能否提供一下测试数据集 #1
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预处理后的HCP-1200数据链接在这里：https://drive.google.com/file/d/1xAAAPM3QBM6xxswdrVHb8auyECNrVdvz/view?usp=sharing |
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这里只有训练集和验证集，没有测试集
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月20日(星期六) 下午3:35
***@***.***>;
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
预处理后的HCP-1200数据链接在这里：https://drive.google.com/file/d/1xAAAPM3QBM6xxswdrVHb8auyECNrVdvz/view?usp=sharing
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由于测试集中是完整的图像，而非训练集和验证集中的patch。因此，测试集体积较大（222个图像，GT图像共计5GB）。这里我刚上传了GT图像（LR图像你可以按照原文生成）：https://drive.google.com/file/d/1lSfv6SuMVO3FiNfEMh6uvmRDxjplze-q/view?usp=sharing |
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非常感谢您的帮助，祝您一切顺利！
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月20日(星期六) 下午4:23
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
由于测试集中是完整的图像，而非训练集和验证集中的patch。因此，测试集体积较大（222个图像，GT图像共计5GB）。这里我刚上传了GT图像：https://drive.google.com/file/d/1lSfv6SuMVO3FiNfEMh6uvmRDxjplze-q/view?usp=sharing，LR图像你可以按照原文生成：）
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不客气:) |
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作者你好，关于ArSSR这篇论文我还有几个问题想向您请教，非常抱歉频繁打扰您。
（1）您提供的预处理过的train和val，是不是只经过裁剪，没有经过下采样操作，因为数据集的标题是hr_train和hr_val，如果是这样的话，请问方便提供下采样操作的代码
（2）train.py中的
# about training and validation data
parser.add_argument('-hr_data_train', type=str, default='/data2/qinfl/data/hr_train', dest='hr_data_train',
help='the file path of HR patches for training')
parser.add_argument('-hr_data_val', type=str, default='/data2/qinfl/data/hr_val', dest='hr_data_val',
help='the file path of HR patches for validation')
为什么训练的输入是高分辨率图像
（3）论文中提到，对所有的原始图像进行裁剪，但是又说测试集中把原始MR作为GT，经过特定下采样得到LR图像，所以对于测试集是需要先裁剪后再进行下采样，还是直接对它进行下采样就可以了
感谢您在百忙中阅读我的邮件，期待您的回复！
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月20日(星期六) 下午4:29
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
不客气:)
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非常感谢作者您的耐心解答，祝您一切顺利！
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月22日(星期一) 晚上8:25
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
问题1、2：我只提供hr_train和hr_val的原因是：lr图像是在训练的时候随机一个scale下采样生成的 （这部分代码在https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行），因此对于train_loader和val_loader，我们只需要提供高清patch即可。
问题3：测试集中的GT的size都是裁剪填充后的264×264×264。为了方便后续定量化计算：对于可整除的scale，直接下采样即可；对于不可整除的scale，需要对264×264×264的GT图像进行进一步的裁剪再下采样。比如对于scale=2，我们不需要进行裁剪；而对于scale=2.5这种，需要先裁剪到260×260×260，再进行下采样。
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作者您好，对医学图像进行下采样，是直接对3D的图像进行下采样还是对切片进行下采样？
请问您方便提供给我以下的代码吗？ 1）对测试集进行下采样操作的代码呢？ 2）对训练集和验证集进行裁剪代码呢？
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月22日(星期一) 晚上8:25
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
问题1、2：我只提供hr_train和hr_val的原因是：lr图像是在训练的时候随机一个scale下采样生成的 （这部分代码在https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行），因此对于train_loader和val_loader，我们只需要提供高清patch即可。
问题3：测试集中的GT的size都是裁剪填充后的264×264×264。为了方便后续定量化计算：对于可整除的scale，直接下采样即可；对于不可整除的scale，需要对264×264×264的GT图像进行进一步的裁剪再下采样。比如对于scale=2，我们不需要进行裁剪；而对于scale=2.5这种，需要先裁剪到260×260×260，再进行下采样。
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是直接对3D图像进行下采样，用的是这个第三方库，其中order=3，其余参数默认 scipy.ndimage.interpolation.zoom。关于裁剪，直接进行数组裁剪即可，这部分可以参考https://github.com/iwuqing/ArSSR/blob/main/data.py 的30—38行 |
