Projet

Le PanGenAI est un projet qui vise à utiliser des méthodes statistiques pour analyser les graphes de génomes entre différentes espèces bactériennes, afin de comprendre les mécanismes évolutifs de propagation de propriétés telles que la résistance aux antibiotiques.

Dataset

Le jeu de données Enterobacter est disponible ici Après téléchargement, vous mettez le fichier neo4j.dump (NE PAS MODIFIER LE NOM DU FICHIER) sous le répertoire $NEO4j_HOME/import

Dependencies

Nous énumérons ci-dessous toutes les dépendances nécessaires.

Python:

• version 3.10.9 or more

Java:

• version 17

Gephi:

• version 0.10.1
• runtime option "-J-Xss100m"

Neo4j:

• Add local DBMS with a Neo4j version of 5.5.0
• APOC core 5.5.0
• APOC extended 5.5.0
• GDS 2.3.1
• Optional : Neo4J Desktop 1.5.0

Contributeurs

• Stefania Dumbrava, SAMOVAR/Inst. Polytechnique de Paris, ENSIIE
• Alexandra Calteau, Genoscope/LABGeM - CEA, CNRS, Paris Saclay University
• Guillaume Gautreau, MetaGenoPolis, Université Paris-Saclay, INRAE, MGP
• Zhao JIN, ENSIIE
• Nadezhda ZHUKOVA, Université Paris Cité
• Khaoula HARCHANE, ENSIIE