Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Nicer progress bars for EP #264

Closed
hyanwong opened this issue Jun 13, 2023 · 0 comments · Fixed by #267
Closed

Nicer progress bars for EP #264

hyanwong opened this issue Jun 13, 2023 · 0 comments · Fixed by #267

Comments

@hyanwong
Copy link
Member

When I use method = variational_gamma, I get repeated progress bars for each iteration:

python -m tsdate date --method variational_gamma  tsdate_smc_prime_10.trees tsdate_smc_prime_10_redated.trees 10000 -m 1.29e-08 -p
Find Node Spans: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 8649/8649 [00:01<00:00, 8190.65it/s]
TipCount: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 [00:01<00:00,  2.83it/s]
Calculating Node Age Variances: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 14920.45it/s]
Find Mixture Priors: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 9800/9800 [00:00<00:00, 76863.43it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 29910.67it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 24797.18it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 22761.13it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 23528.86it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 21688.54it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 20298.11it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 23430.55it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 23142.55it/s]
Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:02<00:00, 17197.91it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:05<00:00, 7599.97it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:04<00:00, 7991.30it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:04<00:00, 8241.58it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:05<00:00, 7057.42it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:05<00:00, 6556.93it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:06<00:00, 5954.16it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:07<00:00, 5263.73it/s]
Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:06<00:00, 5716.96it/s]

It would be nice to label these "EP: iteration 1", "EP: iteration 2", etc, I think?

hyanwong added a commit to hyanwong/tsdate that referenced this issue Jun 14, 2023
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Labels
None yet
Projects
None yet
Development

Successfully merging a pull request may close this issue.

1 participant