Repository navigation

Release list

MemOmics-Agent v2026-10-27 Latest

Latest

GGbond-bo released this 27 Oct 12:00

v2026-10-27

450cdf5

MemOmics-Agent v2026-10-27

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

下载：Releases 页面 · 首次安装下全量包，已有安装升级下 MemOmics-update.zip

本版更新

知识库：存进去就能看见

修好了「一键提取成功、浏览页却找不到」的问题：全新安装的包里知识库目录是空的，以前提取的条目会落到另一个位置；现在统一写进知识库该在的地方，浏览页、图谱、搜索立刻能看到
升级后首次启动会自动把历史上放错位置的条目搬回知识库（只搬知识条目，技能文件一律不动，不删除任何东西）
知识库覆盖率不再把已有条目算成 0：以前只看一级目录，放在分类子目录里的条目被漏数；现在会完整统计

回答不再"提前结束"

以前只要模型这一轮不再输出字，界面就显示"已结束"——哪怕它只给了一句阶段小结，或者把内容都写进了思考过程
现在收尾前会先判断有没有真正交付最终结论：正文为空、只有阶段小结、或做了活却没给结论时，会自动补写一轮（只写结论、不再调工具），补完才收尾
你明确要求"简短回答 / 只回几个字"时不受影响，不会多补一轮
同时要求模型：思考内容不等于交付，最终结论必须写在正文里；不是"只看这一条就懂"的答案就不许停

其它

版本标识与文档日期同步更新为 v2026-10-27
更新包内「更新说明」增加了本版更新摘要

安装 / 更新

Windows：解压 MemOmics-Windows.zip → 双击 启动.bat（随包 Python 环境，无需另装）
macOS：解压 MemOmics-macOS-arm64.tar.gz（Intel 机用 x86_64）→ ./start.sh
Linux / 集群：本次不随版更新（仍使用 v2026-10-25 的全量包）；已安装的实例可以用 MemOmics-update.zip 里的 update_macos_linux.sh 更新代码
升级已有安装：WebUI 左下角「检查更新」一键更新（推荐）；或把 MemOmics-update.zip 解压到安装目录的上一级，用包内 update_windows.bat / update_macos_linux.sh 更新（自动定位安装目录，只覆盖代码）
更新前建议先关掉正在运行的 MemOmics，更新完重启

校验（SHA256）

资产	体积	SHA256
MemOmics-Windows.zip	701.9 MB	`42d6d38ebb8d30f67efe8800c3a0ce77e188a2321bbe4e8d9e73d87e3ec62964`
MemOmics-macOS-arm64.tar.gz	423.3 MB	`dcb33891e24a2000ebe08b251daa2166ec0565dd5b29fb1eb66f89cf4db841ff`
MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz	433.3 MB	`10964d4058cc58f0ef44f7fe8fafc8cc9f9690ee055a5a08506ab3ca84245f74`
MemOmics-update.zip	157.4 MB	`a779c4d09cef2bb8949717e4f39bea98508bcb75419114a9295bafdab7366513`

Windows 校验：Get-FileHash <文件> -Algorithm SHA256；macOS/Linux：shasum -a 256 <文件>。

Assets 6

MemOmics-Agent v2026-10-25

GGbond-bo released this 24 Oct 20:17

v2026-10-25

94fbe83

MemOmics-Agent v2026-10-25

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

下载：Releases 页面 · 首次安装下全量包，已有安装升级下 MemOmics-update.zip

本版更新

首次打开更干净：欢迎界面只出现一次

安装后第一次打开会出现一句欢迎 +「开始使用」，之后不再出现
不再弹填 API Key 的引导流程——要配 Key 就去「⚙️ 设置」里填，不打扰
还没配 Key 就发消息时，给的是能看懂的中文提示，不再是原始英文报错
修好了切换模型或刷新页面时整页闪一下的问题

上下文窗口不再被"砸小"：该 1M 的就是 1M

修好了「拉取模型后上下文全显示 128K」的问题：以前走网关（如 DCS Cloud）时，模型厂商认不出来 → 查询落在错误的命名空间 → 退回保守的 128K
现在按权威来源解析：DeepSeek 系 / GLM-5.2 / Kimi K3 / MiniMax M3 等在该网关下实测显示为 1M 级（1,000,000～1,048,576）
「📐 上下文窗口」面板仍可手动钉住窗口（留空 = 恢复自动探测）

读文献不再被拉去"辩论"

「读一篇文献、找结论」这类阅读/总结任务不再触发多角色辩论 —— 以前论文正文里的 "unexpected / 矛盾 / inconsistent" 会被误判成"结果与预期不符"，从而拉一场辩论
顺带收紧了提醒：文献/阅读/摘要类步骤不再弹"必须辩论"提示；真正的分析结论仍按原规则走证据链辩论

回答分层更准，标识更干净

阶段小结不再被误标成"最终结论"：整轮只有阶段小结、没有实质结论时，就如实按阶段小结处理（不再硬挑一条）
去掉了「✅ 最终结论」显式标签 —— 最终结论正常展示即可；阶段小结与结论的区分由后端完成（小结进折叠层、结论在正文）
「提醒小结」这类内部提示不再出现在输出栏（后端照常提示模型把小结写进正文）
去掉了「⚠️ 同一工具超过 3 分钟 — 可能卡住」那句：辩论、长脚本本来就超过 3 分钟，属实报噪音（"已 N 秒无新输出"保留）
关闭了「说而不做」自动唤醒：以前只是叙述"接下来我会…"就会被判成"承诺未执行"并强制多跑一轮，误触多、添乱

界面细节

右侧栏默认就是最小宽度（340px），要宽就往左拖，拖动宽度保留；刷新回到默认

安装 / 更新

Windows：解压 MemOmics-Windows.zip → 双击 启动.bat（随包 Python 环境，无需另装）
macOS：解压 MemOmics-macOS-arm64.tar.gz（Intel 机用 x86_64）→ ./start.sh
Linux / 集群：解压 MemOmics-Linux.tar.gz / MemOmics-Cluster.tar.gz → bash start.sh
升级已有安装：WebUI 左下角「检查更新」一键更新（推荐）；或把 MemOmics-update.zip 解压到安装目录的上一级，用包内 update_windows.bat / update_macos_linux.sh 更新（自动定位安装目录，只覆盖代码）
更新前建议先关掉正在运行的 MemOmics，更新完重启

校验（SHA256）

资产	体积	SHA256
MemOmics-Windows.zip	702.7 MB	`f7cfa20c794c18d609e44e0c65ee904dda7f01bba6de6f85bfea6ee66205e8ed`
MemOmics-Linux.tar.gz	487.6 MB	`265178dc04e7109c8bd69fa80ad136b196c2f3b090f65ed35738e373498314f8`
MemOmics-macOS-arm64.tar.gz	423.1 MB	`1ffd9322c0b07efbc21158459937b13938355ae0933b540714e7725956e2eada`
MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz	433.1 MB	`21715989c754a298f60c952739b69f53224e3550c5e693606c191f83dee640f0`
MemOmics-Cluster.tar.gz	487.6 MB	`611db5d920d5ec54c6fbba373fb03747660b95282738c98d559137326d6391fc`
MemOmics-update.zip	157.5 MB	`388979608bfecd34c3ac43e379f276dc59bb81ee9d521e2013e4ad37b41da6ad`

Windows 校验：Get-FileHash <文件> -Algorithm SHA256；macOS/Linux：shasum -a 256 <文件>。

Assets 8

MemOmics-Agent v2026-10-24

GGbond-bo released this 23 Oct 17:05

v2026-10-24

a38f717

MemOmics-Agent v2026-10-24

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

下载：Releases 页面 · 首次安装下全量包，已有安装升级下 MemOmics-update.zip

本版更新

读图更聪明了：能用模型自己的视觉就用，不能就本地 OCR

让 Agent 看图（图片内容、图表数据、色块与文字）时，会先看当前会话用的模型有没有视觉能力：能看就用模型自己读图，不能再自动走本地 OCR
需要严格核验（或刻意想省额度）时可以强制走本地 OCR；想强制用模型也可以
实测 DeepSeek / Kimi / MiniMax 等模型都能正确读出图中颜色与文字

循环检测不再"误伤"：监控、轮询、批处理这类重复执行不算卡死

之前 Agent 连续做相似操作 4 次就会被判"循环"并打断——有意的重复（盯着任务跑、轮询进度、批量迭代）现在不再误报
判定改为看"尾部连续段"，监控类命令阈值放宽到 6 次，防抖从 90 秒延到 5 分钟
文案也从「强制干预」改为「提示」：只提醒，不替你做决定，你判断要不要继续

