Los apuntes necesitan los archivos en la carpeta Cosas Guays LaTeX para compilar (hay clases de documentos y algunos paquetes). Se pueden o bien instalar directamente en el sistem usando el script install del directorio o bien copiarlos al directorio del archivo .tex para que el compilador los reconozca.
Además, hay un script en la raíz compilar.sh que recorre todos los directorios compilando los PDFs, con capacidad de exportarlos a otras carpetas.
Para facilitar las cosas, hay un script cwlmaker.py que genera un archivo .cwl a partir de los comandos declarados en un fichero de LaTeX. Este archivo permite a TeXstudio dar sugerencias de los comandos que hemos creado.
Para que git meta en el control de código archivos PDF, hay que renombrarlos con una barra baja al principio, para denotar que son archivos auxiliares y no generados por LaTeX.
Puedes descargar los apuntes en PDF, actualizados diariamiente, aquí.