Skip to content

基于卷积神经网络U-Net实现生物医学影像分割,使用pytorch框架实现

Notifications You must be signed in to change notification settings

JlexZhong/pytorch-U-Net

Repository files navigation

Unet:U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation语义分割模型在Pytorch当中的实现

性能情况

U-Net并不适合VOC此类数据集,其更适合特征少,需要浅层特征的医药数据集(CT-soil-rock-mixture)。

训练数据集 测试数据集 输入图片大小 mIOU
VOC12+SBD VOC-Val12 512x512 55.11
CT-soil-rock-mixture CT-soil-rock-mixture 512x512 92.01

所需环境

  • scipy==1.2.1
  • numpy==1.17.0
  • matplotlib==3.1.2
  • opencv_python==4.1.2.30
  • torch==1.2.0
  • torchvision==0.4.0
  • tqdm==4.60.0
  • Pillow==8.2.0
  • h5py==2.10.0

目前效果展示

训练过程损失变化曲线图

训练数据集说明

格式:VOC

由于数据集标注的困难,并且无法使用之前标注了部分的Mask R-CNN 实例分割数据集,本次仅使用30张语义分割图像,数据增强到100张进行训练,得到的效果较好。

U-Net

自2015年以来,在生物医学图像分割领域,U-Net得到了广泛的应用,目前已达到四千多次引用。

这个模型非常优雅,结构对称,全是卷积层,没有全连接。

因为这个网络使用更少的数据,取得更好的效果

所以我们修改并扩展这个网络。

全卷积网络其实就是一个不断缩小特征图的卷积神经网络,只不过后面的一些层中,将pooling层换为unsampling操作了。

为了使得分割结果更加精确,将高分辨率的特征图与与上采样后的低分辨率特征图进行合并。因此,分割结果就更加准确。

CT数据集特点

  • 图像语义较为简单、结构较为固定。由于砾石结构固定和语义信息没有特别丰富,所以高级语义信息和低级特征都显得很重要。
  • 数据量少。医学影像的数据获取相对难一些。所以我们设计的模型不宜多大,参数过多,很容易导致过拟合。

如何解决医学图像的数据非常少的问题?

  • 所以需要使用大量的数据增强,意思是在不实质性的增加数据的情况下,让有限的数据产生等价于更多数据的价值。
  • 数据增强:几何变换、噪声、模糊、填充、亮度等等。

如何解决目标粘连问题?

  • 图像形态学操作?开运算,凸性分析......
  • 使用一个加权loss,使细胞之间的缝隙有较大的训练权重,是否可行?

如何训练数据集

  1. 本文使用VOC格式进行训练。
  2. 使用lableme制作自己的数据集,将图片和json文件放在dataset/before中,运行json_to_dataset.py
  3. 训练前将标签文件放在VOCdevkit文件夹下的VOC2007文件夹下的SegmentationClass中。
  4. 训练前将图片文件放在VOCdevkit文件夹下的VOC2007文件夹下的JPEGImages中。
  5. 在训练前利用voc2unet.py文件生成对应的txt。
  6. 注意修改train.pynum_classes为分类个数+1。
  7. 运行train.py即可开始训练。

Reference

https://github.com/bubbliiiing/unet-pytorch

https://zhuanlan.zhihu.com/p/370931792

https://lmb.informatik.uni-freiburg.de/people/ronneber/u-net/

About

基于卷积神经网络U-Net实现生物医学影像分割,使用pytorch框架实现

Topics

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published