plotting

[ErickTong]

你好，最近又遇到一个问题，在画图那一步关于 ‘-cg’ gap between chromosomes [0]这个参数 我设置了几个值发现结果并没有差异，我想让点图染色体之间有一定的间隔，但是通过这个参数好像设置不了，不知道是什么原因，下面是我的代码

# Index 
perl $BSA/point_line_plot.pl -k test.index -f $REF -od ./ -lf snp3.index.mean.xls \ 
       -lp 1,4 -lv 7 -lc "black" \ -pf snp2.index.filter.xls \ 
       -pp 1,2 -pv 5 -cp 0.5 -lwd 2 -pc "#FF8888,#FFA488,#FFBB66,#FFDD55,#FFFF77” \ 
       -hl 0.204 -hc "#424242" -ht 2 -cg 5 -bdc "#FFFFFF" \ 
       -ym 0 -yx 2 -xl "" -yl "expression(Delta(SNPindex))" -las 2 \ 
       -rb /data/Erick_Tong/software/miniconda3/envs/R/bin/Rscript

[ErickTong]

上面问题已解决，看了脚本发现 -cg 的参数是对于 CHR position 所以数量级需要足够大，大概1M级别才会有差异

[xiekunwhy]

最好和染色体长度处于同一个数量级。