用 Docker 来解决 LinearDesign 的 GLIBC 版本过低问题

[shenweiyan]

LinearDesign 介绍

LinearDesign 是一款用于优化 mRNA 设计的软件，旨在提高 mRNA 的稳定性和免疫原性。该项目由 He Zhang、Liang Zhang、Ang Lin 等研究人员开发，并已在 Nature杂志上发表相关研究成果。LinearDesign 通过算法优化 mRNA 序列，使其在保持高翻译效率的同时，具有更好的结构稳定性。

GitHub 地址：https://github.com/LinearDesignSoftware/LinearDesign

项目快速启动

确保你的系统满足以下依赖要求：

• Clang 11.0.0 或更高版本，或 GCC 4.8.5 或更高版本
• Python 2.7
• GLIBC≥2.29

glibc (GNU C Library) 是 GNU 发布的 C 标准运行库，是 Linux 系统中最底层、最核心的 API，几乎所有应用软件都依赖它。它主要负责封装 Linux 内核系统调用，并提供内存管理、字符串操作、文件操作等标准函数。

在 Ubuntu 18.04.6 LTS 中，GLIBC 最高只有 2.27，在不升级系统更新 GLIBC 风险太大，因此可以考虑用 Docker 的方式来解决 LinearDesign 的 GLIBC 版本过低问题。

构建 LinearDesign 的 Docker 镜像

编写 Dockerfile

# GUESSING....
# dfimage shenweiyan/lineardesign:1.0
# WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested
# FROM shenweiyan/lineardesign:1.0

FROM ubuntu:jammy-20230425

ARG RELEASE
ARG LAUNCHPAD_BUILD_ARCH
LABEL org.opencontainers.image.ref.name=ubuntu
LABEL org.opencontainers.image.version=22.04
# ADD file:2fc6364d149eccc7f94ead482a0dcf24b0e44cc0d00ac6a2c1797776153e9608 in /

RUN apt-get update && apt-get install -y git

# Need to add Python2 (should be 2.7.18)
# https://linuxconfig.org/install-python-2-on-ubuntu-22-04-jammy-jellyfish-linux

RUN apt-get install -y python2

# Need to add GCC
# https://linuxconfig.org/how-to-install-gcc-the-c-compiler-on-ubuntu-22-04-lts-jammy-jellyfish-linux

RUN apt-get install -y build-essential

RUN apt-get clean

RUN git clone https://gitcode.com/bio-mirrors/LinearDesign.git /lineardesign # buildkit

RUN cd /lineardesign && make

RUN mkdir /mnt/data             # buildkit
WORKDIR /lineardesign
VOLUME [/mnt/data]
CMD ["/bin/bash"]

构建镜像

$ docker build -t lineardesign:1.0 .

查看镜像

docker images

运行容器

可以使用下面的方式开启 docker 容器。

1. 交互方式

   $ docker run  -it -v /home/steven/data:/data lineardesign:1.0 bash

   这种方式，通过 exit 退出容器后，容器被终止，可以通过 docker ps -a 来看终止状态的容器，可以通过 docker rm <CONTAINER ID> 删除终止状态的容器。

2. Daemon 方式，守护态运行

   $ docker run -d -it -v /home/steven/data:/data lineardesign:1.0 bash

   守护态运行运行的容器，在容器内 exit 退出后，容器不会终止，可以使用 docker exec -it <CONTAINER ID> bash 再次进入容器。
   这种方式可以让软件作为长时间服务运行，可通过 ocker stop <CONTAINER ID>终止容器，通过 ocker rm <CONTAINER ID>删除终止状态的容器。

将本地镜像推送到远程仓库

这是指把我们构建好的镜像 push 到 Docker Hub、阿里云 ACR、Harbor 等远程 Registry，这里我们 push 到 Docker Hub。

登录远程仓库

首次登录会提示输入用户名/密码或 Access Token。

# Docker Hub
docker login

# 阿里云 ACR
docker login registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com

# 私有 Harbor
docker login harbor.yourcompany.com

为镜像打标签

远程仓库要求镜像名称格式为：<registry>/<namespace>/<repo>:<tag>。

# 推送到 Docker Hub（用户名：shenweiyan）
docker tag lineardesign:1.0 shenweiyan/lineardesign:1.0

# 推送到阿里云 ACR
docker tag lineardesign:1.0 registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com/shen-lab/lineardesign:1.0

推送镜像

# 推送到 Docker Hub
$ docker push shenweiyan/lineardesign:1.0
The push refers to repository [docker.io/shenweiyan/lineardesign]
5f70bf18a086: Pushed
f307a02003d0: Pushed
67721cd40298: Pushed
593672012667: Pushed
52bfb0e9f36b: Pushed
5dd52f89c1a9: Pushed
8fb8ac00d103: Pushed
c90d82bb7e29: Pushed
b8a36d10656a: Pushed
1.0: digest: sha256:aa43b247010b964a9b3faf434409463df12002bd9ecf03b1d41bf55f74df988e size: 2204

# 推送到阿里云
$ docker push registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com/shen-lab/lineardesign:1.0

验证推送

# 查看远程仓库（网页或 CLI）
# 或拉取测试：
docker pull shenweiyan/lineardesign:1.0