Konfiguracije za Docker za potrebe APPR

• Jupyter
• RStudio

Ta repozitorij vsebuje konfiguracijske datoteke za Docker za poganjanje projektov pri predmetu Analiza podatkov s programom R na spletu v orodju Binder z okoljema RStudio in Shiny.

Vsebina

Trenutno so na voljo konfiguracije za tri slike:

• r-binder: osnovna slika z RStudiom in IRKernel
• base: slika za osnovno uporabo s Shiny in drugimi paketi
• extended: slika z namestitvijo dodatnih paketov

Same slike gostujejo na Docker Hub (in se tam tudi generirajo) v repozitoriju jaanos/appr. Aktualne slike imajo ime, ki se konča z -2020, vmesne slike pa imajo na koncu celoten datum. Slike brez priponke k imenu so iz 2018/19.

Uporaba

Za poganjanje programa z repozitorija na GitHubu je najprej potrebno poskrbeti za datoteko Dockerfile v vrhnji mapi repozitorija, ki naj izgleda približno tako:

FROM jaanos/appr:base-2020

USER root
COPY . ${HOME}
RUN chown -R ${NB_USER} ${HOME}
USER ${NB_USER}

RUN if [ -f install.R ]; then R --quiet -f install.R; fi

Prva vrstica določa, katera slika (base-2020) iz katerega repozitorija (jaanos/appr) se bo uporabila. Sledijo vrstice, ki poskrbijo za kopiranje vsebine repozitorija v končno sliko. Zadnja vrstica preveri, ali obstaja datoteka install.R, in jo v tem primeru požene - tako je mogoče namestiti dodatne pakete.

Repozitorij z zgornjo datoteko je mogoče zagnati na naslovu

http://mybinder.org/v2/gh/jaanos/APPR-docker/master

Namesto jaanos/APPR-docker seveda uporabimo ime želenega repozitorija, namesto master pa lahko podamo želeno ime veje ali značke oziroma šifro commita. Privzeto se zažene Jupyter, ki nam omogoča delo tako s Python 3 kot z R. Pod New lahko izberemo tudi RStudio Session, kar bo pognalo RStudio v brskalniku.

Lahko pa tudi neposredno poženemo RStudio oziroma aplikacijo Shiny:

http://mybinder.org/v2/gh/jaanos/APPR-docker/master?urlpath=rstudio
http://mybinder.org/v2/gh/jaanos/APPR-docker/master?urlpath=shiny/pot/do/aplikacije

V slednjem primeru nadomestimo pod/do/aplikacije s potjo do mape z ui.R in server.R oziroma datoteke .Rmd.

Prirejanje slik

S spodnjim postopkom lahko priredite slike svojim potrebam.

1. S klikom na Fork desno zgoraj naredite lastno kopijo tega repozitorija.
2. Prijavite se na Docker Hub.
3. Desno zgoraj kliknite na svoje uporabniško ime, izberite Account Settings, nato pa v levem stolpcu še Linked Accounts.
4. V vrstici GitHub kliknite na Connect in nato potrdite, da ima Docker Hub zahtevane pravice dostopa.
5. V zgornji vrstici kliknite na Repositories in nato na Create Repository.
6. Nastavite ime repozitorija na Docker Hubu (npr. appr) in napišite kratek opis, potem pa kliknite na ikono za GitHub (spodaj bo pisalo Connected).
7. Iz seznama repozitorijev izberite kopijo tega repozitorija (APPR-docker) in kliknite na Create.
8. V zgornji vrstici kliknite na Builds, nato pa na Configure Automated Builds.
9. Pri BUILD RULES kliknite na +, nato pa pri Source Type izberite Branch, pod Source napišite ime veje, na katero naj push sproži generiranje slike (če boste prirejali samo eno sliko, je to lahko kar privzeta veja master), pod Docker Tag ime slike (npr. extended), pod Build Context pa pot do Dockerfile za sliko, ki se prireja (npr /extended/). Po potrebi lahko s klikom na + dodaste novo vrstico za novo sliko.
10. Uredite nastavitvene datoteke slike, ki jo prirejate, in spremembe postavite na ustrezno vejo. Tako se bo sprožilo generiranje slike.
11. Na svojem repozitoriju na Docker Hubu lahko pod Timeline spremljate status generiranja slike.
12. Ko je slika uspešno generirana, lahko v prvi vrstici Dockerfile na repozitoriju svojega projekta nastavite, da se uporabi pravkar ustvarjena slika z vašega repozitorija.

Tako se bo vaš projekt poganjal s prirejeno sliko. Če ste v njej že namestili potrebne pakete, jih seveda ne nameščajte še enkrat z install.R v repozitoriju projekta.