Count.py: 第一列相同的项，后面每一列相加
如果你想了解如何使用请运行：python count.py -h
checkv.py python checkv.py -h :checkv结果筛选
python /home/xiaomeng/scripts/python/checkv.py -h
python /home/xiaomeng/scripts/python/checkv.py -t Checkv/quality_summary.tsv -f EIO.fasta -k Complete -o Complete.fasta
python /home/xiaomeng/scripts/python/checkv.py -t Checkv/quality_summary.tsv -f EIO.fasta -k High-quality -o High.fasta
python /home/xiaomeng/scripts/python/checkv.py -t Checkv/quality_summary.tsv -f EIO.fasta -k Medium-quality -o Medium.fasta
Gene-rename.py:python Gene-rename.py 说明：
rename_genes_in_file(file_path, output_dir) 函数：
读取文件内容。
修改基因名称为文件名加上连续的数字。
将修改后的内容写入输出文件。
rename_genes_in_directory(input_dir, output_dir) 函数：
遍历输入目录中的所有 .fa 文件。
对每个文件调用 rename_genes_in_file 进行基因名称修改。
如果输出目录不存在，则创建它。
使用方法：
将 input_directory 和 output_directory 修改为你的输入文件路径和输出文件路径。
运行脚本。
这个脚本会遍历指定目录下的所有 .fa 文件，并将每个基因名称修改为文件名（去掉 .fa 后缀）加上连续的数字，最后将修改后的文件保存到输出目录中。
select-protein.py：根据非冗余基因集的基因名，提取对用的蛋白序列。
python select-protein.py -fna path/to/your/input.fna -faa path/to/your/input.faa -out path/to/your/output.faa