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GenIce generates a large crystal structure of ice through seven stages from the structural information of the unit cell. After processing, each stage calls the Hook function defined in the Format plug-in, which creates the output data.
If the Hook function is not defined, no unnecessary processing is done. For example, if the specified Format plug-in defines only Hook 1 (Treatment based only on the centroid position of water molecules), Stage 2 or later will not run.
The diagram below shows the general process flow. The solid line represents the flow of data, and the dashed line represents the flow of associated parameters and the flow of programs. It also shows which processes each option affects.
The diagram below shows the general process flow. The solid line represents the flow of data, and the dashed line represents the flow of associated parameters and the flow of programs. analice reads and processes multiple files and outputs multiple files.
In analice, some of the seven stages are only called if necessary. If the imported coordinate file contains up to the coordinates of individual atoms, stages 2, 3, and 5 are not executed, but if it contains only the center of gravity (or oxygen position only), these stages determine the molecular orientation. The Hook is performed regardless of whether processing is performed for each stage.
GenIceは、単位胞の構造情報から、7つのステージをへて氷の大きな結晶構造を生成します。各ステージでは、処理のあとにFormatプラグイン内で定義されたHook関数が呼びだされ、この関数が出力データを作りだします。
Hook関数が定義されていない場合には、不必要な処理は行われません。例えば、指定したFormatプラグインがHook 1 (水分子の重心位置だけに基いた処理)だけを定義している場合には、Stage 2以降は実行されません。
下の図にはおおまかな処理の流れが描かれています。実線がデータの流れ、破線は付帯するパラメータの流れやプログラムの流れを表しています。また、各オプションがどのプロセスに作用するかを示してあります。
下の図にはおおまかな処理の流れが描かれています。実線がデータの流れ、破線は付帯するパラメータの流れやプログラムの流れを表しています。analiceは複数のファイルを読みこんで処理を行い、複数のファイルを出力します。
analiceでは、7つのステージのうちいくつかは必要な場合のみ呼びだされます。読み込んだ座標ファイルが、個々の原子の座標まで含んでいる場合には、ステージ2、3、5は実行されませんが、重心位置のみ(あるいは酸素位置のみ)を含んでいる場合にはこれらのステージにより分子配向が決定されます。各ステージの処理が実行されるかどうかにかかわらず、Hookは実行されます。