修了两个会打乱节奏的小毛病

切换界面语言时，已经答过的问题表单会"诈尸"重新弹出 —— 已修
一说「精读」就变成中英文对照翻译 —— 口径已修订：裸「精读/解读」现在默认是要解读（给结论、要点、局限），只有在明确说「全文对照/翻译/读全文/复现」时才走逐句翻译

界面细节

侧栏「分析结果」提醒改成纯小红点（不再显示数字，数量放进悬停提示）
「🆕 最新文件」标签长按 1 秒可清空当前会话所有"最新"标记（短按仍是只看最新）
任务面板、集群与云面板的多语言与交互细节补齐

待办更贴真实工作

待办清单不再套用固定的通用流程，而是按你这次实际选用的分析模块生成
任务交付完成即自动清理；带着「接着/下一步/继续」意向的不会被清
单条待办可以点掉/恢复

更新机制（重要）

更新包只覆盖代码与技能，绝不覆盖你的私有数据：各家 API 配置与 Key、记忆、会话、知识库、导入的文献、分析结果、云与集群配置全部原样保留
修好了「更新后版本号没变」的故障（此前更新包会被放到安装目录下多余的子目录里）；更新完成页现在会显示覆盖结果，版本没对上会直接告警

安装 / 更新

Windows：解压 MemOmics-Windows.zip → 双击 启动.bat（随包 Python 环境，无需另装）
macOS：解压 MemOmics-macOS-arm64.tar.gz（Intel 机用 x86_64）→ ./start.sh
Linux / 集群：解压 MemOmics-Linux.tar.gz / MemOmics-Cluster.tar.gz → bash start.sh
升级已有安装：WebUI 左下角「检查更新」一键更新（推荐）；或把 MemOmics-update.zip 解压到安装目录的上一级，用包内 update_windows.bat / update_macos_linux.sh 更新（自动定位安装目录，只覆盖代码）

校验（SHA256）

资产	体积	SHA256
MemOmics-Windows.zip	699.6 MB	`5bc772026c6d6d7e9c8657434de4a0cb1e81615a5c84baf11dc8644d2bd823e7`
MemOmics-macOS-arm64.tar.gz	423 MB	`6ae93986506257e0f5d3a6bf057e72ef1b4d2bf2ca99e56fc5c856119ef2bc38`
MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz	433.1 MB	`b28cc65a48a21d0cd2cf464284ba0eac9df4f84567eb83dc20686154380b3a8d`
MemOmics-update.zip	157 MB	`5aa891b1a5de918a9afaf35d58933a75a1686378ff005c963cd36fa8c8e50c6d`

Linux / Cluster 平台包沿用 v2026-10-14 的资产。
Windows 校验：Get-FileHash <文件> -Algorithm SHA256；macOS/Linux：shasum -a 256 <文件>。

Assets 2

MemOmics-Agent v2026-10-23

GGbond-bo released this 23 Oct 02:48

v2026-10-23

476bdf0

MemOmics-Agent v2026-10-23

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

下载：Releases 页面 · 首次安装下全量包，已有安装升级下 MemOmics-update.zip

本版更新

模型管理更好用了：只显示能用的模型，换 API 提供商不用重填 Key

自动挑出可用的模型：拉取模型后会自动逐个实测一次，不能用的自动隐藏——会话下拉、设置页、快速切换三处看到的是同一份"真能用"的清单
上游恢复会自动回来：被判失败的模型会被记住并在下次打开设置时自动复查，厂商那边恢复可用，它就会重新出现在清单里
Key 绑定在每家提供商上：已经填过 Key 的提供商，想刷新模型列表就直接点按钮，不用再输入一次 Key
修复 Kimi 编程套餐的 4 个模型被误判"不可用"（此前会把可用模型标成不可用）
修复切换模型时提示"未配置 API Key"（部分网关的模型切换失效）

界面更清爽

侧栏去掉「文件浏览」入口（文件与图片仍在「分析结果」里看）
「片头设置」从侧栏移进「设置」面板
API 提供商弹窗按钮更紧凑

一键更新修复（如果你更新后版本号没变，请看这条）

修好了「点更新 → 提示更新成功 → 版本号还是旧的」这个故障：此前更新包会被覆盖到安装目录下的一个多余子目录里，安装本身没变
更新完成后若版本号没对上，界面会直接告诉你（而不是显示成功），并给出安装目录位置
已经遇到过这个故障的旧安装：关闭程序后，把 安装目录\MemOmics\ 里的内容覆盖到安装目录，或直接用包内 update_windows.bat / update_macos_linux.sh 重新更新一次即可

其他（延续已发布的能力）

更新后可一键重启生效（顶部横幅），不必手动关窗口
回答按「一句话结论 → 要点 → 关键过程（可折叠）→ 建议」排版，结果一眼能看到

安装 / 更新

Windows：解压 MemOmics-Windows.zip → 双击 启动.bat（随包 Python 环境，无需另装）
macOS：解压 MemOmics-macOS-arm64.tar.gz（Intel 机用 x86_64）→ ./start.sh
Linux / 集群：解压 MemOmics-Linux.tar.gz / MemOmics-Cluster.tar.gz → bash start.sh
升级已有安装：WebUI 左下角「检查更新」一键更新（推荐），或把 MemOmics-update.zip 解压到安装目录的上一级再用包内更新脚本（自动定位安装目录，只覆盖代码，配置/会话/记忆/分析结果都保留）

校验（SHA256）

资产	体积	SHA256
MemOmics-Windows.zip	699.5 MB	`5bef2080c0a90f2b23767bd82d5fbe72a833b7fe001d5c9f6f8a4f263465c288`
MemOmics-macOS-arm64.tar.gz	423 MB	`79428a1d44a367eafabefc033887d2ac877326b65474c00dcdbc1c4c3dadee0f`
MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz	433 MB	`4dbf7d4ab1ec02aba7e2fca4843c82055448edab07292af408db31c429d01588`
MemOmics-update.zip	156.9 MB	`e16d09e711103cf2ffb5ca02b88649f79fdca146b6d6e1bb9c66ecbdf336c9c5`

Linux / Cluster 平台包沿用 v2026-10-14 的资产。
Windows 校验：Get-FileHash <文件> -Algorithm SHA256；macOS/Linux：shasum -a 256 <文件>。

Assets 6

MemOmics-Agent v2026-10-14

GGbond-bo released this 14 Oct 11:20

v2026-10-14

487aa4d

MemOmics-Agent v2026-10-14

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

本版重点（交互框回答 / 结果栏 / DCS 云 / 文献知识库）

① 交互框的回答终于"一眼看到结果" —— 结论先行，过程可折叠

最终回答按固定结构组织：加粗一句话答案 → 结果要点（表格/列表）→ 关键过程 → 后续建议，不再是"一半过程一半结论"
中间的查证过程自动收进「📋 关键过程」折叠块（短过程默认展开、长过程折成一行），想看细节随时展开
刷新 / 切会话 / 历史回放同样保持这个结构

② 分析结果栏更顺手

长文件名"滑动推门"：按住文件名往左拖，名字区域像推门一样拉开，把被遮挡的完整名字展现出来（小幅拖松手弹回，推过 60% 停住，点别处收回）
点「查看」自动调出三栏阅读视图：右侧文件查看器自动加宽（聊天区保留 ≥380px），关闭查看器自动还原

③ DCS 云面板三个老毛病

点哪个项目就能看哪个项目的数据和任务（以前是跳到当前项目）：面包屑会显示"📦 项目名"范围徽章，✕ 一键退出回默认项目；「设为当前项目」的默认项目始终不变
加载更快：项目/目录/任务缓存放宽到分钟级，悬停菜单时提前预热，基本零等待
深层目录返回不再变空：修复了面包屑丢 /Files 前缀导致返回父目录变空的 bug
离线任务实测踩通：镜像/资源/投递/取消全链路实测通过；报错现在直接显示平台真实原因（如"请选择机型菜单""--image 必填"），不再是泛泛的"任务运行失败"

④ 文献知识入库，自动落到对应物种/课题目录

之前一键提取的知识全部错落到 other/ 目录（标题不含物种就归错），现在入库前用全文摘要的物种/组织识别结果回填，自动落到 Homo_sapiens / Mus_musculus 等正确目录
历史错放条目已一并归位（含跨物种双写、rat 侧等），之前因条目名超长被静默拒收的化合物条目也已补回
在交互框让 Agent 存知识时，同样会明确提示必须给出物种/组织/方向，保证知识库浏览树里找得到

下载

你要做什么	下载哪个
首次安装（Windows）	`MemOmics-Windows.zip` —— 解压后双击 `启动.bat`
首次安装（macOS Apple 芯片）	`MemOmics-macOS-arm64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
首次安装（macOS Intel）	`MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
已在用，升级	`MemOmics-update.zip` —— 关闭程序后解压整体覆盖安装目录（`.venv`、`memomics_home`、`results` 全部保留）

