1a. Edición: Taller de Filoinformática - UNLP, 2-6 Julio 2018, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata, Argentina, gracias al apoyo recibido por la Red Temática Agromicrobios del Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo - CYTED, la Facultad de Ciencias Exactas - UNLP y el CONICET.
Hola, me llamo Pablo Vinuesa. Soy investigador titular del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM.
Mis líneas de investigación integran la genómica y la bioinformática con la biologáa y genética molecular para entender la evolución y emergencia de patógenos oportunistas a partir de microbios ambientales.
A través de estas páginas se distribuyen los apuntes, ejercicios y datos que se usarán en el Taller. Es una recopilació de material desarrollado por Pablo Vinuesa, instructor del Taller, para diversos cursos y talleres que ha impartido principalmente en la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM.
Este material docente del curso intro2phyloinfo lo distribuyo públicamente a través de este repositorio GitHub bajo la Licencia No Comercial Creative Commons 4.0
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0
Si tienes instalado git en tu computadora, puedes clonar el repositorio con el comando:
git clone https://github.com/vinuesa/intro2phyloinfo.git
En ubuntu es muy fácil instalar git:
sudo apt install git
Las clases se imparten en el salón de cómputo del Instituto de Biotecnología de 9 a 18 hrs. Algunas sesines teóricas esperamos poder impartirlas en el auditorio.
Cada tema tiene un bloque de teoría y una o más sesiones prácticas asociadas. Se explicarán los principios básicos de búsqueda de homólogos en bases de datos, alineamientos múltiples, e inferencia filogenética, para culminar con el análisis pangenómico y filogenómico de genomas microbianos.
- Introducción a Linux (teoría y práctica)
- Conceptos básicos de biología evolutiva y filogenética
- Búsqueda de homólogos usando BLAST desde la línea de comandos (prácticas)
- Alineamientos múltiples (prácticas)
- Introducción a los métodos filogenéticos, árboles de genes y de árboles de especies
- Modelos de sustitución y máxima verosimilitud (teoría)
- Ajuste de modelos e inferencia de filogenias de máxima verosimilitud (prácticas)
- Delimitación de especies bacterianas usando métodos evolutivos y datos multilocus
- Inferencia bayesiana de filogenias (teoría y práctica)
- Pangenómica y evolución microbiana (Seminario de investigación)
- Cómputo de familias de genes homólogos con datos genómicos (teoría)
- Análisis pangenómico usando GET_HOMOLOGUES (prácticas)
- Estrategias para la estima de filogenias genómicas (teoría)
- Estima de filogenias genómicas con GET_PHYLOMARKERS (prácticas)
- GET_HOMOLOGUES
- GET_PHYLOMARKERS
- Seaview (visor-editor de alineamientos y más)
- jModelTest2
- FigTree (para visualizar y editar árboles)
- MrBayes
El trabajo en genómica se realiza en servidores UNIX o GNU/Linux de alto rendimiento. Es por ello esencial familiarizarse con este ambiente de cómputo al inicio de la formación académica. En consecuencia:
- todas las prácticas asociadas a este Taller se realizan en máquinas GNU/Linux
- iniciamos el Taller aprendiendo un poco de Linux.
Práctica 2. Descarga de secuencias en formato FASTA de GenBank usando el sistema ENTREZ y parseo de los archivos usando herrramientas de filtrado
- presentación - pdf
- práctica1 - comandos
- práctica1 - 16S_4blastN.tgz
- práctica1 - gene_discovery_and_annotation_using_blastx.tgz
Tema 4: Introducción a los métodos filogenéticos y modelado paramétrico de evolución de secuencias nucleotídicas: teoría y práctica
Tema 6: Introducción a la pangenómica microbiana con GET_HOMOLOGUES - teoría y práctica
- presentación - pdf
- práctica1 - tgz
- tutorial - GET_HOMOLOGUES/GET_PHYLOMARKERS - docker
- start_docker - script