This repository contains computational supporting information for the manuscript "First-principles Modeling of the Absorption spectrum of Crystal Violet in Solution - The Importance of Environmentally-driven Symmetry Breaking".
CV_symmetry_breaking
├── Methanol
│ ├── MD_calculations # contains all input files to perform MM equilibration and QM/MM MD in methanol solvent
│ │ ├── CV
│ │ │ ├── MM_equilibration
│ │ │ └── QMMM_MD
│ │ └── CVCl
│ ├── Raw_data # contains input files for generating the cumulant spectra, raw absorption spectra, spectral densities, and analysis
│ │ ├── CV
│ │ │ ├── Trajecotry2
│ │ │ ├── Trajecotry3
│ │ │ └── Trajectory1
│ │ └── CVCl
│ │ ├── 36_ps
│ │ └── Analysis
│ │ ├── 8_ps
│ │ ├── 8_ps_PCM_meoh
│ │ ├── 8_ps_without_Cl
│ │ └── 8_ps_without_Cl_and_solvent
│ └── TDDFT_calculations # contains input files for TDDFT calculations and example calculations
│ ├── CV
│ │ └── Example
│ └── CVCl
│ ├── 36_ps
│ │ └── Example
│ └── Analysis
│ ├── 8_ps
│ │ └── Example
│ ├── 8_ps_PCM_meoh
│ │ └── Example
│ ├── 8_ps_without_Cl
│ │ └── Example
│ └── 8_ps_without_Cl_and_solvent
│ └── Example
├── Toluene
│ ├── Box # contains input files for generating a toluene box
│ ├── MD_calculations # contains all input files to perform MM equilibration and QM/MM MD in toluene solvent
│ │ ├── CV
│ │ │ ├── MM_equilibration
│ │ │ └── QMMM_MD
│ │ └── CVCl
│ │ ├── Cl_in_QM_region
│ │ │ ├── CAMB3LYP
│ │ │ └── wb97x
│ │ └── QMMM_MD
│ ├── Raw_data # contains input files for generating the cumulant spectra, raw absorption spectra, spectral densities, and analysis
│ │ ├── CV
│ │ └── CVCl
│ │ ├── Trajecotry2
│ │ ├── Trajecotry3
│ │ └── Trajectory1
│ │ ├── 36_ps
│ │ ├── Analysis
│ │ │ ├── 8_ps
│ │ │ ├── 8_ps_without_Cl
│ │ │ └── 8_ps_without_Cl_and_solvent
│ │ └── Cl_in_QM_region
│ │ ├── CAMB3LYP
│ │ └── wb97x
│ └── TDDFT_calculations # contains input files for TDDFT calculations and example calculations
│ ├── CV
│ │ └── Example
│ └── CVCl
│ ├── 36_ps
│ │ └── Example
│ ├── Analysis
│ │ ├── 8_ps
│ │ │ └── Example
│ │ ├── 8_ps_without_Cl
│ │ │ └── Example
│ │ └── 8_ps_without_Cl_and_solvent
│ │ └── Example
│ └── Cl_in_QM_region
│ ├── CAMB3LYP
│ │ └── Example
│ └── wb97x
│ └── Example
└── Vacuum
├── MD_calculations # contains input files to perform AIMD in vacuum and output trajectories
├── Raw_data # contains input files for generating the cumulant spectra, raw absorption spectra, spectral densities, and analysis
│ ├── CV
│ └── CVCl
└── TDDFT_calculations # contains input files for TDDFT calculations and example calculations
├── Example_CV
└── Example_CVCl