make.bat を叩くとbuildフォルダが作られて、 その中でプロジェクトの生成からビルドまで一気通貫で走るとですよ。
root
├CMakeLists.txt
└src
├fuga => fuga.lib
│├unyora.cpp
│└CMakeLists.txt
├hoge => hoge.lib
│├toppiroky.cpp
│└CMakeLists.txt
├main.cpp => nyapon.exe (with fuba.lib, hoge.lib)
└CMakeLists.txt