#DICOM Indexer

##Descripción Cliente ligero que se conecta con base de datos de PACS local DCM4CHEE compatible y envía hacia el indexador central la metadata de los estudios radiológicos contenidos en el centro médico, convirtiéndolos a json y registrándolos por medio de un webservice.

##Arquitectura

###Base

• Python 2.7 o superior
• MySQL 5.6 o superior

###Dependiente de Python

• PyMySQL 0.7.11 o superior
• Requests 2.18.4 o superior

##Base de Datos Este cliente indexador está soportado sobre la base de datos original de dcm4chee, solo agrega una nueva tabla study_service y un procedimiento almacenado indexer_process que permite grabar el último estudio registrado en la nueva tabla. A partir de este punto, el cliente consulta (select) study_service y obtiene los últimos estudios a enviar al indexador.

##Estructura

indexer_client -> Directorio Raiz
    client.py -> Aplicación cliente, autoejecutable
    requirements.txt -> Archivo dependencias Python
    README.md -> Este documento (Guia uso / desarrollador)
    config.json -> Archivo de configuración
    server.json -> Archivo básico json que debe crearse o modificarse
    extras -> Directorio con archivos adicionales importantes
        add_indexer.sql -> Cambios en la base de datos PACS
        heading_indexer.sh -> Script bash para cron
    tests -> Directorio con pruebas de la aplicación

##Instalación

###Copiar / clonar el directorio en /srv

git clone https://alfonsodg@bitbucket.org/controlradiologico/dicom_indexer.git

###Verificar que se tenga instalado la arquitectura base (python y mysql)

###Instalar ENV

virtualenv venv

###Activar ENV

source venv/bin/activate

###Instalar requerimientos de la aplicación contenidos en requirements.txt

pip install -r requirements.txt

###Modificar config.json a discreción o dejarlo tal como está para instalación por defecto

###Crear o modificar server.json colocando el código del centro médico

{
  "server": "000"
}

###Agregar modificaciones SQL al MySQL del PACS, para esto basta con copiar el contenido dentro de add_indexer.sql dentro del mismo mysql o (desde el directorio dicom_indexer)

mysql BASEDATOS_DCM4CHEE < extras/add_indexer.sql

###Para la primera carga ejecutar client.py con el parámetro initial (desde el directorio dicom_indexer)

python client.py initial

##Uso

• Para agregar más estudios al indexador basta con ejecutar

python client.py o simplemente ejecutar ./client.py

##Crontab (Tareas Automatizadas) Agregar en el cron con el comando crontab -e

*/5 * * * * /srv/dicom_indexer/extras/dicom_indexer.sh

##Estructura de Datos

###Formato JSON para INSERT (POST)

    {
      "patient_pk":"Clave primaria de paciente en tabla patient en pacsdb",
      "patient_id":"RUT de paciente",
      "patient_name":"Nombre de paciente",
      "study_pk":"Clave primaria de estudio en tabla study en pacsdb",
      "study_iuid":"Código único de estudio SUID",
      "study_datetime":"Fecha y hora de estudio",
      "study_description":"Descripción de la prueba",
      "study_modality":"Modalidad",
      "study_series":"Número de series",
      "study_instances":"Número de instancias",
      "center":"Código de PACS (centro médico) origen"
    }

##Configuración Está contenido dentro del archivo config.json

    {
      "database": {
        "host": "IP o nombre del servidor",
        "port": "Puerto",
        "user": "Usuario asignado",
        "password": "Clave asignada",
        "name": "nombre de la base de datos"
      },
      "server": "No se usa, revisar: server.json",
      "key": "Llave de seguridad para acceso al webservice",
      "webservice_url": "URL del servicio web para insertar los registros en formato json"
    }

##Licencia Este software es entregado bajo licencia GPL v3, excepto en las librerías que no sean compatibles con esta licencia. Revisar el archivo **gplv3.md ** para los detalles y alcances del mismo