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PCAS 0.2.0

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@WangJin93 WangJin93 released this 05 Sep 14:59
· 2 commits to main since this release
v0.2.0
b736d48

PCAS 0.2.0 — 缺失数据反馈 / Bug 修复 / 文档完善（hardening release）

主要更新 Highlights

  • 全面缺失数据反馈：get_expr_data() 预校验数据集与基因、输出携带 attr(., "availability")（dataset×gene），缺失标识符保留为全 NA 列并明确提示；三个 cor_pancancer_*() 新增逐格样本数矩阵 n 与 summary，不再 na.omit() 静默删除数据集/特征；merge_clinic_data() 输出匹配与临床字段缺失报告（默认返回 list(df, summary)）；get_data() 区分“无数据”与“服务错误”。
  • 正确性修复：viz_TvsN() 默认参数可用、仅单组时跳过检验；cor_cancer_genelist() NULL 守卫与列名修正、新增 n；viz_phoso_sites() 修复组合位点（如 NP_…:s218y223t227）只画最后一位点的解析 bug；viz_cor_heatmap() 不再把 NA 当作 r=0（缺失格以灰色独立呈现）；get_DEGs_result()/viz_corplot()/viz_DEGs_volcano() 输入校验。
  • 健壮性：HTTP 超时/重试/URL 编码；缓存目录可配置（options(PCAS.cache.dir)）并按月失效，只读文件系统自动降级。
  • Shiny App 同步适配：新返回结构、空结果提示/req() 守卫；反馈模块移除硬编码 SMTP 密码，改由 PCAS_SMTP_* 环境变量配置。
  • 文档与元数据：DESCRIPTION 修正（MIT + file LICENSE、Imports/Suggests 补全、xz 压缩）；补齐 10 个内置数据集 Rd 文档（含 TIL_map）；README 勘误；新增 NEWS.md。
  • 质量：新增自动化冒烟测试 tests/smoke_tests.R（48 项断言全部通过）；R CMD check --no-manual 报告 Status: OK（0 errors / 0 warnings / 0 notes）。

安装 Install

remotes::install_github("WangJin93/PCAS@v0.2.0")
# 或本地构建包
install.packages("PCAS_0.2.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

校验和 sha256

9c057c337b176a919e59a3cac7319f8e8e04e936bb2be2bc0360760db61bca77  PCAS_0.2.0.tar.gz
Assets 3
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