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作者你好，请问你有下载完整的HCP-1200数据集吗，方便发我一份吗，我在官网上注册不成功
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月23日(星期二) 下午2:17
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
是直接对3D图像进行下采样，用的是这个第三方库，其中order=3，其余参数默认： https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.15.1/reference/generated/scipy.ndimage.interpolation.zoom.html
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我只下载了T1w的图像，别的模态并没下载。 |
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请问可以分享吗
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月28日(星期天) 晚上8:31
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
我只下载了T1w的图像，别的模态并没下载。
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t1的所有图像共计1112张，共计20G，恐怕不太方便传输。太大了。我之前是用这个脚本进行下载的：https://github.com/huawei-lin/HCP_Dataset_Download_Automatically_Script |
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哦吼，连不上，你可以上传到网盘之类的吗哈哈哈
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月28日(星期天) 晚上8:37
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
t1的所有图像共计1112张，共计20G，恐怕不太方便传输。太大了。我之前是用这个脚本进行下载的（https://github.com/huawei-lin/HCP_Dataset_Download_Automatically_Script）
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作者您好，为什么模型训练一块GPU都占不满，测试的时候batch_size设为1，两块GPU都跑不起来呢，为什么测试要占这么大资源
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月28日(星期天) 晚上8:37
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
t1的所有图像共计1112张，共计20G，恐怕不太方便传输。太大了。我之前是用这个脚本进行下载的（https://github.com/huawei-lin/HCP_Dataset_Download_Automatically_Script）
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因为在test的时候，输入的是图像patch。而在test的时候，输入的是完整图像，实际上占显存的部分在encoder部分。你可以用比较小的图像进行test，或者一个一个patch重建后再拼接。 |
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作者你好，由于不可抗因素，你昨天给我推荐下载HCP-1200数据集的方法我也下载不了，您方便把你下载的未处理过的数据集上传云盘分享给我吗，非常感谢！
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月29日(星期一) 晚上8:16
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
因为在test的时候，输入的是图像patch。而在test的时候，输入的是完整图像，实际上占显存的部分在encoder部分。你可以用比较小的图像进行test，或者一个一个patch重建后再拼接。
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你把邮箱留一下，我回头找个时间上传网盘发你链接。因为分享原始数据集可能会涉及到license的问题。 |
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作者您好，可不可以把测试集跟训练集做一样的预处理呢？请问方便提供一下训练集数据预处理的代码吗
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发件人: "iwuqing/ArSSR" ***@***.***>;
发送时间: 2021年11月29日(星期一) 晚上8:16
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主题: Re: [iwuqing/ArSSR] 能否提供一下测试数据集 (Issue #1)
因为在test的时候，输入的是图像patch。而在test的时候，输入的是完整图像，实际上占显存的部分在encoder部分。你可以用比较小的图像进行test，或者一个一个patch重建后再拼接。
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可以发给我一份吗，t1的所有图像共计1112张，共计20G 邮箱： 454191383@qq.com 我用您的脚本下载下来有300多个G，感觉不太对 |
已发你邮箱 |
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作者您好，我用您发的脚本下载的HCP_1200 t1w的图像数据，尺寸大小为（260，311，260），并不是您论文里尺寸为（320320256）您可以再提供一下HCP-1200 T1W的原始数据的网盘链接吗（之前的过期了）。第二个问题是，您是如何讲图片裁剪到264264264的？万分感谢您可以抽空回答我。邮箱：454191383@qq.com |
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作者您好，可以发给我一份您预处理后的数据吗，t1的所有图像共计1112张，共计20G 邮箱：1720886097@qq.com |
你好，你可以从以下百度网盘链接下载~ |
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你好，请问方便提供一下HCP-1200预处理过的测试集吗
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