升级后第一次启动会做一次代码自检/缓存重建，可能比平时慢十几秒 —— 启动窗口会显示进度，浏览器会在就绪后自动打开。

SHA256

5327bce54f63f7fd18d71600bd90a1ee2034fd525a3c6c2f842b2491f4bca185  MemOmics-Windows.zip
941791401657445d13d2ace031aba5de8b3d023d36883d6bd31e924043fc6d29  MemOmics-macOS-arm64.tar.gz
0ee1669fc165c6cfadee6cad9c7789cdeee29d634e61c04f4cc060e55e835514  MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz
e1b85d37655b29e8ec61796e2883381a4eca663100c89ac14fd05fcc9bb8e4b1  MemOmics-update.zip

隐私说明

安装包内不含任何开发者个人信息：无本机路径、无用户名、无密钥
你的 API Key / 云平台令牌只保存在本机 memomics_home/，不会上传，接口一律掩码回显
文献库与知识库为空：随包不带论文与知识条目，全部由你自己导入、积累
片头与背景为默认状态（无片头、浅色背景），可在设置中自行调整

系统要求

Windows 10/11 或 macOS（Apple 芯片 / Intel）；内存 ≥16GB（推荐 32GB+）；R ≥4.5 可选（Seurat/ArchR 分析需要）。
Windows 包已内置独立 Python 运行时，macOS 首次启动会自动创建 .venv 并安装依赖。

Assets 6

MemOmics-Agent v2026-10-13

GGbond-bo released this 13 Oct 04:32

v2026-10-13

faad0bc

MemOmics-Agent v2026-10-13

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

⚠️ 同日重建（第四轮，2026-10-13 最终版）

本 tag 的资产在 2026-10-13 当天重建过四轮，当前资产为最终版。前三轮补齐了内置技能与脱敏
（34 个产品技能按最新版随包、24 个个人技能永久排除、出厂 15 类敏感标识全包 0 命中）；
第四轮新增：更新后一键/自动重启 —— 终于不用再"关窗口手动重启"了：

更新完成后自动重启：更新成功弹窗出现「♻️ 立即重启并生效」+ 10 秒倒计时自动重启（可取消）；
重启期间显示遮罩并轮询就绪状态，服务回来后页面自动刷新（实测约 7 秒）
顶部「代码已更新待重启」横幅同样带一键重启按钮
忙时保护（用户确认策略）：有分析任务 / 更新任务 / 云平台下载在跑时拒绝重启并列出是哪些任务，
等它们跑完再重启；确要中断才走"强制重启"（二次确认）
启动器（Windows/macOS/Linux/集群）统一变为"监管模式"：服务主动退出后由启动器自动重跑，
不需要关闭窗口；手工 python webui/server.py 启动时不会自退，只给操作指引

当天已下载过的用户请重新下载（版本号相同，WebUI 不会提示更新）；
已在用的用户用新的 MemOmics-update.zip 覆盖安装目录即可。

本版重点（用户实测反馈 + 科研可信度补齐）

① 辩论不再"什么都辩" —— 按问题类型决定辩不辩（这是您上一版的直接反馈）

方案 / 脚本 / 设计、图 / 绘图 / 配色 → 不辩论（辩不出证据，纯耗时）
统计分析 → 只有"结果太离谱 / 与预期不符"才触发；先弹表单问您（哪些数字对不上、流程里哪一环可疑、您期望的方向），最多一场轻量辩论且限时
生信分析 → 有重要参数 + 结论跟实际/预期不一样（数据差异很大） 才开完整辩论
每次判定都会在对话里写明原因（例如"不辩论（图/绘图/配色）：…"），不再是黑盒
会话级预算用完即停（旧版只会"降级续辩"，一场会话能辩几十场）

② 辩论过程 = 找证据链（不是观点对抗）

正反方各自独立取证，每条论点必须给「结论 → 证据节点 → 反证/失效条件 → 缺什么」
证据必须挂锚点与级别：知识库已验知识（L0 无来源 / L1 有来源未验证 / L2 湿实验验证 / L3 临床级）、文献（PMID/DOI）、数据（具体数值与出处）
统计线（方法与过程有没有问题：设计/假设/多重检验/样本量/混杂/效应量）与生信线（步骤与方法有没有错误：上游 QC/比对定量/注释版本/工具参数/可复现性）必须逐条表态
裁判按证据链完整度判分，并明确输出「哪一方断链、断在哪一步、决定项是什么」；无证据的论点会被标成"仅是推理"，不计分

③ 更快、更少"白跑一场"

裁判路由换成快模型（实测最小响应 5.0s → 1.6s）
轻量辩论限时（默认 6 分钟），完整辩论仍保留总预算保护
轻量/完整辩论都给裁判预留时间窗：角色阶段最多消耗「预算 − 150 秒」，跑完立刻把预算还给裁判 —— 修复了"角色把时间用光 → 裁判没跑成 → 只剩引擎兜底结论"的白跑现象

④ 辩论卡片直接显示证据链

卡片正面新增一行：🔗 证据链正：断链（断点：…）· 反：部分 · 决定项：…（红/橙/绿分档）
一眼看出"这场辩论卡在哪、缺什么证据"，不用翻 JSON

⑤ 辩论结论能真正用于后续分析（不再只是"辩论结果"）

重要参数的裁决自动落到会话的 claims/params.json：参数 + 决策 + 裁决 + 置信度 + 证据链决定项 + 待补证据 + 每次变更历史
后续分析按它执行，而不是让模型凭直觉重写参数；结论用结论账本登记（见⑥）

⑥ 科研可信度：可复现 / 可追溯 / 可弃权

结论账本：每条结论登记为一条 claim（一句话断言 + 证据链 + 分级），证据自动补全（数据指纹、脚本、参数、环境、日志、产物）
结论分级 C0–C4：探索性 → 可复现（同数据重跑一致）→ 跨方法一致（≥2 方法 + 统计门禁）→ 独立数据复现 → 实验验证；不达标自动降级并写明原因（只能降不能升，防止"结论虚高"）
过程可追溯自检（PTR）：一条命令给出"数据版本 / 代码 / 参数 / 环境 / 日志"五要件覆盖度，缺哪件给补救建议
成本账本：tokens / 调用次数 / 耗时随结论一起记录
证据不足时正确弃权：登记为"待补证据"，并列出缺什么、补到什么程度算够

同时进包的前几轮修复

DCS 云下载：失败原因直接显示（含平台逐条原因，例如"网页下载仅支持 200MB 以下文件"），并给出可用的替代通道建议；大文件在入队前就提示，不再"提交后才发现失败"
刷新页面：不再产生新的空会话；不再反复弹「填 API Key」向导（已保存的 Key 会被正确识别）
模型展示：拉取/切换模型后，交互框下拉、顶部徽章、已连接模型列表都会同步刷新
任务状态：与后台真实状态对齐（界面说停了就是真停了；仍在跑时"停止"按钮可用），任务结束后结果面板继续补刷，最后落盘的图不会漏

下载

你要做什么	下载哪个
首次安装（Windows）	`MemOmics-Windows.zip` —— 解压后双击 `启动.bat`
首次安装（macOS Apple 芯片）	`MemOmics-macOS-arm64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
首次安装（macOS Intel）	`MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
已在用，升级	`MemOmics-update.zip` —— 关闭程序后解压整体覆盖安装目录（`.venv`、`memomics_home`、`results` 全部保留）

升级后第一次启动会做一次代码自检/缓存重建，可能比平时慢十几秒 —— 启动窗口会显示进度，浏览器会在就绪后自动打开。

SHA256

a228ca6ea19a6dcbed43d7b8914561c49d4a5e8a0a752bbbb3453b74862ff595  MemOmics-Windows.zip
eba7fb967190851eb5e7b568ece2d0f4f3154f661daf7ab6a63d5da8963b13ed  MemOmics-macOS-arm64.tar.gz
80e9c0b8e1a8cc7de1f62a1109bcec7a32645c99debffc5fbd5af35a53a01327  MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz
2250349838d881aca4a98bb26f86fd7dfd4101b8c9a9c3f3c997cd9a2fd4cf8b  MemOmics-update.zip

隐私说明

安装包内不含任何开发者个人信息：无本机路径、无用户名、无密钥
你的 API Key / 云平台令牌只保存在本机 memomics_home/，不会上传，接口一律掩码回显
文献库与知识库为空：随包不带论文与知识条目，全部由你自己导入、积累
片头与背景为默认状态（无片头、浅色背景），可在设置中自行调整

