Skip to content

Commit

Permalink
Update flu clade designations
Browse files Browse the repository at this point in the history 
This is mostly a linting pass to improve whitespace and alignment. It does however correct an issue with repeated 3c2 clade designations and fix the Vic DV designation.
  • Loading branch information
@trvrb
trvrb committed Aug 12, 2018
1 parent 3c8e9a1 commit 42ad20b
Showing 1 changed file with 57 additions and 69 deletions.
126 changes: 57 additions & 69 deletions builds/flu/flu_info.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -379,77 +379,65 @@
}

clade_designations = {
"h3n2":{
"3b": [('HA2',158,'N'), ('HA1',198,'S'), ('HA1',312,'S'), ('HA1',223,'I'),
('HA1',145,'S')],
"3c": [('HA1',45,'N'), ('HA1',48,'I'), ('nuc',456,'T'), ('HA1',198,'S'),
('HA1',312,'S'), ('HA1',223,'I')],
"3c2": [('HA2',160,'N'), ('HA1',145,'S'), ('nuc',693,'A'), ('nuc',1518,'G')],
"3c3": [('nuc',285,'T'), ('nuc',430,'G'), ('nuc',472,'G'), ('nuc',1296,'A')],
"3c3.A": [('HA1',128,'A'), ('HA1',142,'G'), ('HA1',159,'S')],
"3c2.A": [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'),
('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc', 234, 'A')],
"A1":[('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), # formerly clade 3c2.a1
('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('HA1',171,'K'),
('HA2',77,'V'), ('HA2',155,'E'), ('HA2',160,'N')],
"3c2": [('HA1',144,'N'), ('HA1',159,'F'), ('HA1',225,'N'),
('HA1',160,'T'), ('HA1',142,'R')],
"3c3.B": [('HA1',83,'R'), ('HA1',261,'Q'), ('HA1',62,'K'),
('HA1',122,'D')],
"A2": [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), # formerly clade 3
('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc', 234, 'A'),
('HA1',131,'K'), ('HA1',142,'K'), ('HA1',261,'Q')],
"A2/re": [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), # formerly clade 3
('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc', 234, 'A'),
('HA1',131,'K'), ('HA1',142,'K'), ('HA1',261,'Q'),
('nuc',1689,'T')],
"A3": [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), # formerly clade 2
('nuc',1491,'A'), ('nuc',234,'A'), ('HA1',121,'K'),
('HA1',144,'K')],
"A4": [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), # formerly clade 1
('nuc',1491,'A'), ('nuc',234,'A'), ('HA1',53,'N'),
('HA1',144,'R'), ('HA1',171,'K'), ('HA1',192,'T'),
('HA1',197,'H')],
"A1a": [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), # formerly clade 4
('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc', 234, 'G'),
('HA2',150,'E'), ('nuc',114,'T')],
"A1b": [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('nuc',1491,'A'), # formerly clade 5
('nuc', 234, 'G'), ('HA1',92,'R'), ('HA1',311,'Q'),
('nuc',538,'C')],
"A1b/135N": [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('nuc',1491,'A'),
('nuc', 234, 'G'), ('HA1',92,'R'), ('HA1',311,'Q'),
('nuc',538,'C'), ('nuc',81,'G'), ('nuc',453,'T')],
