このディレクトリを GOPATH にして、 src/isucon にアプリのソースを置いています。
make を実行すれば GOPATH を設定しつつ go build するようになっています。
依存ライブラリは dep を使って管理していて、 src/isucon/vendor に含まれています。
ライブラリのバージョンを上げたい場合は、 GOPATH=`pwd` go get -u ... をしても
vendor 側が優先されるので、 vendor を消すか dep を使ってバージョンを上げてください。
ライブラリを追加する場合は問題ありません。