Fixed devtools::test() failing if context() isn't defined

r-lib/testthat#700
computational-metabolomics · Mar 19, 2019 · 301e164 · 301e164
1 parent beb29ec
commit 301e164
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diff --git a/tests/testthat/test.avfrag.R b/tests/testthat/test.avfrag.R
@@ -1,4 +1,7 @@
+context ("checking averaging functionality")
+
 test_that("checking averaging functionality", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking averaging                                ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.combine-annotations.R b/tests/testthat/test.combine-annotations.R
@@ -1,4 +1,7 @@
-test_that("checking lcms based functions", {
+context ("checking combine annotations based functions")
+
+test_that("checking combine annotations based functions", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking LCMS based class and functions            ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.create-msp.R b/tests/testthat/test.create-msp.R
@@ -1,6 +1,9 @@
-test_that("checking lcms based functions", {
+context ("checking msp based functions")
+
+test_that("checking msp based functions", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
-  print("## Checking LCMS based class and functions            ##")
+  print("## Checking msp based class and functions            ##")
   print("########################################################")
 
   msmsPths <- list.files(system.file("extdata", "lcms", "mzML", package="msPurityData"), full.names = TRUE, pattern = "MSMS")

diff --git a/tests/testthat/test.db.R b/tests/testthat/test.db.R
@@ -1,4 +1,7 @@
+context ("checking database functions")
+
 test_that("checking database functions", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking database handles lcms and msms            ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.dims.R b/tests/testthat/test.dims.R
@@ -1,4 +1,7 @@
+context ("Checking file list function")
+
 test_that("Checking file list function", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking file list function                        ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.filter-frag-spectra.R b/tests/testthat/test.filter-frag-spectra.R
@@ -1,4 +1,7 @@
+context ("checking filterFragSpectra purityA")
+
 test_that("checking filterFragSpectra purityA", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking functions for filtering frag spectra      ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.flagremove.R b/tests/testthat/test.flagremove.R
@@ -1,4 +1,7 @@
+context ("checking flag and remove peaks")
+
 test_that("checking flag and remove peaks", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## checking flag and remove (lc-ms)                   ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.lcms.R b/tests/testthat/test.lcms.R
@@ -1,4 +1,7 @@
+context ("checking lcms based functions")
+
 test_that("checking lcms based functions", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking LCMS based class and functions            ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.pcalc.R b/tests/testthat/test.pcalc.R
@@ -1,6 +1,7 @@
-
+context ("checking pcalc functions")
 
 test_that("checking pcalc functions", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Checking pcalc functions                           ##")
   print("########################################################")

diff --git a/tests/testthat/test.sm.R b/tests/testthat/test.sm.R
@@ -1,3 +1,5 @@
+context ("checking spectral matching functions with averaging")
+
 # test_that("checking spectral matching functions (massbank)", {
 #  too time consuming to run on bioconductor
 #   print("########################################################")
@@ -74,6 +76,7 @@
 
 
 test_that("checking spectral matching functions with averaging", {
+  print ("\n")
   print("########################################################")
   print("## Spectral matching functions                        ##")
   print("########################################################")