Запуск

Как запускать:

go build -o lab1 *.go
./lab1 [--gap <gap_value>] [--mode {simple|dnafull|blosum62}] [--out <output_file] <input_file_1> [<input_file_2>]

input_file_2 может быть опущен - в этом случае обе последовательности должны находиться в первом файле.

Параметр mode может иметь значение simple, dnafull либо blosum62, где simple - режим работы со скоринговыми параметрами "совпадение +1, различие -1", оставшиеся режимы соответствуют одноименным скоринговым таблицам. Таблицы были сгенерированы посредством скрипта gen_table/gen_blosum.go.

Тесты

Тесты находятся в файле engine_test.

Запуск:

go test .

Рассматриваются различные размеры последовательностей РНК и белков, проверяется правильность постройки глобального выравнивания и скора.

Предыдущий прогресс

Ранее разрабатывал в репозитории https://github.com/AleksMa/BioInformatics/tree/master/Lab1
Из-за проблем со сборкой переместился в текущий репозиторий.