系统要求

Assets 6

MemOmics-Agent v2026-10-12

GGbond-bo released this 12 Oct 09:18

v2026-10-12

698119c

MemOmics-Agent v2026-10-12

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

本版修复（用户实测反馈）

启动更稳：更新后双击启动，浏览器只在 WebUI 真正就绪后才打开（旧版只等端口，会在应用还没启动完时打开，看到报错页）
- 现在等 /api/health 返回就绪标记；若检测到是"更新后旧进程仍在跑"（restart_required），会继续等到新代码接管
- 超时也会打开并提示，不会出现"双击没反应"
小屏自适应：笔记本/小窗口下，左侧功能栏不再把上方的会话列表挤没
- 屏幕高度不足时功能栏自动变紧凑、变两列布局并在内部滚动，会话列表始终保留可读高度
- 修复前（1366×640 实测）：会话区只剩 8px、功能栏溢出侧栏；修复后：会话区 277px、功能栏 2 列完全收进侧栏
顺带修复 macOS/Linux 启动器：同样改为"就绪后再打开浏览器"（无图形环境自动跳过）

下载

你要做什么	下载哪个
首次安装（Windows）	`MemOmics-Windows.zip` —— 解压后双击 `启动.bat`
首次安装（macOS Apple 芯片）	`MemOmics-macOS-arm64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
首次安装（macOS Intel）	`MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
已在用，升级	`MemOmics-update.zip` —— 关闭程序后解压整体覆盖安装目录（`.venv`、`memomics_home`、`results` 全部保留）

升级后第一次启动会做一次代码自检/缓存重建，可能比平时慢十几秒 —— 启动窗口会显示进度，浏览器会在就绪后自动打开。

SHA256

05f39f2e1d0dc9b2f92248a4153e33920829b28e25ec9007562f88f7fc8c9df2  MemOmics-Windows.zip
5d32524b04189323ee7f8c6f61ac2242d7bf2ab946cca5384aac0c345c6f4d84   MemOmics-macOS-arm64.tar.gz
003a053b30950c09799af138e59ed864aafb167c9b2a0acc8ce6570a65d51d01   MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz
c38c816fb2681e1fbfd4bc88a29ae05bf5fbcb9fe1fe0ac4a68fc081c053a9ff   MemOmics-update.zip

隐私说明

安装包内不含任何开发者个人信息：无本机路径、无用户名、无密钥
你的 API Key / 云平台令牌只保存在本机 memomics_home/，不会上传，接口一律掩码回显
文献库与知识库为空：随包不带论文与知识条目，全部由你自己导入、积累
片头与背景为默认状态（无片头、浅色背景），可在设置中自行调整

系统要求

Assets 2

MemOmics-Agent v2026-10-11

GGbond-bo released this 11 Oct 08:37

v2026-10-11

5664c92

MemOmics-Agent v2026-10-11

面向生物信息学的自主科研 Agent：给出数据路径 + 科学问题，自动完成环境校验 → 执行 → 审查 → 出图 → 结论文档。

本版更新（用户实测反馈三项 + 缓存自愈）

凭据全链路脱敏：设置页与所有接口一律只回显 sk-**** 掩码，明文密钥不再出现在任何响应里
云平台绑定三态：点「绑定」后进入“正在绑定中…”，成功/失败都有明确结论；失败会记录原因（令牌已脱敏）
集群免密自动化：自动探测 ~/.ssh/id_*；本机一把都没有时点安装会自动生成 ed25519 密钥对再装，不再报「找不到公钥文件」
升级后面板不再吃旧缓存：前端按构建指纹识别版本变更，自动清理主题/背景/片头等本地缓存（第一版可能需刷新一次）
更新包覆盖更安全：解压前自动核对目标目录名与安装目录是否一致，避免覆盖到错误文件夹

下载

你要做什么	下载哪个
首次安装（Windows）	`MemOmics-Windows.zip` —— 解压后双击 `启动.bat`
首次安装（macOS Apple 芯片）	`MemOmics-macOS-arm64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
首次安装（macOS Intel）	`MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz` —— 解压后 `bash start_macos.sh`
已在用，升级	`MemOmics-update.zip` —— 关闭程序后解压整体覆盖安装目录（`.venv`、`memomics_home`、`results` 全部保留）

Linux / HPC 集群版按需单独发布。

SHA256

8d4e9bf0c7f621eb875899c634e372187c520c1d05b030b2f79a221dddf1074a  MemOmics-Windows.zip
f31e3eaacb54010df2c8f9f0e72122205eec3c94f07b536f79f95d66d1499bc5  MemOmics-macOS-arm64.tar.gz
ebaf2aa9fbd4bbd35807794f74c86354f5704e1907795052bb9e789854d8128a  MemOmics-macOS-x86_64.tar.gz
d13a65c891338ea4a3667585a50cea66fa368a6eaa900de67d178944e66842c3  MemOmics-update.zip

隐私说明

安装包内不含任何开发者个人信息：无本机路径、无用户名、无密钥
你的 API Key / 云平台令牌只保存在本机 memomics_home/，不会上传
文献库与知识库为空：随包不带论文与知识条目，全部由你自己导入、积累
片头与背景为默认状态（无片头、浅色背景），可在设置中自行调整

系统要求

同版本号提醒：本版当天经过一次内部重建（脱敏修复），若你在发布后很短时间内下载过，请以本页 SHA256 为准。

Assets 6

MemOmics-Agent v2026-09-10

GGbond-bo released this 10 Sep 07:07

v2026-09-10

5664c92

MemOmics-Agent v2026-09-10

更新说明（重要）

2026-09-10 第三轮重建（update 包结构修正）：MemOmics-update.zip 的包内根目录改为 MemOmics（= 安装目录名）。此前根目录叫 MemOmics-update，用户"解压覆盖"时会解出另一个文件夹、覆盖不到安装目录。现在解压到安装目录的上一级即可与同名 MemOmics 文件夹合并覆盖（保留 hermes_home/results/.venv）。
2026-09-10 第二轮重建（隐私清洗）：清理了此前随包带出的开发者个人信息——本机路径、Windows 用户名、私有数据目录名、内部流程文档（AGENTS.md/docs/UPDATE_WORKFLOW.md）、文献库索引（references.json）、以及技能 references/ 里的私有研究笔记与 memomics/knowledge_base/（研究知识库）。分发包现在只含产品代码与产品资源。已下载过今天版本的请重新下载。
2026-09-10 紧急修复：Windows 全量包启动崩溃（ModuleNotFoundError: No module named 'starlette'）。随包预装 Python 环境缺 starlette 等 26 个必需依赖——开发机上靠"混入的开发机用户级目录"兜底，用户机器没有该目录即崩。已补齐依赖 + 随包环境禁用 user-site + 启动器自检自愈。已装旧包的用户无需重装：更新后重跑 启动.bat 会自动补装缺失依赖（需联网）。
2026-09-10 修复：首次安装不弹「填 API Key」向导（模板里的占位符 key 被当成真 key，导致设置页显示"已保存"）；桌面图标点不开（启动器脚本缺 UTF-8 BOM，PowerShell 按 GBK 解析中文文件名失败）——均已修复。
2026-09-10 修复：Mermaid 流程图渲染——节点标签里的 <br/> 被归一化逻辑拍平成空格（多行节点挤成超长单行，观感"显示不完全"）；%%{init: ...}%% 指令被正则破坏成非法语法导致偶发 parse error。两处均已修复。
2026-09-10 修复：opencode-go 提供商可用——该网关要求请求头 x-opencode-session，此前未发送导致一律 400；现已自动带上。
2026-09-02 修复：Linux/集群首次安装失败（残缺 .venv 无 pip + PYTHONPATH 污染）；补发 conclusion_store.py（结论记忆 L0/L1/L3）；发布包 VERSION 归一化守卫。
2026-09-01 补：全量 5 平台包重建；update 包补齐三平台启动器；Linux 守护模式 + systemd 模板；记忆文件查看去硬编码路径 + 补回 /api/file/read；集群 module load R 探测。
2026-08-31 补：watchdog 两级耐心、重复回答修复、交互框 90% 居中（详见下方对应章节）。
默认只更新 MemOmics-update.zip（老用户「检查更新」一键应用；解压覆盖代码，保留 hermes_home/results/.venv）。
5 个平台全量包（Windows/Linux/macOS×2/Cluster）只用于新装机；本次 v2026-09-10 全量 5 包同步重建。
版本号 = 当天日期 tag（本次 v2026-09-10），禁止未来日期/旧 tag 覆盖。
发布流程/台账见仓库 docs/UPDATE_WORKFLOW.md 与 hermes_home/AGENTS.md。

自主生物信息学科研 Agent（MemOmics）：以 414 个内置科研技能 + 执行保护（rails）、多级记忆治理、R/Python 持久内核为核心，可直接对单细胞真实数据（RDS / Seurat / Scanpy / h5ad）完成分析、画图与结论产出。

