pymol zaliczenie 2023C

Zadanie - grupa C

Dla wskazanej na liście struktury proszę:

• odnaleźć jej stronę w bazie PDB, zrobić screenshot

W programie pymol wczytać strukturę a następnie:

• ustawić tło koloru szarego (gray)
• usunąć wodę ze struktury
• wyekstrahować ligand (jeśli mamy więcej niż jeden ligand to wybrać największy organiczny)
• ustawić reprezentację liganda: sticks
• reprezentacja białka: cartoon (kolor: rainbow)
• znaleźć wiązania wodorowe między ligandem a białkiem; zmienić ich kolor na widoczny (np niebieski)
• w białku pokazać (show lines) i podpisać (labels) aminokwasy, które tworzą wiązania wodorowe
• zmierzyć długość liganda (wybrać arbitralnie najbardziej oddalone od siebie atomy w ligandzie)
• ustalić dwie "ładne" pozy (takie, w których dobrze widać kieszeń wiązania oraz ligand), dla nich zrobić raytracing (ray) a rysunki zapisać jako png
• zmienić reprezentację białka na powierzchniową (surface) i wygenerować rysunek pokazujący całe białko w tej reprezentacji (również z raytracingiem).

Pakiet do wysłania

• screenshot z bazy pdb
• trzy wygenerowane obrazki, z numerem indeksu oraz kodem białka w nazwie pliku (np 2030666_3XP2_1.png)

Treść maila powinna zawierać następujące informacje:

Imię, nazwisko:
Nr indeksu:
Kod białka:
Grupa sprawdzianu: 2023A/B/C/D/E/...

• Po wysłaniu pakietu proszę skasować wygenerowane pliki z komputera.

Skróty klawiszowe

Zrzuty ekranu, okna lub obszaru:

• Print Screen wykonuje zrzut ekranu.
• Alt+Print Screen wykonuje zrzut okna.
• Shift+Print Screen wykonuje zrzut zaznaczonego obszaru.