack-ja-base`
 - 環境変数で `ja_JP.UTF-8` ロケールとタイムゾーン `Asia/Tokyo` を指定
-- フォントは下記のいずれか
+- グラフ、PDF出力用フォントは下記のいずれか
     - <s>IPAex明朝/ゴシック（Ubuntu の `fonts-ipaexfont` パッケージ）</s>
     - Noto Sans/Serif JP（[Google Fonts](https://fonts.google.com/) で配布されている日本語サブセット版）
     - Noto Sans/Serif CJK JP
         - Ubuntu の `fonts-noto-cjk` パッケージのみでは XeLaTeX + BXjscls で日本語PDFを作成するのに不足あり
         - `fonts-noto-cjk-extra` は KR, SC, TC のフォントを含むので巨大
         - 容量節約のため、[Google Noto Fonts](https://www.google.com/get/noto/) からOTF版をダウンロードして JP の必要なウェイトを手動でインストールする
+- RStudioのエディタで使用するコーディング用フォントとして以下を追加
+    - [JetBrains Mono](https://www.jetbrains.com/ja-jp/lp/mono/) : リガチャで `->` や native pipe `|>` が特別な記号になる
+    - [PlemolJP](https://qiita.com/tawara_/items/0a7b8c50a48ea86b2d91) : IBM Plex Sans JP + IBM Plex Mono. 半角3:全角5のバージョンを採用
 
 ### radian: A 21 century R console
 
 - https://github.com/randy3k/radian
 - インストールには、Python 3用の pip が必要
-- コード補完のためには `jedi` が必要だが、radian 0.51 時点では jedi 0.18 以降には対応していないので 0.17.2 を指定する
+- コード補完のためには `jedi` が必要なのであわせてインストール（radian の新しい版では jedi のバージョン縛りはなくなったよう）
 
 ### Python
 
@@ -47,8 +50,8 @@
 
 - いつものものに、Causal Inference Slack で勧められたものをいくつか追加
 - https://docs.google.com/spreadsheets/d/175Q_lzNG7P6TT2k9rUzzweoaKdJS_OJZ3lWpUuTfcvc/edit#gid=0
-- Bioconductor のパッケージも RSPM から入手できるようになった（2020-11-24リリースのRSPM v.1.2.0以降）
-- 容量節約のため、インストール後にDLしたアーカイブは削除する（約300MB分）
+- Bioconductor のパッケージも RSPM から入手できるようになったが、出自が分かりにくくなるので本家からインストール
+- 容量節約のため、インストール後にDLしたアーカイブは削除する
 
 ### 環境変数 PASSWORD の仮設定
 
@@ -58,11 +61,12 @@
 ## History
 
 - **2020-11-02** [Gist: mokztk/R4.0_2020Oct.Docerfile](https://gist.github.com/mokztk/be9e0d8982fd32987dbb5c9552a9d4a7) から改めてレポジトリとして編集を開始
-- **2020-11-02** 🔖[4.0.2_2020Oct](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.2_2020Oct) : `rocker/tidyverse:4.0.2` 対応版 
-- **2021-01-14** 🔖[4.0.2_update2101](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.2_update2101) : 4.0.2_2020Oct の修正版 
-- **2021-03-06** 🔖[4.0.2_2021Jan](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.2_2021Jan) : `rocker/tidyverse:4.0.2` ベースのままパッケージを更新
-- **2021-03-11** 🔖[4.0.3_2020Feb](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.3_2021Feb) : `rocker/tidyverse:4.0.3` にあわせて更新
+- **2020-11-02** :bookmark:[4.0.2_2020Oct](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.2_2020Oct) : `rocker/tidyverse:4.0.2` 対応版 
+- **2021-01-14** :bookmark:[4.0.2_update2101](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.2_update2101) : 4.0.2_2020Oct の修正版 
+- **2021-03-06** :bookmark:[4.0.2_2021Jan](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.2_2021Jan) : `rocker/tidyverse:4.0.2` ベースのままパッケージを更新
+- **2021-03-11** :bookmark:[4.0.3_2020Feb](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.3_2021Feb) : `rocker/tidyverse:4.0.3` にあわせて更新
 - **2021-04-01**  ブランチ構成を再編（GitHub flow モドキ）
-- **2021-04-04** 🔖[4.0.3_TL2020](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.3_TL2020) : TeX を TeX Live 2020 (frozen) に固定
-- **2021-04-13** 🔖[4.0.3_update2104](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.3_update2104) : 4.0.3_TL2020 の修正版
+- **2021-04-04** :bookmark:[4.0.3_TL2020](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.3_TL2020) : TeX を TeX Live 2020 (frozen) に固定
+- **2021-04-13** :bookmark:[4.0.3_update2104](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.0.3_update2104) : 4.0.3_TL2020 の修正版
+- **2021-08-30** :bookmark:[4.1.0_2021Aug](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.1.0_2021Aug) : `rocker/tidyverse:4.1.0` にあわせて更新。coding font 追加
 