本版本更新（2026-09-10）

🪟 Windows 全量包启动崩溃修复（随包 python 缺 26 个依赖）

根因：Windows 包内置的预装 Python 环境（python\）缺失 37 个包——starlette（fastapi 必需运行时依赖）、pydantic/pydantic_core、websockets、pandas、pillow、opencv-python-headless、rapidocr-onnxruntime 等。开发机上不报错，是因为该环境的 sys.path 里混入了开发机用户级目录（%USERPROFILE%\<用户名>\<用户名>\AppData\Roaming\Python\Python312\site-packages）且排序在前，把缺包全部兜住了；用户机器没有这个目录 → 一启动就 ModuleNotFoundError: No module named 'starlette'。
修复四件套：① 打包环境补齐 26 个依赖（含 starlette/websockets/pandas/OCR 栈，包体积 +93MB）；② 随包 python 设 PYTHONNOUSERSITE=1，环境彻底自给自足，也不再被用户本机同名旧版本遮蔽；③ 启动器新增核心依赖自检 + 自动补装（缺则联网补装，失败给出可操作指引而非裸 traceback）；④ requirements.txt 显式声明 starlette——pip 不会补装"已装包的缺失依赖"，这正是本次漏网的原因。
老用户无需重装：本版启动器会自动检测并补装缺失依赖；Windows 用户拿到新版 启动.bat（update 包根目录）后联网重跑即可；也可直接下载新的 MemOmics-Windows.zip。
验证：全新解包 + 禁用 user-site 实际启动 → health: ok、/api/sessions 200；自救路径实测（删除 starlette 及其 dist-info）→ 启动器自动补回、核心栈导入恢复。

🎨 Mermaid 流程图渲染修复

节点多行标签被拍平：渲染归一化把标签里的 <br/> 全部替换成空格，模型设计的多行节点（如 S1 获取数据<br/>两物种 ATAC + 年龄表）被压成超长单行 → 窄节点内文字挤压，观感"显示不完全"。mermaid v11 原生支持多行标签，已移除该替换（实测带 <br/> 版本节点 256px 紧凑排版）。
%%{init: ...}%% 指令被破坏：该指令含 {}，被"菱形标签加引号"正则改成非法语法 → mermaid parse error（流程图偶发渲染失败的一类源头）。现改为归一化前占位抽出、完成后原样还原。

本版本更新（2026-09-02）

🚨 Linux/集群首次安装失败修复（残缺 .venv 自愈 + PYTHONPATH 隔离）

根因：集群用户全局 PYTHONPATH（module load/多环境常设）污染 python -m venv 的 ensurepip → 产出无 pip 的残缺 .venv → 依赖装不上 → fastapi 缺失起不来（.venv/bin/python: No module named pip）；旧启动器只查「python 存在」从不查 pip、也不重建，且 2>/dev/null 吞掉报错。
三平台启动器统一加固：① venv 创建/修复/依赖/OCR 安装全程 env -u PYTHONPATH 隔离；② 新增残缺 .venv 自愈——pip 缺失先 ensurepip --upgrade，失败重建（旧目录保留 .venv.broken），再不行回退 base python；③ exec 前 fastapi 终检，失败给出可操作指引而非裸 traceback。
真实集群场景 WSL 全流程验证通过：新解包 + 手工制造无 pip .venv + 污染 PYTHONPATH → 自愈 → 装依赖 → 启动 → health 200。
已装坏 v2026-09-01 的用户无需重装——更新到本版后启动器自动修复。

📦 打包补漏（conclusion_store.py + VERSION 守卫）

conclusion_store.py 补发（批P1）：8-31 新增的结论记忆模块（L0 结论注册表 / L1 记忆预算 / L3 归档）此前漏进发布包 → 发布版记忆沉淀每次走 try/except 静默失效（观感「经常忘记」）；全平台包 + update 包统一补发，记忆跨会话复述实测生效。
VERSION 归一化守卫（批P2）：打包时包内 VERSION 强制写入 v<真实当天日期>，从根上杜绝开发版 vdev-* 漏发（vdev 会让 WebUI 更新检查视为「永远最新」，老用户收不到更新）。
全量 6 件套重建：Windows.zip / Linux.tar.gz / macOS-arm64+x86_64 / Cluster.tar.gz / update.zip，凭据守卫全部通过。

本版本更新（2026-09-01）

🚀 全量包补齐 + 服务器常驻（三平台启动器 U3）

全量 5 平台包全部重建至 v2026-09-01 代码：补齐 8/31 15:32 之后的全部提交（90% 居中微调、唤醒修复 ×2、watchdog 两级耐心、mermaid 通配符渲染修复）+ 9/1 U3 批。
Linux/macOS 启动器随 update 分发：update 包根目录含 start_linux.sh / start_macos.sh（与 启动.bat 并存互不覆盖），Linux/macOS 老用户 update 后 mv start_linux.sh start.sh 启用新版。
Linux 守护模式：./start.sh 8899 --daemon — nohup 后台常驻（日志 log/webui.log、PID log/webui.pid）；./start.sh --stop 停止。登录节点/服务器不再「刷着就没了」。
systemd 常驻模板：launchers/memomics.service 随 Linux/Cluster/update 包分发，崩溃自动重启（Restart=always），安装步骤见模板注释。
集群 R 兼容：start_linux.sh 与 validate_env.py 自动尝试 module load R（Lmod/Environment Modules）探测 Rscript 并导出，找不到不阻塞启动。

🔧 记忆查看跨平台修复（本机路径硬编码根除）

修复硬编码本机路径：记忆文件查看此前拼接死路径 E:/MemOmics-Agent/hermes_home/memories/...（同事机器/服务器上必然 404）；改为从 /api/memory 取服务端返回的正确路径（跨平台）+ 失败提示。
补回 /api/file/read 路由：视图函数此前缺路由装饰器（接口不可达）；补回后正常读取，越权文件返回 403（resolve_within_roots 防护）。

本版本更新（2026-08-31）

🎨 Mermaid 渲染修复（2026-08-31）

根因：未加引号的 [label] 内嵌双引号（如形成"山峰"=候选调控区）导致 Mermaid 解析失败。
修复：标签内双引号清洗为单引号并对 []/()/{} 整体加引号；会话历史 mermaid 图经 mermaid.ink 验证 200。

🧠 记忆分层（L0 结论/失败注册表 + L1/L2/L3 索引）

L0 结论注册表：每轮自动沉淀 [结论]/[修复]/[失败]/[决策]，短失败句也记录（做不了/缺依赖/不支持）。
L3 索引：结论带 [id:N]，完整回合归档 turn_archive/*.md，memory_index.json 记录 id→归档；各层可追溯。
规则：已解决错误不重提、已失败尝试不重复重试（除非条件变化）；历史 >60k 折叠 + 最近 8 轮速览 + 待确认问题绑定。

🤖 辩论引擎 v2 + BGI skill + 渲染稳定性（当日补充）

辩论引擎 v2（证据审查器）：7+2 角色提示词加入证据契约（PMID/DOI/数据锚点、P/C/I 等级、无证据标注 [仅是推理]）；裁判 7 维 rubrics + missing 清单 + 高置信禁伴随缺失；新增 evidence_cards 证据卡 + 指纹隔离、judge_count 1-3 多裁判投票、role_preset core7/core9（新增实验设计/可重复性中立评审）；rounds 上限、verdict 枚举、L1 judge_error 等工程加固。
BGI 技能：新增 dnbc4tools-analysis-workflow（MGI dnbc4tools v2.1.3 scRNA/scATAC/scVDJ/multi 完整流程）与 dnbc4tools-index-building（rna mkref=STAR + atac mkref=chromap + mkgtf），均带「触发前澄清厂家/类型/ref.json」门禁。
稳定性：修复 15 分钟 turn 级绝对超时误杀长任务（按用户要求移除）；流式渲染 150ms 节流 + 块级增量渲染（对齐 DSH，未变化块不重建 DOM）防页面颤抖/闪烁；修复“回答上一个问题/重跑已完成结果”（历史 >60K token 早折叠 + 去重 + 产物存在性检查）；mermaid 箭头归一化 + 中文标签加引号 + 双次 initMermaid。

🐍 Python 3.10/3.11 兼容性修复（首次安装 Linux 崩溃）

修复 f-string 同引号嵌套导致 Python 3.10/3.11 启动崩溃：f"...{session["id"]}" 这类同引号嵌套是 Python 3.12（PEP 701）才允许的语法——此前开发/CI 均在 3.12 上验证，未暴露；Linux 用户使用系统 Python 3.10/3.11（如 conda base）首次启动即 SyntaxError。
全量 tokenize 扫描 7,900+ 文件，修复 2 处真实命中（server.py 微信会话日志、cellbender 阶段日志）；三引号与异引号嵌套确认 3.11 合法，未误改。
5 平台完整包 + update 包全部重建：新用户首次安装（任意平台、任意 Python 3.10-3.13）不再触发该语法错误。

