hse21_H3K4me3_G4_human

Изначально скачаем исходные .bed файлы, конвертируе их к hg19 и постороим гистограмы распределения длин.

ENCFF982DUT на сборке hg38

ENCFF982DUT на сборке hg19

ENCFF549DKP на сборке hg38

ENCFF549DKP на сборке hg19

Теперь уберем слишком длинные, те которые больше 4000 и опять построим гистограмы

ENCFF982DUT ENCFF549DKP

Теперь посмтрим, где располагаются пики гистоновой метки относительно аннотированных генов

ENCFF982DUT ENCFF549DKP

Скачаем файл вторичной структуры ДНК и посмотрим распредление длин

Построим распрделение вторичной структуры

Получим файл пересечение пиков и вторичной структуры ДНК. Построим для него гистограмму и пай чарт

Визуализируем полученные пересечения в GenomeBrowser

Сессия

Произведем ассоциацию пиков с генами

Число пиков, которые могу быть проассацированны с геном: 12700

Число уникальных генов: 7824

GO анализ

Наиболее значимые категории

• histone acetylation
• response to endoplasmic reticulum stress
• regulation of supramolecular fiber organization