my_scripts/install_coding_fonts.sh

@@ -0,0 +1,26 @@
+# Install coding fonts (for RStudio Server)
+
+## JetBrains Mono
+mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/italic
+wget https://download.jetbrains.com/fonts/JetBrainsMono-2.242.zip
+unzip JetBrainsMono-2.242.zip -d JetBrainsMono
+cp JetBrainsMono/fonts/variable/JetBrainsMono[wght].ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/JetBrainsMono.ttf
+cp JetBrainsMono/fonts/variable/JetBrainsMono-Italic[wght].ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/italic/JetBrainsMono-Italic.ttf
+mv /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/ /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrains\ Mono/
+rm JetBrainsMono-2.242.zip
+rm -rf JetBrainsMono
+
+## PlemolJP (IBM Plex Sans JP + IBM Plex Mono)
+##   https://qiita.com/tawara_/items/0a7b8c50a48ea86b2d91
+mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP35/400/italic
+mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP35/700/italic
+wget https://github.com/yuru7/PlemolJP/releases/download/v0.2.2/PlemolJP_v0.2.2.zip
+unzip PlemolJP_v0.2.2.zip
+cp PlemolJP_v0.2.2/PlemolJP35/PlemolJP35-Regular.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP35/400
+cp PlemolJP_v0.2.2/PlemolJP35/PlemolJP35-Italic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP35/400/italic
+cp PlemolJP_v0.2.2/PlemolJP35/PlemolJP35-Bold.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP35/700
+cp PlemolJP_v0.2.2/PlemolJP35/PlemolJP35-BoldItalic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP35/700/italic
+rm PlemolJP_v0.2.2.zip
+rm -rf PlemolJP_v0.2.2
+
+chown -R rstudio:rstudio /home/rstudio/.config/rstudio

my_scripts/install_r_packages.sh

@@ -7,21 +7,43 @@ set -x
 # 依存ライブラリの追加
 apt-get update
 apt-get install -y --no-install-recommends \
+    default-jdk \
+    default-libmysqlclient-dev \
+    gdal-bin \
+    gsfonts \
     imagemagick \
     imagemagick-6-common \
+    libarchive13 \
+    libcairo2 \
+    libcurl4 \
+    libfontconfig1 \
+    libfreetype6 \
+    libgdal26 \
+    libgeos-c1v5 \
+    libgit2-28 \
     libgl1-mesa-dri \
+    libglpk40 \
     libglu1-mesa \
+    libgmp3-dev \
+    libjpeg8 \
+    libmagick++-6.q16-8 \
+    libnode64 \
+    libpng16-16 \
+    libpq5 \
+    libproj15 \
     librsvg2-2 \
-    libxft2 \
-    libv8-dev \
+    libsasl2-2 \
+    libsqlite3-0 \
+    libssh2-1 \
     libtbb2 \
-    default-jre \
-    libudunits2-0 \
     libtcl8.6 \
     libtk8.6 \
-    libglpk40 \
-    libproj15 \
-    libgdal26
+    libudunits2-0 \
+    libxft2 \
+    libxml2 \
+    libxtst6 \
+    libxslt1.1\
+    unixodbc-dev
 
 apt-get clean
 rm -rf /var/lib/apt/lists/*
@@ -32,8 +54,7 @@ R CMD javareconf
 # RSPMのcheckpointが変わった場合に対応するため、まずcheckpointの状態まで更新する
 Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"
 
-# Bioconductor もRSPMからインストールする
-echo "options(BioC_mirror = 'https://packagemanager.rstudio.com/bioconductor')" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
+# Bioconductor のパッケージ
 Rscript -e "BiocManager::install(c('graph', 'Rgraphviz'))"
 
 # CRANパッケージをRSPMからインストール
@@ -59,16 +80,22 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     tableone \
     gt \
     gtsummary \
+    flextable \
+    formattable \
+    ftExtra \
     minidown \
+    DiagrammeR \
     palmerpenguins \
     styler
 
+installGithub.r rstudio/webshot2
+
 # R.cache (imported by styler) で使用するキャッシュディレクトリを準備
 mkdir -p /home/rstudio/.cache/R/R.cache
 chown -R rstudio:rstudio /home/rstudio/.cache
 
 # since package "export" was removed from CRAN on 2020-02-21,
-# install dev version from GitHub repo (commit c63141e / 2020-09-09)
+# install dev version from GitHub repo (commit 1afc8e2 / 2021-03-09)
 install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     officer \
     rvg \
@@ -79,7 +106,7 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     stargazer \
     devEMF
 
-installGithub.r tomwenseleers/export@c63141e
+installGithub.r tomwenseleers/export@1afc8e2
 
 # cleaning
 rm /tmp/downloaded_packages/*

my_scripts/install_radian.sh

@@ -10,7 +10,7 @@ if [ ! -e "/usr/bin/pip3" ]; then
 fi
 
 # radianのインストール
-pip install radian jedi==0.17.2
+pip install radian jedi
 
 # radianの設定
 cat > /home/rstudio/.radian_profile << EOF

utils/files.md

@@ -0,0 +1,26 @@
+# イメージ評価用のサンプルファイル集
+
+## chk_package_load.R
+
+- インストール済の全パッケージについて読み込みエラーがないか確認するスクリプト
+- base R の機能で作成
+- ~/library_test.csv としてテスト結果を出力する
+
+## Image_test.Rmd
+
+- 作成したイメージ検証用の RMarkdown document (html_document)
+- rocker/tidyverse 内のパッケージを使用
+- 内容：
+    - PDF保存を前提に、メモ用のテキストエリアを最初に設置
+    - セッション情報（{sessioninfo} パッケージ）
+    - パッケージの読み込みテスト（chk_package_load.R と同様）
+    - Python/TeXのインストール状況
+
+## tex_test.Rmd
+
+- RMarkdown と XeLaTeX による日本語PDF作成のテスト
+- 使用フォントは Noto Sans/Serif CJK JP
+- 内容：
+    - 軸ラベルに日本語を使った base plot() の図
+    - 軸ラベルに日本語を使った {ggplot2} の図
+    - 難しい漢字を含む文章の例として、「平家物語」の冒頭