⚡ 依赖策略重构：核心先装、分析包按需

核心 Agent 依赖精简：requirements.txt 只含 Agent 运行必需（Web/API/Hermes/PDF/搜索等）——首次安装更快，装完 Agent 立即可用。
分析包按需安装：scanpy/单细胞生态移入 requirements-analysis.txt（版本下限对齐 Python 3.13 wheel 支持）——任务需要时按需安装，不随安装器强装。
缺包策略修订（SOUL 铁律 29）：R/Python 缺包时先检查用户已有环境（conda env / 系统 Python 是否已有该包）→ 用户环境有则复用；没有 → 询问用户是否安装（给出安装命令）→ 同意才装；用户拒绝/装失败（如当前 Python 无可用 wheel）→ 明确告知影响，不无限重试。
适配 Python 3.10-3.13 全版本。

🌍 环境管理增强（探测记住 + 项目内装包）

conda 环境清单自动探测并记住：启动时探测系统 conda 环境（名称/路径/Python），写回 environment.json paths.conda_envs——Agent 跑分析前直接读清单复用现成环境，不再每次重复探测。
R 包统一装项目内 R_libs/ 目录（start.sh 自动创建并导出 R_LIBS）：不污染系统库/用户库；持久内核自动包含该库路径。
缺包安装位置强制管控：Python 包装项目 .venv（禁止 --user/系统）；R 包装项目 R_libs（禁止系统库）；先查已有环境 → 用户同意才装 → 失败不无限重试。
无系统 Python 兜底真机验证：全新服务器（无任何 Python）→ 随包 Miniconda 自动静默安装（项目内 miniconda_env/）→ 建 venv → 核心依赖 → Agent 启动，全程约 40 秒（CI 实测：隐藏系统 python 后完整链路通过）。

🔧 会话稳定性修复（唤醒/重复输出专项）

修复 ask_user 否定回答复活已完成任务：模型问「还要继续吗？」→ 用户答「不用了/不需要/算了」→ 此前会被当作新任务信号复活已完成任务（task_state 重置 pending+armed），唤醒链恢复 → 模型被反复叫醒重复输出同一回答。现在否定/结束回答保持任务退役（休息），只有明确「继续/新任务」才恢复。
唤醒注入最后防线：task_plan 已标整体完成（全部完成/无长任务/任务结束/No active task 等）→ 即使状态文件被误重置也不注入唤醒。Phase 级「已完成」/「Status: complete」不误判整体完成。
无 task_plan 会话停止唤醒空转：任务完成归档后不再「检查主线任务进度」空转（看门狗误中断根除）。
刷新后系统注入消息刷屏修复：会话要求/历史记忆/会话锚点/系统唤醒等脚手架消息不再在刷新后展示（服务端 + 前端双重前缀过滤）。
意图误判修复：「我先跟你介绍一下我的进度…」不再被当成「让系统自我介绍」——正经分析问题不再被自我介绍模板顶掉（14 边界用例全过）。
极端回归矩阵上线：61 个专项用例（完成文本检测 21 例 / 否定词判定 23 例 / RunGate 状态机 12 例 / 完整生命周期 5 例），唤醒与重复问题纳入持续回归；GitHub Actions 真机极端测试 184 用例全过。
开发版（vdev）检查更新显示优化：明确展示本地开发版与 GitHub 发布版差异 + Release 链接（开发仓库不提供一键覆盖，保护开发代码）。

⭐ 自定义提供商（OpenAI 兼容）

设置页新增「自定义提供商」：输入 URL（支持完整 /chat/completions 端点自动规整）+ API Key → 「🔍 发现模型」自动加载该端点全部模型 → 添加后即可下拉切换/设默认。
任意 OpenAI 兼容端点可用（vLLM / OneAPI / 硅基流动 / 本地推理等）；定义持久化、key 脱敏展示、一键删除、同步 Hermes 底座。

本版本更新（2026-08-26）

🐧 Linux 端稳定性修复（GitHub Actions 真机 E2E 验证闭环）

修复「检查更新」在 Linux 上报错：/api/update/check 的 urllib opener 嵌套崩溃（无代理环境降级直连时必现）——现在 Linux 上「🔄 检查更新」完整可用（版本比对、更新包识别、状态判断均正常）。
修复折叠 checkpoint 丢读取配方：数据读取配方注入不再依赖 state.db 存在——Linux 新装/无库环境下折叠后「怎么读文件」依然保留，不重新摸索。
修复首启环境探测误报 FATAL：cellbender 等 Windows/GPU 专属工具在 Linux/打包模板下缺失不再判 CRITICAL——首启日志不再误报「Critical tools missing」。
requirements.txt 编码 UTF-8 化：此前 GBK 中文注释导致 Linux 上 pip install -r requirements.txt 直接崩溃（UnicodeDecodeError）——新装 Linux 依赖安装恢复正常。

🧪 测试与 CI 体系（云 runner 全链路）

GitHub Actions 极端测试矩阵上线：真实 Ubuntu 上解压发行包 → 全链路冒烟 → 多意图多场景极端测试 184 用例（grill 触发矩阵 / wake 状态机与预算 / 执行策略极端套件 / 路径记忆矩阵 / 会话隔离 / PRISMA / 资产清单 / 持久内核复用）。
全量离线测试套件平台标记化：Windows 专属语义（沙箱/路径）与 LLM 依赖用例在 Linux 上显式跳过，不再误报。
修复 rollup checkpoint 测试断言（消息长度触发折叠保护）。

本版本更新（2026-08-25）

📚 文献分析升级：系统综述（PRISMA）+ 证据表 + 文献库审阅

Mode C 系统综述（PRISMA 协议化流程）：检索 → 筛选 → 偏倚评估 → 综合全程可追踪，流程计数与触发场景完善。
证据表 + 文献库审阅模式：自动生成证据表；100+ 篇文献批量导入支持续传（中断不重来）。

📦 输出资产清单

任务输入 → 输出资产映射（inputs/outputs/scripts/figures）落盘 assets.json；交付报告只列本次新产物（历史汇总为计数），输出放置规则内置。

🔒 会话隔离（DSH 模型迁移）

每会话独立 kernel 池：并发会话各用各的 R/Python worker，不再互相逐出（消除"kernel 失忆"的多会话版本）。

🤔 澄清优先 + 执行策略

意图不明时先问再做（grill 澄清优先，不猜意图）；链路审计修复 phantom task_plan 单次注入。
执行策略迁移：用户优先回合、中断处理、动作由 LLM 决策；任务目标持久化 + 轮次预算硬上限。

🧠 记忆治理

输出位置指令记得住；路径类默认记住；数据读取配方跨 rollup/wake 保留——长会话不再忘记文件怎么读的。
kerne...

Assets 8

MemOmics-Agent v2026-09-02

GGbond-bo released this 02 Sep 12:13

v2026-09-02

d1e3809

MemOmics-Agent v2026-09-02

更新说明（重要）

2026-09-02 紧急修复：v2026-09-01 的 Linux/Cluster 全量包首次安装失败（.venv 无 pip → 依赖装不上 → fastapi 缺失起不来；根因=集群全局 PYTHONPATH 污染 venv 创建的 ensurepip）。已装 v2026-09-01 的用户请通过「🔄 检查更新」升级到 v2026-09-02（新启动器会自动修复残缺 .venv，无需重装）。
2026-09-02 补：三平台启动器加固——venv 创建/依赖安装全程 env -u PYTHONPATH 隔离；残缺 .venv 自愈（pip 缺失→ensurepip→重建 .venv.broken→回退 base）；exec 前 fastapi 终检给出可操作指引。
2026-09-02 补：conclusion_store.py（8-31 新增的结论记忆 L0/L1/L3 模块）此前漏进发布包导致记忆沉淀静默失效，现已补发全平台包 + update 包，记忆跨会话复述实测生效。
2026-09-02 补：发布包 VERSION 归一化守卫（打包时强制 v<当天>），杜绝开发版 vdev-* 漏发导致老用户永远收不到更新。
2026-09-01 补：v2026-09-01 全量 5 平台包 + update 包全部重建——update 包补齐三平台启动器（启动.bat/start_linux.sh/start_macos.sh）；Linux 守护模式 ./start.sh --daemon + systemd 模板；记忆文件查看去硬编码路径 + 补回 /api/file/read；集群 module load R 探测。
2026-08-31 补：watchdog 两级耐心、重复回答修复、交互框 90% 居中（详见下方对应章节）。
默认只更新 MemOmics-update.zip（老用户「检查更新」一键应用；解压覆盖代码，保留 hermes_home/results/.venv）。
5 个平台全量包（Windows/Linux/macOS×2/Cluster）只用于新装机；本次 v2026-09-02 全量 5 包同步重建。
版本号 = 当天日期 tag（本次 v2026-09-02），禁止未来日期/旧 tag 覆盖。
发布流程/台账见仓库 docs/UPDATE_WORKFLOW.md 与 hermes_home/AGENTS.md。

