bayes-mapper

ML系統樹にベイズの事後確率をマップします。

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    • Singularityを使わない場合
  • Usage
    • Singularityの場合
    • それ以外
    • 使い方

Installation

Singularityを使う場合

scripts/build-singularity.sh を実行すると package/ の中にコンテナ（bayes-mapper.sif）が生成されます。

Singularityを使わない場合

要求：Python3.11

最初に scripts/init.sh を実行し，仮想環境の設定を行います。 その後に scripts/bayes-mapper.sh を編集します。 5行目の cd "bayes-mapper.pyのあるディレクトリ" の部分を適宜変更して下さい。 そして bayes-mapper.sh をパスの通った場所に配置すれば完成です。

Usage

Singularityの場合

singularity run bayes-mapper.sif 引数

それ以外

bayes-mapper.sh 引数

使い方

ヘルプの表示

bayes-mapper.sh -h

バージョンの表示

bayes-mapper.sh -v

基本形

bayes-mapper.sh -m <MLツリーのファイル> -b <ベイズのツリーファイル> -o <出力ツリーファイル>

BP値やPP値でフィルタリングする場合
指定した値に満たない場合はサポート値が表示されません。

bayes-mapper.sh -m <MLツリーのファイル> -b <ベイズのツリーファイル> -o <出力ツリーファイル> --min-bp <BP (0-100)> --min-pp <PP (0-1)>