A bioinformática é uma intersecção entre biologia, computação e estatística. Neste curso, você aprenderá os primeiros passos para a bioinformática básica.
A importância da estatística na bioinformática é enfatizada ao longo do curso, preparando os alunos para entender a lógica da linguagem de programação e interpretar os dados obtidos. Além disso, discutiremos a importância da qualidade dos dados na obtenção de resultados significativos.
Este curso enfatiza a importância do pensamento crítico, incentivando a compreensão das linhas de comando e pensamento crítico na escolha de pipelines. Abordaremos também técnicas de resolução de problemas (troubleshooting), focando no entendimento dos "porquês" em vez de apenas reproduzir metodologias.
Equipar os participantes com uma compreensão sólida dos princípios fundamentais da bioinformática e sua aplicação na genômica de patógenos. Buscamos desenvolver habilidades críticas de pensamento, capacidade de resolver problemas e compreensão das ferramentas de análise para que possam realizar análises de dados genômicos com eficiência e eficácia.
Como objetivos de aprendizagem, esperamos que o participantes sejam capaz de: (i) identificar e descrever os elementos essenciais envolvidos na etapa de preparação da amostra para sequenciamento; (ii) reconhecer os dados que necessitam de tratamento na bioinformática a partir dos resultados obtidos do sequenciamento; (iii) interpretar a estrutura de linhas de comando básicas na aplicação de análises de genômica de patógenos; (iv) conhecer as ferramentas de bioinformática disponíveis para aplicá-las adequadamente em análises de dados genômica; e (v) desenhar um pipeline de análise baseado nas ferramentas de bioinformática disponíveis incluindo as etapas necessárias para análise.
- Andrêza Alencar, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Brazil
- Gabriel Carvalho, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Izabela Jesus, Fundação Oswaldo Cruz FIOCRUZ - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Joyce Silva, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Laise de Moraes, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Maria Santana, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Ricardo Khouri, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Robson Francisco de Souza,Universidade de São Paulo, Instituto de Ciências Biomédicas, Brazil
- Sara Nunes, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Thayná Gonzalez, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Gonçalo Moniz, Brazil
- Túlio Campos, Fundação Oswaldo Cruz - Instituto Aggeu Magalhães, Brazil
Dia 1 - Introdução ao UNIX e linhas de comando
Manual - Dia 1
Introdução ao curso e boas vindas
Introdução à genômica de patógenos
Introdução ao sistema operacional Linux
Formatos de arquivos
Dia 2 - Montagem de genomas e identificação de variantes
Manual - Dia 2
Montagem e anotação de genomas
Conjuntos de dados para a atividade QC
Dia 3 - Análise filogética e aplicações
Manual - Dia 3
Introdução à filogenia
Desafios na criação de árvores filogenéticas
Projeto de Curso
Apresentacão dos casos
Sorteio dos grupos
Pasta para adicionar o projeto
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