本版本更新（2026-09-02）

🚨 Linux/集群首次安装失败修复（残缺 .venv 自愈 + PYTHONPATH 隔离）

根因：集群用户全局 PYTHONPATH（module load/多环境常设）污染 python -m venv 的 ensurepip → 产出无 pip 的残缺 .venv → 依赖装不上 → fastapi 缺失起不来（.venv/bin/python: No module named pip）；旧启动器只查「python 存在」从不查 pip、也不重建，且 2>/dev/null 吞掉报错。
三平台启动器统一加固：① venv 创建/修复/依赖/OCR 安装全程 env -u PYTHONPATH 隔离；② 新增残缺 .venv 自愈——pip 缺失先 ensurepip --upgrade，失败重建（旧目录保留 .venv.broken），再不行回退 base python；③ exec 前 fastapi 终检，失败给出可操作指引而非裸 traceback。
真实集群场景 WSL 全流程验证通过：新解包 + 手工制造无 pip .venv + 污染 PYTHONPATH → 自愈 → 装依赖 → 启动 → health 200。
已装坏 v2026-09-01 的用户无需重装——更新到本版后启动器自动修复。

📦 打包补漏（conclusion_store.py + VERSION 守卫）

conclusion_store.py 补发（批P1）：8-31 新增的结论记忆模块（L0 结论注册表 / L1 记忆预算 / L3 归档）此前漏进发布包 → 发布版记忆沉淀每次走 try/except 静默失效（观感「经常忘记」）；全平台包 + update 包统一补发，记忆跨会话复述实测生效。
VERSION 归一化守卫（批P2）：打包时包内 VERSION 强制写入 v<真实当天日期>，从根上杜绝开发版 vdev-* 漏发（vdev 会让 WebUI 更新检查视为「永远最新」，老用户收不到更新）。
全量 6 件套重建：Windows.zip / Linux.tar.gz / macOS-arm64+x86_64 / Cluster.tar.gz / update.zip，凭据守卫全部通过。

本版本更新（2026-09-01）

🚀 全量包补齐 + 服务器常驻（三平台启动器 U3）

全量 5 平台包全部重建至 v2026-09-01 代码：补齐 8/31 15:32 之后的全部提交（90% 居中微调、唤醒修复 ×2、watchdog 两级耐心、mermaid 通配符渲染修复）+ 9/1 U3 批。
Linux/macOS 启动器随 update 分发：update 包根目录含 start_linux.sh / start_macos.sh（与 启动.bat 并存互不覆盖），Linux/macOS 老用户 update 后 mv start_linux.sh start.sh 启用新版。
Linux 守护模式：./start.sh 8899 --daemon — nohup 后台常驻（日志 log/webui.log、PID log/webui.pid）；./start.sh --stop 停止。登录节点/服务器不再「刷着就没了」。
systemd 常驻模板：launchers/memomics.service 随 Linux/Cluster/update 包分发，崩溃自动重启（Restart=always），安装步骤见模板注释。
集群 R 兼容：start_linux.sh 与 validate_env.py 自动尝试 module load R（Lmod/Environment Modules）探测 Rscript 并导出，找不到不阻塞启动。

🔧 记忆查看跨平台修复（本机路径硬编码根除）

修复硬编码本机路径：记忆文件查看此前拼接死路径 E:/MemOmics-Agent/hermes_home/memories/...（同事机器/服务器上必然 404）；改为从 /api/memory 取服务端返回的正确路径（跨平台）+ 失败提示。
补回 /api/file/read 路由：视图函数此前缺路由装饰器（接口不可达）；补回后正常读取，越权文件返回 403（resolve_within_roots 防护）。

本版本更新（2026-08-31）

🎨 Mermaid 渲染修复（2026-08-31）

根因：未加引号的 [label] 内嵌双引号（如形成"山峰"=候选调控区）导致 Mermaid 解析失败。
修复：标签内双引号清洗为单引号并对 []/()/{} 整体加引号；会话历史 mermaid 图经 mermaid.ink 验证 200。

🧠 记忆分层（L0 结论/失败注册表 + L1/L2/L3 索引）

L0 结论注册表：每轮自动沉淀 [结论]/[修复]/[失败]/[决策]，短失败句也记录（做不了/缺依赖/不支持）。
L3 索引：结论带 [id:N]，完整回合归档 turn_archive/*.md，memory_index.json 记录 id→归档；各层可追溯。
规则：已解决错误不重提、已失败尝试不重复重试（除非条件变化）；历史 >60k 折叠 + 最近 8 轮速览 + 待确认问题绑定。

🤖 辩论引擎 v2 + BGI skill + 渲染稳定性（当日补充）

辩论引擎 v2（证据审查器）：7+2 角色提示词加入证据契约（PMID/DOI/数据锚点、P/C/I 等级、无证据标注 [仅是推理]）；裁判 7 维 rubrics + missing 清单 + 高置信禁伴随缺失；新增 evidence_cards 证据卡 + 指纹隔离、judge_count 1-3 多裁判投票、role_preset core7/core9（新增实验设计/可重复性中立评审）；rounds 上限、verdict 枚举、L1 judge_error 等工程加固。
BGI 技能：新增 dnbc4tools-analysis-workflow（MGI dnbc4tools v2.1.3 scRNA/scATAC/scVDJ/multi 完整流程）与 dnbc4tools-index-building（rna mkref=STAR + atac mkref=chromap + mkgtf），均带「触发前澄清厂家/类型/ref.json」门禁。
稳定性：修复 15 分钟 turn 级绝对超时误杀长任务（按用户要求移除）；流式渲染 150ms 节流 + 块级增量渲染（对齐 DSH，未变化块不重建 DOM）防页面颤抖/闪烁；修复“回答上一个问题/重跑已完成结果”（历史 >60K token 早折叠 + 去重 + 产物存在性检查）；mermaid 箭头归一化 + 中文标签加引号 + 双次 initMermaid。

🐍 Python 3.10/3.11 兼容性修复（首次安装 Linux 崩溃）

修复 f-string 同引号嵌套导致 Python 3.10/3.11 启动崩溃：f"...{session["id"]}" 这类同引号嵌套是 Python 3.12（PEP 701）才允许的语法——此前开发/CI 均在 3.12 上验证，未暴露；Linux 用户使用系统 Python 3.10/3.11（如 conda base）首次启动即 SyntaxError。
全量 tokenize 扫描 7,900+ 文件，修复 2 处真实命中（server.py 微信会话日志、cellbender 阶段日志）；三引号与异引号嵌套确认 3.11 合法，未误改。
5 平台完整包 + update 包全部重建：新用户首次安装（任意平台、任意 Python 3.10-3.13）不再触发该语法错误。

⚡ 依赖策略重构：核心先装、分析包按需

核心 Agent 依赖精简：requirements.txt 只含 Agent 运行必需（Web/API/Hermes/PDF/搜索等）——首次安装更快，装完 Agent 立即可用。
分析包按需安装：scanpy/单细胞生态移入 requirements-analysis.txt（版本下限对齐 Python 3.13 wheel 支持）——任务需要时按需安装，不随安装器强装。
缺包策略修订（SOUL 铁律 29）：R/Python 缺包时先检查用户已有环境（conda env / 系统 Python 是否已有该包）→ 用户环境有则复用；没有 → 询问用户是否安装（给出安装命令）→ 同意才装；用户拒绝/装失败（如当前 Python 无可用 wheel）→ 明确告知影响，不无限重试。
适配 Python 3.10-3.13 全版本。

🌍 环境管理增强（探测记住 + 项目内装包）

conda 环境清单自动探测并记住：启动时探测系统 conda 环境（名称/路径/Python），写回 environment.json paths.conda_envs——Agent 跑分析前直接读清单复用现成环境，不再每次重复探测。
R 包统一装项目内 R_libs/ 目录（start.sh 自动创建并导出 R_LIBS）：不污染系统库/用户库；持久内核自动包含该库路径。
缺包安装位置强制管控：Python 包装项目 .venv（禁止 --user/系统）；R 包装项目 R_libs（禁止系统库）；先查已有环境 → 用户同意才装 → 失败不无限重试。
无系统 Python 兜底真机验证：全新服务器（无任何 Python）→ 随包 Miniconda 自动静默安装（项目内 miniconda_env/）→ 建 venv → 核心依赖 → Agent 启动，全程约 40 秒（CI 实测：隐藏系统 python 后完整链路通过）。

