We read every piece of feedback, and take your input very seriously.
To see all available qualifiers, see our documentation.
Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.
By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.
Already on GitHub? Sign in to your account
When I use method = variational_gamma, I get repeated progress bars for each iteration:
python -m tsdate date --method variational_gamma tsdate_smc_prime_10.trees tsdate_smc_prime_10_redated.trees 10000 -m 1.29e-08 -p Find Node Spans: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 8649/8649 [00:01<00:00, 8190.65it/s] TipCount: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 [00:01<00:00, 2.83it/s] Calculating Node Age Variances: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 14920.45it/s] Find Mixture Priors: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 9800/9800 [00:00<00:00, 76863.43it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 29910.67it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 24797.18it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 22761.13it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 23528.86it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 21688.54it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 20298.11it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 23430.55it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:01<00:00, 23142.55it/s] Expectation Propagation: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:02<00:00, 17197.91it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:05<00:00, 7599.97it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:04<00:00, 7991.30it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:04<00:00, 8241.58it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:05<00:00, 7057.42it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:05<00:00, 6556.93it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:06<00:00, 5954.16it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:07<00:00, 5263.73it/s] Expectation Propagation: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 39339/39339 [00:06<00:00, 5716.96it/s]
It would be nice to label these "EP: iteration 1", "EP: iteration 2", etc, I think?
The text was updated successfully, but these errors were encountered:
Output number of iterations using EP
2fa8dcc
Fixes tskit-dev#264
Successfully merging a pull request may close this issue.
When I use method = variational_gamma, I get repeated progress bars for each iteration:
It would be nice to label these "EP: iteration 1", "EP: iteration 2", etc, I think?
The text was updated successfully, but these errors were encountered: