Skip to content

pdb zadanie

filips edited this page Dec 21, 2015 · 5 revisions

PDB: Ćwiczenia

Ćwiczenie 1

Znaleźć w bazie PDB wszystkie struktury z sekwencją podobną do kinazy TNIK:

>sp|Q9UKE5|TNIK_HUMAN TRAF2 and NCK-interacting protein kinase OS=Homo sapiens GN=TNIK PE=1 SV=1
MASDSPARSLDEIDLSALRDPAGIFELVELVGNGTYGQVYKGRHVKTGQLAAIKVMDVTG
DEEEEIKQEINMLKKYSHHRNIATYYGAFIKKNPPGMDDQLWLVMEFCGAGSVTDLIKNT
KGNTLKEEWIAYICREILRGLSHLHQHKVIHRDIKGQNVLLTENAEVKLVDFGVSAQLDR
TVGRRNTFIGTPYWMAPEVIACDENPDATYDFKSDLWSLGITAIEMAEGAPPLCDMHPMR
ALFLIPRNPAPRLKSKKWSKKFQSFIESCLVKNHSQRPATEQLMKHPFIRDQPNERQVRI
QLKDHIDRTKKKRGEKDETEYEYSGSEEEEEENDSGEPSSILNLPGESTLRRDFLRLQLA
NKERSEALRRQQLEQQQRENEEHKRQLLAERQKRIEEQKEQRRRLEEQQRREKELRKQQE
REQRRHYEEQMRREEERRRAEHEQEYIRRQLEEEQRQLEILQQQLLHEQALLLEYKRKQL
EEQRQAERLQRQLKQERDYLVSLQHQRQEQRPVEKKPLYHYKEGMSPSEKPAWAKEVEER
SRLNRQSSPAMPHKVANRISDPNLPPRSESFSISGVQPARTPPMLRPVDPQIPHLVAVKS
QGPALTASQSVHEQPTKGLSGFQEALNVTSHRVEMPRQNSDPTSENPPLPTRIEKFDRSS
WLRQEEDIPPKVPQRTTSISPALARKNSPGNGSALGPRLGSQPIRASNPDLRRTEPILES
PLQRTSSGSSSSSSTPSSQPSSQGGSQPGSQAGSSERTRVRANSKSEGSPVLPHEPAKVK
PEESRDITRPSRPASYKKAIDEDLTALAKELRELRIEETNRPMKKVTDYSSSSEESESSE
EEEEDGESETHDGTVAVSDIPRLIPTGAPGSNEQYNVGMVGTHGLETSHADSFSGSISRE
GTLMIRETSGEKKRSGHSDSNGFAGHINLPDLVQQSHSPAGTPTEGLGRVSTHSQEMDSG
TEYGMGSSTKASFTPFVDPRVYQTSPTDEDEEDEESSAAALFTSELLRQEQAKLNEARKI
SVVNVNPTNIRPHSDTPEIRKYKKRFNSEILCAALWGVNLLVGTENGLMLLDRSGQGKVY
NLINRRRFQQMDVLEGLNVLVTISGKKNKLRVYYLSWLRNRILHNDPEVEKKQGWITVGD
LEGCIHYKVVKYERIKFLVIALKNAVEIYAWAPKPYHKFMAFKSFADLQHKPLLVDLTVE
EGQRLKVIFGSHTGFHVIDVDSGNSYDIYIPSHIQGNITPHAIVILPKTDGMEMLVCYED
EGVYVNTYGRITKDVVLQWGEMPTSVAYIHSNQIMGWGEKAIEIRSVETGHLDGVFMHKR
AQRLKFLCERNDKVFFASVRSGGSSQVFFMTLNRNSMMNW

Jaka struktura (kod PDB) jest najbardziej podobna?

Ćwiczenie 2

Ile jest struktur RNA z ligandami?

💡 Tip: Has ligand: yes, Macromolecule type: contains RNA: yes

Ćwiczenie 3

Ile struktur białkowych wykrystalizowanych jest z ligandami zawierającymi układ antracenu:

antracen

Clone this wiki locally