🔧 会话稳定性修复（唤醒/重复输出专项）

修复 ask_user 否定回答复活已完成任务：模型问「还要继续吗？」→ 用户答「不用了/不需要/算了」→ 此前会被当作新任务信号复活已完成任务（task_state 重置 pending+armed），唤醒链恢复 → 模型被反复叫醒重复输出同一回答。现在否定/结束回答保持任务退役（休息），只有明确「继续/新任务」才恢复。
唤醒注入最后防线：task_plan 已标整体完成（全部完成/无长任务/任务结束/No active task 等）→ 即使状态文件被误重置也不注入唤醒。Phase 级「已完成」/「Status: complete」不误判整体完成。
无 task_plan 会话停止唤醒空转：任务完成归档后不再「检查主线任务进度」空转（看门狗误中断根除）。
刷新后系统注入消息刷屏修复：会话要求/历史记忆/会话锚点/系统唤醒等脚手架消息不再在刷新后展示（服务端 + 前端双重前缀过滤）。
意图误判修复：「我先跟你介绍一下我的进度…」不再被当成「让系统自我介绍」——正经分析问题不再被自我介绍模板顶掉（14 边界用例全过）。
极端回归矩阵上线：61 个专项用例（完成文本检测 21 例 / 否定词判定 23 例 / RunGate 状态机 12 例 / 完整生命周期 5 例），唤醒与重复问题纳入持续回归；GitHub Actions 真机极端测试 184 用例全过。
开发版（vdev）检查更新显示优化：明确展示本地开发版与 GitHub 发布版差异 + Release 链接（开发仓库不提供一键覆盖，保护开发代码）。

⭐ 自定义提供商（OpenAI 兼容）

设置页新增「自定义提供商」：输入 URL（支持完整 /chat/completions 端点自动规整）+ API Key → 「🔍 发现模型」自动加载该端点全部模型 → 添加后即可下拉切换/设默认。
任意 OpenAI 兼容端点可用（vLLM / OneAPI / 硅基流动 / 本地推理等）；定义持久化、key 脱敏展示、一键删除、同步 Hermes 底座。

本版本更新（2026-08-26）

🐧 Linux 端稳定性修复（GitHub Actions 真机 E2E 验证闭环）

修复「检查更新」在 Linux 上报错：/api/update/check 的 urllib opener 嵌套崩溃（无代理环境降级直连时必现）——现在 Linux 上「🔄 检查更新」完整可用（版本比对、更新包识别、状态判断均正常）。
修复折叠 checkpoint 丢读取配方：数据读取配方注入不再依赖 state.db 存在——Linux 新装/无库环境下折叠后「怎么读文件」依然保留，不重新摸索。
修复首启环境探测误报 FATAL：cellbender 等 Windows/GPU 专属工具在 Linux/打包模板下缺失不再判 CRITICAL——首启日志不再误报「Critical tools missing」。
requirements.txt 编码 UTF-8 化：此前 GBK 中文注释导致 Linux 上 pip install -r requirements.txt 直接崩溃（UnicodeDecodeError）——新装 Linux 依赖安装恢复正常。

🧪 测试与 CI 体系（云 runner 全链路）

GitHub Actions 极端测试矩阵上线：真实 Ubuntu 上解压发行包 → 全链路冒烟 → 多意图多场景极端测试 184 用例（grill 触发矩阵 / wake 状态机与预算 / 执行策略极端套件 / 路径记忆矩阵 / 会话隔离 / PRISMA / 资产清单 / 持久内核复用）。
全量离线测试套件平台标记化：Windows 专属语义（沙箱/路径）与 LLM 依赖用例在 Linux 上显式跳过，不再误报。
修复 rollup checkpoint 测试断言（消息长度触发折叠保护）。

本版本更新（2026-08-25）

📚 文献分析升级：系统综述（PRISMA）+ 证据表 + 文献库审阅

Mode C 系统综述（PRISMA 协议化流程）：检索 → 筛选 → 偏倚评估 → 综合全程可追踪，流程计数与触发场景完善。
证据表 + 文献库审阅模式：自动生成证据表；100+ 篇文献批量导入支持续传（中断不重来）。

📦 输出资产清单

任务输入 → 输出资产映射（inputs/outputs/scripts/figures）落盘 assets.json；交付报告只列本次新产物（历史汇总为计数），输出放置规则内置。

🔒 会话隔离（DSH 模型迁移）

每会话独立 kernel 池：并发会话各用各的 R/Python worker，不再互相逐出（消除"kernel 失忆"的多会话版本）。

🤔 澄清优先 + 执行策略

意图不明时先问再做（grill 澄清优先，不猜意图）；链路审计修复 phantom task_plan 单次注入。
执行策略迁移：用户优先回合、中断处理、动作由 LLM 决策；任务目标持久化 + 轮次预算硬上限。

🧠 记忆治理

输出位置指令记得住；路径类默认记住；数据读取配方跨 rollup/wake 保留——长会话不再忘记文件怎么读的。
kernel 状态可见：变量被清空/回收时明确告知模型，防"变量失忆"。

💬 WebUI 渲染管线重构

流式代码块即时预览；mermaid 暗色主题跟随 + 渲染失败自动重试 + 复制按钮 + 刷新后不再丢失。
历史渲染跳过 system/tool 注入消息（不再刷屏）；消息页脚（耗时 + 工具数）+ 会话统计条（token + API 次数）。
dsh-ui 截断 JSON 自动修复 + 服务端 max_tokens 8192；翻译类指令语言检测修复。

🐧 Linux 端修复（首次真机验证）

首启环境探测：启动时自动探测 R/Python 并回填 environment.json（此前打包模板 paths 恒为空、探测无人调用）。
R 库路径运行时探测：持久内核在 paths.r 为空时用 Rscript -e '.libPaths()' 探测并注入 R_LIBS——Linux 上持久内核真正生效（同会话复用 worker，跨调用保留变量）。
start.sh 增加 Rscript 检查与安装指引（tuna 镜像），支持 RSCRIPT_PATH 指定多 R 环境中的主力版本。
补齐 Python 单细胞生态包：scvelo / scrublet / leidenalg / igraph（Linux/macOS）。

🔁 CI

GitHub Actions Linux 冒烟测试上线：真实 Ubuntu 解压发行包 → 开箱启动 → 环境探测 → 持久内核复用验证；支持手动指定 release_tag 测新包。

本版本更新（2026-08-24）

📖 读文献体验：单篇文献解读轻量精读（不再误触发调研）

修复「总结/解读一篇文献却被强制调研」：此前"让我知道作者的研究思路"含"研究思路"会被误判为研究方案设计 → 强制调用 skill_view('academic-research') + search_knowledge + search_papers 三件套调研并生成文献表；现在单篇文献解读/总结（总结/解读/精读/概括/说了什么/作者做了什么/专业编辑角度/CNS编辑角度…）直接走轻量精读路径。
读文献优先 nature-reader（全文中英对照精读器）：PDF/DOI/HTML/粘贴文本 → 双语对照 Markdown（图表/公式感知、源锚定、术语表），绝不降级为摘要；只要摘要时 summarize_paper 快速路径。触发词扩充 15+ 口语变体（精读这篇文献/这篇文章讲了什么/专业解读/文献库里这篇论文…）。
修「短句被当闲聊」：8-14 字的文献问题（"这篇文章讲了什么"）不再被 short_no_bio 误判 chat。

🧩 dsh-ui 渲染稳定性

截断 JSON 自动修复：服务端超时/中断导致的半截 dsh-ui JSON（如长流程图），前端自动补全未闭合引号/括号照常渲染（含转义符中间截断），修复不了才降级代码块提示。
流程图自动渲染：dsh-ui 卡片内嵌的 mermaid 图渲染后自动触发绘制，不再需要手动刷新页面。
dsh-ui 根格式对齐渲染器（单组件根/items 包裹两种都支持）。

🔁 循环检测误报修复

循环检测状态改为按用户回合重置：之前跨回合累计，用户连续几轮做相似的正事（连读两篇文献/连续出图）会被误报"工具调用循环"并注入强制收尾提示。
文献/只读工具（skill_view / summarize_paper / search_* / rail_review 等）豁免循环检测——连续读文献是正常业务。

⚙️ 其他

会话模型 max_tokens 显式 8192：长输出（大 JSON/流程图）不再被服务端 4096 默认截断。
opencode-go（mimo-v2.5 等）模型单独放宽请求超时 60s→600s：长生成不再被超时切断成半截内容。

本版本更新（2026-08-23）

🔄 在线检查更新 + 一键更新（双包体...

Assets 2

Releases: GGbond-bo/MemOmics-Agent

Release list