Errore 500 se una directory non contiene il file status.json

[yp]

Se una delle directory dei job non contiene il file status.json (ad esempio perché è fallito una POST precedente) la riga:

https://github.com/ldenti/malva_covid_service/blob/106db36baafa2a0b92c0f53cb916b17ad7e26e24/flask/app/views.py#L47

genera un'eccezione che porta ad avere un errore 500.

Secondo me si dovrebbe:

1. ripulire le directory se la POST fallisce, e
2. essere più resilienti nella glob

[sciccolella]

Sicuramente metto un try quando apro i file, e nel caso restituisco uno 404 (o altro?).
Come ha fatto a fallire la post?
Se fallisce per via dello snakemake che non parte o altro e quindi non genera lo status.json, non posso saperlo in quanto la chiamata è asincrona.
L'altro motivo per cui può fallire è se fallisce la scrittura su disco per qualche ragione. Questo è un problema che può succere? Nel caso è giusto un 500, no?

[yp]

Sicuramente metto un try quando apro i file, e nel caso restituisco uno 404 (o altro?).

Il problema era sulla GET /vcf (quindi la lista). Io ignorerei quelle cartelle...

Come ha fatto a fallire la post?

Bella domanda. Stavo facendo prove mandandoti request non valide (per testare la mia gestione degli errori), poi sono tornato sulla lista e ho avuto il 500. Probabilmente era quando specificavo filetype = vcf1.

Se fallisce per via dello snakemake che non parte o altro e quindi non genera lo status.json, non posso saperlo in quanto la chiamata è asincrona.

Ero in upload del VCF, quindi non può essere lo snakemake. Ma in quel caso, tu non generi nessuno status.json "preliminare"? (Tipo con status: "starting")

L'altro motivo per cui può fallire è se fallisce la scrittura su disco per qualche ragione. Questo è un problema che può succere? Nel caso è giusto un 500, no?

Questo non saprei...

[sciccolella]

Grazie il report è stato molto utile. Ho risolto il problema e ho fatto in modo che nel caso in cui venga trovato un ID per cui non esiste lo status.json o info.json, lo cancella. Ritieni che sia utile restituire gli ID cancellati al frontend?

Ma in quel caso, tu non generi nessuno status.json "preliminare"? (Tipo con status: "starting")

No non genero nessuno status preliminare al momento. @mpre sarebbe un problema per lo snakemake se ne generassi uno iniziale o lo sovrascriverebbe (giustamente) una volta partito lo snakemake?

[mpre]

No, non è un problema