CommandLinesWorkflows

See Running AltAnalyze from the Command-Line for a complete set of example command-line workflows.

Options to add?...

--compendiumPlatform

--compendiumType

--exonMapFile

--geneExp

--labels

--contrast

--plotType

--runMarkerFinder

--update_interactions

--includeExpIDs

--degrees

--genes

--inputType

--interactionDirs

--GeneSetSelection

--PathwaySelection

--OntologyID

--dataType

--combat

--channelToExtract

--showIntrons

--display

--join

--uniqueOnly

--accessoryAnalysis

--inputIDType

--outputIDType

--FEdir

--channelToExtract

--AltResultsDir

--geneFileDir

--modelSize

--geneModel

--reference

python AltAnalyze.py --expdir "/MyExperiment/ExpressionInput/exp.tumors.txt"
  --update markers --species Hs --platform RNASeq --genesToReport 200