git pull
antes de empezar a realizar cualquier tipo de edición sobre el código- en caso de duda, cerrar y abrir el proyecto para asegurar que aparecen los nuevos archivos que se hayan podido añadir al proyecto
Como norma general, basta con hacer click derecho sobre la carpeta raíz del proyecto desde el IDE y pulsar las siguientes opciones:
git add
git commit
git push
El no hacerlo así puede ocasionar que no se actualicen los metadatos del proyecto, por lo que podría haber pérdida de información (es decir, podríamos tener los archivos correctos descargados pero nuestro IDE no sabría cómo se relacionan entre sí).