"A1b/135K": [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('nuc',1491,'A'),
('nuc', 234, 'G'), ('HA1',92,'R'), ('HA1',311,'Q'),
('nuc',538,'C'), ('nuc',233,'G'), ('nuc',472,'G'),
('nuc',452,'A')]
"h3n2": {
'3b': [('HA2',158,'N'), ('HA1',198,'S'), ('HA1',312,'S'), ('HA1',223,'I'), ('HA1',145,'S')],
'3c': [('HA1',45,'N'), ('HA1',48,'I'), ('nuc',456,'T'), ('HA1',198,'S'), ('HA1',312,'S'),
('HA1',223,'I')],
'3c3': [('nuc',285,'T'), ('nuc',430,'G'), ('nuc',472,'G'), ('nuc',1296,'A')],
'3c3.A':[('HA1',128,'A'), ('HA1',142,'G'), ('HA1',159,'S')],
'3c3.B':[('HA1',83,'R'), ('HA1',261,'Q'), ('HA1',62,'K'), ('HA1',122,'D')],
'3c2': [('HA2',160,'N'), ('HA1',145,'S'), ('nuc',693,'A'), ('nuc',1518,'G')],
'3c2.A':[('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'),
('nuc',234,'A')],
'A1': [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'),
('HA1',171,'K'), ('HA2',77,'V'), ('HA2',155,'E'), ('HA2',160,'N')],
'A2': [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'),
('nuc',234,'A'), ('HA1',131,'K'), ('HA1',142,'K'), ('HA1',261,'Q')],
'A2/re':[('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'),
('nuc',234,'A'), ('HA1',131,'K'), ('HA1',142,'K'), ('HA1',261,'Q'), ('nuc',1689,'T')],
'A3': [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc',234,'A'),
('HA1',121,'K'), ('HA1',144,'K')],
'A4': [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc',234,'A'),
('HA1',53,'N'), ('HA1',144,'R'), ('HA1',171,'K'), ('HA1',192,'T'), ('HA1',197,'H')],
'A1a': [('HA1',144,'S'), ('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('HA1',311,'H'), ('nuc',1491,'A'),
('nuc',234,'G'), ('HA2',150,'E'), ('nuc',114,'T')],
'A1b': [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc',234,'G'), ('HA1',92,'R'),
('HA1',311,'Q'), ('nuc',538,'C')],
'A1b/135N': [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc', 234,'G'), ('HA1',92,'R'),
('HA1',311,'Q'), ('nuc',538,'C'), ('nuc',81,'G'), ('nuc',453,'T')],
'A1b/135K': [('HA1',159,'Y'), ('HA1',225,'D'), ('nuc',1491,'A'), ('nuc', 234, 'G'), ('HA1',92,'R'),
('HA1',311,'Q'), ('nuc',538,'C'), ('nuc',233,'G'), ('nuc',472,'G'), ('nuc',452,'A')]
},
"h1n1pdm":{
'1': [('HA1', 125, 'N'), ('HA1', 134 ,'A'), ('HA1', 183, 'S'), ('HA1', 31,'N'), ('HA1', 216, 'I')],
'2': [('HA1', 125, 'N'), ('HA1', 134 ,'A'), ('HA1', 183, 'S'), ('HA1', 31,'D')],
'3': [('HA1', 134 ,'T'), ('HA1', 183, 'P')],
'4': [('HA1', 125, 'D'), ('HA1', 134 ,'A'), ('HA1', 183, 'S')],
'5': [('HA1', 87, 'N'), ('HA1', 205, 'K'), ('HA1', 216, 'V'), ('HA1', 149, 'L')],
'6': [('HA1', 185,'T'), ('HA1', 97, 'N'), ('HA1', 197, 'A')],
'6c':[('HA1', 234,'I'), ('HA1', 97, 'N'), ('HA1', 197, 'A'), ('HA1', 283,'E')],
'6b':[('HA1', 163,'Q'), ('HA1', 256, 'T'), ('HA1', 197, 'A'), ('HA1', 283,'E')],
'7': [('HA1', 143,'G'), ('HA1', 97, 'D'), ('HA1', 197, 'T')],
'8': [('HA1', 186,'T'), ('HA1', 272,'A')],
'6b.1':[('HA1', 163,'Q'), ('HA1', 256, 'T'), ('HA1', 197, 'A'), ('HA1', 283, 'E'), ('SigPep', 13, 'T'), ('HA1', 84, 'N'), ('HA1', 162, 'N')],
