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BioPython-Analyzer

Este script permite comparar una proteína o una serie de ellas contra una db, alinear los hits o coincidencias con BLAST y generar un árbol filogenético N-J usando MUSCLE, para finalmente mostrar info de los dominios presentes en las mismas usando PROSITE. El script está inicialmente pensado para genomas bacterianos, pero debería ser compatible con cualquier otro.

Requisitos previos

Para ejecutar este script, es necesario tener instalado:

Paquete	Descripción	Orden para instalar
Python 3.8	Lenguaje de programación usado	sudo apt install python3
BLAST	Utilidad de alineamiento de secuencias	sudo apt install ncbi-blast+
MUSCLE 3.8	Programa de alineamiento múltiple	sudo apt install muscle
Biopython	Herramientas para Biología Computacional	pip install biopython
Pandas	Herramientas para Biología Computacional	pip install pandas
Termcolor	Coloriza el output de python	pip install termcolor
Progress	Permite crear una barra de progreso	pip install progress

Alternativamente, como one-liner: sudo apt install python3 ncbi-blast+ muscle; pip install biopython pandas termcolor progress

Descarga

Para usar este método, es necesario tener instalado git en el sistema (sudo apt install git-all)

1. Clona este repositorio: git clone https://codeberg.org/FlyingFlamingo/BioPython-Analyzer
2. Entra en el directorio: cd BioPython-Analyzer
3. Ejecútalo

También puede bajarse la última versión estable directamente desde releases

Uso

El script consta de un módulo principal, que debe ejecutarse como

python3 main.py [OPT] query subject coverage identity evalue

donde:

• [OPT]: Las opciones que admite el script.
• query: El fichero en formato fasta o multifasta que contiene las proteínas sobre las que se va a ejecutar la búsqueda
• subject: El sujeto sobre el que se busca, es decir, el que usará blast para formar su database. Se debe proporcionar como una carpeta, preferiblemente un subdirectorio de la carpeta donde esté el script, que contenga n genebanks de ADN. También admite como input un archivo fasta o multifasta.
• coverage: El valor mínimo (o cut-off) para la identidad, expresado como %, y en forma NN.NN y exclusive
• identity: El valor mínimo (o cut-off) para el coverage, expresado como %, y en forma NN.NN y exclusive
• evalue: Describe el número de hits esperable en una db BLAST de un determinado tamaño. Se toman los valores inferiores al especificado.

Durante la ejecución, main.py llama a los módulos secundarios, blast.py, muscle.py y prosite.py. La ejecución del archivo requiere de la presencia de un archivo prosite.dat en la carpeta en que se ejecuta.. Si no lo tienes, puedes descargar dicho archivo aquí. Si se llama al script sin proporcionar los parámetros coverage, identity e-evalue, se seleccionarán los valores por defecto de 50, 30 y 0.00001, respectivamente. No requiere instalación.

Opciones

Al llamar al script principal, tenemos las siguientes opciones:

Opción	Descripción
--help o -h	Muestra la ayuda
--verbose o -v	Activa el modo verbose
--options	Muestra las opciones del script
--license	Muestra la licencia