'6b.2':[('HA1', 163,'Q'), ('HA1', 256, 'T'), ('HA1', 197, 'A'), ('HA1', 283, 'E'), ('HA2', 164, 'G'), ('HA1', 152, 'T'), ('HA2', 174, 'E')],
'164T':[('HA1', 84, 'N'), ('HA1', 162, 'N'), ('HA1', 74, 'R'), ('HA1', 164, 'T'), ('HA1', 295, 'V')]
"h1n1pdm": {
'1': [('HA1',125,'N'), ('HA1',134,'A'), ('HA1',183,'S'), ('HA1',31,'N'), ('HA1',216,'I')],
'2': [('HA1',125,'N'), ('HA1',134,'A'), ('HA1',183,'S'), ('HA1',31,'D')],
'3': [('HA1',134,'T'), ('HA1',183,'P')],
'4': [('HA1',125,'D'), ('HA1',134,'A'), ('HA1',183,'S')],
'5': [('HA1',87,'N'), ('HA1',205,'K'), ('HA1',216,'V'), ('HA1',149,'L')],
'6': [('HA1',185,'T'), ('HA1',97,'N'), ('HA1',197,'A')],
'6c': [('HA1',234,'I'), ('HA1',97,'N'), ('HA1',197,'A'), ('HA1',283,'E')],
'6b': [('HA1',163,'Q'), ('HA1',256,'T'), ('HA1',197,'A'), ('HA1',283,'E')],
'7': [('HA1',143,'G'), ('HA1',97,'D'), ('HA1',197,'T')],
'8': [('HA1',186,'T'), ('HA1',272,'A')],
'6b.1': [('HA1',163,'Q'), ('HA1',256,'T'), ('HA1',197,'A'), ('HA1',283,'E'), ('SigPep',13, 'T'),
('HA1',84,'N'), ('HA1',162,'N')],
'6b.2': [('HA1',163,'Q'), ('HA1',256,'T'), ('HA1',197,'A'), ('HA1',283,'E'), ('HA2',164,'G'),
('HA1',152,'T'), ('HA2',174,'E')],
'164T': [('HA1',84,'N'), ('HA1',162,'N'), ('HA1',74,'R'), ('HA1',164,'T'), ('HA1',295,'V')]
},
"vic":{
'1A': [('nuc',206,'G'), ('nuc',644,'C'), ('nuc',1340,'T'), ('nuc',1821,'T'),
('HA1',165,'K'), ('HA1',172,'P')],
'1B': [('nuc',1034,'G'), ('nuc',1172,'G'), ('HA1',165,'K'), ('HA1',172,'P')],
'117V': [('HA1', 75,'K'), ('HA1', 58, 'L'), ('HA1', 165, 'K'), ('HA1', 129, 'D'), ('HA1', 117, 'V')],
'DV': [('HA1', 75,'K'), ('HA1', 58, 'L'), ('HA1', 165, 'K'), ('HA1', 117, 'V'), ('HA1', 180, 'V'), ('HA2', 152, 'K'), ('HA1', 162, 'X')]
"vic": {
'1A': [('nuc',206,'G'), ('nuc',644,'C'), ('nuc',1340,'T'), ('nuc',1821,'T'), ('HA1',165,'K'),
('HA1',172,'P')],
'1B': [('nuc',1034,'G'), ('nuc',1172,'G'), ('HA1',165,'K'), ('HA1',172,'P')],
'117V': [('HA1',75,'K'), ('HA1',58,'L'), ('HA1',165,'K'), ('HA1',129,'D'), ('HA1',117,'V')],
'DV': [('HA1',75,'K'), ('HA1',58,'L'), ('HA1',165,'K'), ('HA1',117,'V'), ('HA1',180,'V'),
('HA2',152,'K'), ('HA1',162,'X'), ('HA1',129,'G')]
},
"yam":{
'2': [('HA1', 48,'K'), ('HA1', 108, 'A'), ('HA1', 150, 'S')],
'3': [('HA1', 48,'R'), ('HA1', 108, 'P'), ('HA1', 150, 'I')],
'3a': [('HA1', 37,'A'), ('HA1', 298, 'E'), ('HA1', 48,'R'), ('HA1', 105, 'P'), ('HA1', 150, 'I')],
'172Q': [('HA1', 48,'R'), ('HA1', 108, 'P'), ('HA1', 150, 'I'), ('HA1', 116, 'K'), ('HA1', 172, 'Q'), ('HA1', 298, 'E'), ('HA1', 312, 'K')]
"yam": {
'2': [('HA1',48,'K'), ('HA1',108,'A'), ('HA1',150,'S')],
'3': [('HA1',48,'R'), ('HA1',108,'P'), ('HA1',150,'I')],
'3a': [('HA1',37,'A'), ('HA1',298,'E'), ('HA1',48,'R'), ('HA1',105,'P'), ('HA1',150,'I')],
'172Q': [('HA1',48,'R'), ('HA1',108,'P'), ('HA1',150,'I'), ('HA1',116,'K'), ('HA1',172,'Q'),
('HA1',298,'E'), ('HA1',312,'K')]
}
}

0 comments on commit 42ad20b

Please sign in to comment.